From mboxrd@z Thu Jan  1 00:00:00 1970
Received: from nog.cse.psu.edu ([130.203.12.16]) by hawkwind.utcs.utoronto.ca with SMTP id <51674>; Tue, 25 Sep 2001 17:37:07 -0500
Received: (qmail 20913 invoked by uid 991); 13 Sep 2001 19:34:32 -0000
Message-ID: <20010913193432.20912.qmail@x.nog.bio.cse.psu.edu>
Date:	Thu, 13 Sep 2001 15:34:32 -0500
To:	sam-fans@hawkwind.utcs.toronto.edu
cc:	9fans@cse.psu.edu
Subject: debugging unix v3 sam vs v2 samterm
MIME-Version: 1.0
Content-Type: multipart/mixed; boundary="----- =_aaaaaaaaaa0"
Content-ID: <20908.1000409599.0@bio.cse.psu.edu>
Date:	Thu, 13 Sep 2001 15:34:32 -0500
From:	Scott Schwartz <schwartz@bio.cse.psu.edu>

------- =_aaaaaaaaaa0
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"
Content-ID: <20908.1000409599.1@bio.cse.psu.edu>

Friends,

As you may recall, we've had some problems when using the v3 sam with
the v2 samterm, under unix.  I've done a bit of debugging, and have a
couple of message traces (generated with -DDEBUG) leading up to a crash.
Anyone want to help look into these?
(The original files were some random source file, and a copy
of redhat's termcap.)


------- =_aaaaaaaaaa0
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"
Content-ID: <20908.1000409599.2@bio.cse.psu.edu>

$ samterm: host mesg: count 26670 115x 46x 104x ,v  -->  bz_census.h
revision 1.1 (locked)
done
!
...ignored
2c 76 20 20 2d 2d 3e 20 20 62 7a 5f 63 65 6e 73 75 73 2e 68 a 
72 65 76 69 73 69 6f 6e 20 31 2e 31 20 28 6c 6f 63 6b 65 64 29 
a 64 6f 6e 65 a 21 a samterm: host mesg: count 26670 115x 46x 104x ,v  -->  bz_census.h
revision 1.1 (locked)
done
!
...ignored
2c 76 20 20 2d 2d 3e 20 20 62 7a 5f 63 65 6e 73 75 73 2e 68 a 
72 65 76 69 73 69 6f 6e 20 31 2e 31 20 28 6c 6f 63 6b 65 64 29 
a 64 6f 6e 65 a 21 a samterm: host mesg: count 26670 115x 46x 104x ,v  -->  bz_census.h
revision 1.1 (locked)
done
!
...ignored
2c 76 20 20 2d 2d 3e 20 20 62 7a 5f 63 65 6e 73 75 73 2e 68 a 
72 65 76 69 73 69 6f 6e 20 31 2e 31 20 28 6c 6f 63 6b 65 64 29 
a 64 6f 6e 65 a 21 a samterm: host mesg: count 26670 115x 46x 104x ,v  -->  bz_census.h
revision 1.1 (locked)
done
!
...ignored
2c 76 20 20 2d 2d 3e 20 20 62 7a 5f 63 65 6e 73 75 73 2e 68 a 
72 65 76 69 73 69 6f 6e 20 31 2e 31 20 28 6c 6f 63 6b 65 64 29 
a 64 6f 6e 65 a 21 a type 115 count 26670
samterm:panic: count>DATASIZE: Success



------- =_aaaaaaaaaa0
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"
Content-ID: <20908.1000409599.3@bio.cse.psu.edu>

out: Hversion
out: 2
out: Hnewname
out: 0
out: Hmovname
out: 11
out: bz_census.c
in:  Tversion
in:  0
in:  Tstartcmdfile
in:  134601792
out: Hnewname
out: 1
out: Hbindname
out: 134601792
out: Hcurrent
out: 1
out: Hmovname
out: 7
out: ~~sam~~
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hunlock
in:  Tstartfile
out: Hbindname
out: 134711368
out: Hcurrent
out: 0
in:  0
out: Hgrow
out: 0
out: 2436
out: Hcheck0
out: 0
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Trequest
in:  0
in:  512
out: Hdata
out: 0
out: 0
out: 512
out: #include "util.h"
#include "seq.h"
#include "bz_all.h"
#include "bz_main.h"
#include "bz_census.h"

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hgrow
out: 0
out: 16
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  512
in:  512
out: Hdata
out: 0
out: 512
out: 512
out: c(census,n,i);

}

void census_mask_align(align_t *a, int n, uchar *fwd, uchar *rev, census_t *cens
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Trequest
in:  512
in:  512
out: Hdata
out: 0
out: 512
out: 0
out: 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Trequest
in:  0
in:  16
out: Hdata
out: 1
out: 0
out: 16
out:  +. bz_census.c

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 16
out: 16
out: Hunlock
in:  Trequest
in:  1024
in:  512
out: Hdata
out: 0
out: 1024
out: 512
out: += len;
				break;
			case EDIT_OP_REP:
//fprintf(stderr, "%d %d -> ", x, y);
				for (i=x, j=x+len
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Trequest
in:  1536
in:  512
out: Hdata
out: 0
out: 1536
out: 512
out: ensus_mask_interval(int n, uchar *fwd, uchar *rev, int a, int z, census_t census[], int k)
{
	int i
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Trequest
in:  2048
in:  388
out: Hdata
out: 0
out: 2048
out: 388
out: =n; ++i) {
		if (census[i] >= k)
		    fprintf(fp, "%d %d\n", i, census[i]);
	}
	fprintf(fp, "}\n")
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Torigin
in:  19
out: Horigin
out: 1223
in:  Torigin
in:  19
out: Horigin
out: 696
in:  Torigin
in:  19
out: Horigin
out: 302
in:  Torigin
in:  18
out: Horigin
out: 0
in:  Torigin
in:  18
out: Horigin
out: 0
in:  Torigin
in:  18
out: Horigin
out: 0
in:  Torigin
in:  29
out: Horigin
out: 1909
in:  Torigin
in:  29
out: Horigin
out: 1251
in:  Torigin
in:  29
out: Horigin
out: 527
in:  Torigin
in:  8
out: Horigin
out: 364
in:  Torigin
in:  8
out: Horigin
out: 201
in:  Torigin
in:  8
out: Horigin
out: 76
in:  Torigin
in:  6
out: Horigin
out: 1998
in:  Torigin
in:  6
out: Horigin
out: 1932
in:  Tworkfile
in:  0
in:  0
in:  0
in:  Ttype
in:  16
in:  /inter

out: Hsetdot
out: 1178
out: 1183
out: Hmoveto
out: 1178
out: Hsetpat
out: 5
out: inter
out: Hunlock
in:  Torigin
in:  2
out: Horigin
out: 1140
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1178
in:  1183
in:  Ttype
in:  23
in:  /

out: Hsetdot
out: 1547
out: 1552
out: Hmoveto
out: 1547
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1547
in:  1552
in:  Ttype
in:  25
in:  /

out: Hsetdot
out: 1178
out: 1183
out: Hmoveto
out: 1178
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1178
in:  1183
in:  Ttype
in:  27
in:  /

out: Hsetdot
out: 1547
out: 1552
out: Hmoveto
out: 1547
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2151
in:  2151
in:  Ttype
in:  2151
in:  

out: Hdirty
out: 0
in:  Ttype
in:  2152
in:  msp_
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2156
in:  2156
in:  Ttype
in:  29
in:  B <echo *tab*[ch]

out: Hnewname
out: 2
out: Hmovname
out: 10
out: bz_table.c
out: Hnewname
out: 3
out: Hmovname
out: 10
out: bz_table.h
out: Hgrowdata
out: 47
out: 15
out: 15
out:  -. bz_table.h

out: Hgrowdata
out: 47
out: 2
out: 2
out: !

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 64
out: 64
out: Hcurrent
out: 3
out: Hunlock
in:  Tstartfile
out: Hbindname
out: 134727552
out: Hcurrent
out: 3
in:  3
out: Hgrow
out: 0
out: 1474
out: Hcheck0
out: 3
out: Hmoveto
out: 0
out: Hunlock
in:  Trequest
in:  0
in:  512
out: Hdata
out: 3
out: 0
out: 512
out: /* $Id: bz_table.h,v 1.6 2001/07/24 01:29:21 schwartz Exp schwartz $ */

#include <inttypes.h>
#inc
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 3
in:  Trequest
in:  512
in:  512
out: Hdata
out: 3
out: 512
out: 512
out:  len, pos1, pos2;
	score_t score, cum_score;
	int filter;
} msp_t;

typedef struct msp_table {
	int
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 3
in:  Trequest
in:  1024
in:  450
out: Hdata
out: 3
out: 1024
out: 450
out: bt, ss_t ss,
 int X, int K, int T);
void blast_table_free(blast_table_t *bt);
void msp_free_table(m
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 3
in:  Tworkfile
in:  3
in:  646
in:  646
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 643
out: 654
out: Hunlockfile
out: 3
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2156
in:  2156
in:  Ttype
in:  2156
in:  table_t *census_intervals()

in:  Ttype
in:  2184
in:  {

in:  Ttype
in:  2186
in:  }

in:  Twrite
in:  0
out: Hclean
out: 0
out: Hgrowdata
out: 64
out: 19
out: 19
out: bz_census.c: #2473

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Torigin
in:  2
out: Horigin
out: 64
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 83
out: 83
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1703
in:  1703
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1873
in:  1873
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1931
in:  1931
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1932
in:  1932
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2006
in:  2006
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2182
in:  2182
in:  Ttype
in:  2182
in:  uchar census[], int n
out: Hdirty
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2206
in:  2206
in:  Torigin
in:  20
out: Horigin
out: 1291
in:  Torigin
in:  20
out: Horigin
out: 734
in:  Torigin
in:  20
out: Horigin
out: 304
in:  Torigin
in:  32
out: Horigin
out: 0
in:  Ttype
in:  2206
in:  

in:  Ttype
in:  2207
in:  	
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2273
in:  2493
in:  Tsnarf
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2207
in:  2207
in:  Tpaste
in:  2207
out: Hgrow
out: 2207
out: 220
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Trequest
in:  2207
in:  220
out: Hdata
out: 0
out: 2207
out: 220
out: 	int i=0, j=0, k;
	int in = 1;
	for (k=0; k<n; ++k) {
		if (census[i] < t) {
			if (in == 1) {
				
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 2207
out: 2427
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2152
in:  2152
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2152
out: 2205
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2152
in:  2152
in:  Tpaste
in:  2152
out: Hgrow
out: 2152
out: 220
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Trequest
in:  2152
in:  220
out: Hdata
out: 0
out: 2152
out: 220
out: 	int i=0, j=0, k;
	int in = 1;
	for (k=0; k<n; ++k) {
		if (census[i] < t) {
			if (in == 1) {
				
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 2152
out: 2372
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2152
in:  2372
in:  Ttype
in:  83
in:  u

out: Hcut
out: 2152
out: 220
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 2152
out: 2152
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2204
in:  2204
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2152
out: 2205
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tsnarf
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2151
in:  2151
in:  Ttype
in:  2151
in:  

in:  Ttype
in:  2152
in:  

in:  Tpaste
in:  2153
out: Hgrow
out: 2153
out: 53
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Trequest
in:  2153
in:  53
out: Hdata
out: 0
out: 2153
out: 53
out: msp_table_t *census_intervals(uchar census[], int n)

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 2153
out: 2206
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2206
in:  2206
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2173
in:  2173
in:  Ttype
in:  2173
in:  map_
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2157
in:  2157
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2153
out: 2164
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2153
in:  2164
in:  Ttype
in:  2153
in:  int 
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2159
in:  2159
in:  Tcut
in:  2158
in:  2159
in:  Tcut
in:  2157
in:  2158
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2200
in:  2200
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2199
in:  2199
in:  Ttype
in:  2199
in:  , (*fn)(int,int)
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2201
in:  2201
in:  Ttype
in:  2201
in:  int
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2220
in:  2220
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2201
in:  2202
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2201
in:  2201
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2218
in:  2218
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2178
out: 2218
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2219
in:  2219
in:  Ttype
in:  2219
in:  

in:  Ttype
in:  2220
in:  {

in:  Ttype
in:  2222
in:  }
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2221
in:  2221
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2222
in:  2280
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2222
in:  2280
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2299
in:  2299
in:  Twrite
in:  0
out: Hclean
out: 0
out: Hgrowdata
out: 85
out: 19
out: 19
out: bz_census.c: #2731

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 104
out: 104
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2539
in:  2539
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2539
in:  2539
in:  Ttype
in:  104
in:  104

out: Hsetdot
out: 2276
out: 2299
out: Hmoveto
out: 2276
out: Hunlock
in:  Torigin
in:  7
out: Horigin
out: 1935
in:  Torigin
in:  4
out: Horigin
out: 1909
in:  Torigin
in:  4
out: Horigin
out: 1812
in:  Torigin
in:  16
out: Horigin
out: 1411
in:  Torigin
in:  14
out: Horigin
out: 1935
in:  Torigin
in:  14
out: Horigin
out: 1637
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2201
in:  2201
in:  Ttype
in:  2201
in:  int, t, 
out: Hdirty
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2205
in:  2205
in:  Tcut
in:  2204
in:  2205
in:  Twrite
in:  0
out: Hclean
out: 0
out: Hgrowdata
out: 108
out: 19
out: 19
out: bz_census.c: #2738

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 127
out: 127
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2351
in:  2372
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2351
in:  2372
out: Hdirty
out: 0
in:  Ttype
in:  2351
in:  op(
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2356
in:  2356
in:  Tcut
in:  2355
in:  2356
in:  Tcut
in:  2354
in:  2355
in:  Twrite
in:  0
out: Hclean
out: 0
out: Hgrowdata
out: 127
out: 19
out: 19
out: bz_census.c: #2718

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 146
out: 146
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2323
in:  2323
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2352
in:  2352
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2351
out: 2353
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2351
in:  2353
out: Hdirty
out: 0
in:  Ttype
in:  2351
in:  fn
in:  Twrite
in:  0
out: Hclean
out: 0
out: Hgrowdata
out: 146
out: 19
out: 19
out: bz_census.c: #2718

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 165
out: 165
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2652
in:  2652
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2652
in:  2652
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2494
in:  2494
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2494
out: 2716
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2494
in:  2716
out: Hdirty
out: 0
in:  Ttype
in:  2494
in:  

in:  Ttype
in:  2495
in:  	census_map_intervals()

in:  Tworkfile
in:  0
in:  2433
in:  2433
in:  Ttype
in:  2433
in:  

in:  Ttype
in:  2434
in:  static 
in:  Torigin
in:  11
out: Horigin
out: 2152
in:  Torigin
in:  11
out: Horigin
out: 1996
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2245
in:  2245
in:  Ttype
in:  2245
in:  , num
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2245
in:  2246
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2245
in:  2246
in:  Ttype
in:  2245
in:  ;

in:  Ttype
in:  2247
in:  	int count=0;
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2260
in:  2265
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2260
in:  2265
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2360
in:  2360
in:  Ttype
in:  2360
in:  

in:  Ttype
in:  2361
in:  				++count;
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2456
in:  2456
in:  Ttype
in:  2456
in:  

in:  Ttype
in:  2457
in:  	return count;
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2483
in:  2483
in:  Ttype
in:  2483
in:  int 
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2373
in:  2373
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2361
out: 2374
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2361
in:  2374
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2374
in:  2374
in:  Ttype
in:  2374
in:  

in:  Tpaste
in:  2375
out: Hgrowdata
out: 2375
out: 13
out: 13
out: 				++count;

out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 2375
out: 2388
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2388
in:  2388
in:  Tcut
in:  2387
in:  2388
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2374
in:  2374
in:  Ttype
in:  2374
in:   // XXX - check return
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2509
in:  2509
in:  Ttype
in:  2509
in:  pr2(FILE *fp, int a, int z)

in:  Ttype
in:  2537
in:  {

in:  Ttype
in:  2539
in:  }

in:  Tworkfile
in:  0
in:  2538
in:  2538
in:  Ttype
in:  2538
in:  

in:  Ttype
in:  2539
in:  	fprintf(
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2512
in:  2512
in:  Ttype
in:  2512
in:  i
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2539
in:  2539
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2549
in:  2549
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2511
in:  2511
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2549
in:  2549
in:  Ttype
in:  2549
in:  fp, "%d %d\n", a, z);
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2657
in:  2657
in:  Ttype
in:  2657
in:  fp, census, n, t, pr2i
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2680
in:  2680
in:  Ttype
in:  2680
in:  ;
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2636
in:  2636
in:  Ttype
in:  2636
in:  (void)
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2690
in:  2690
in:  Twrite
in:  0
out: Hclean
out: 0
out: Hgrowdata
out: 165
out: 19
out: 19
out: bz_census.c: #2690

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Torigin
in:  2
out: Horigin
out: 165
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 184
out: 184
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2632
in:  2632
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2690
in:  2690
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2541
in:  2541
in:  Ttype
in:  2541
in:  return 
out: Hdirty
out: 0
in:  Twrite
in:  0
out: Hclean
out: 0
out: Hgrowdata
out: 184
out: 19
out: 19
out: bz_census.c: #2697

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 203
out: 203
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2697
in:  2697
in:  Torigin
in:  10
out: Horigin
out: 2261
in:  Torigin
in:  10
out: Horigin
out: 2125
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2674
in:  2674
in:  Tcut
in:  2673
in:  2674
out: Hdirty
out: 0
in:  Tcut
in:  2672
in:  2673
in:  Tcut
in:  2671
in:  2672
in:  Tcut
in:  2670
in:  2671
in:  Torigin
in:  18
out: Horigin
out: 1937
in:  Torigin
in:  19
out: Horigin
out: 1935
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2540
in:  2540
in:  Torigin
in:  12
out: Horigin
out: 2227
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2693
in:  2693
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2693
in:  2693
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2670
in:  2670
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2670
out: 2688
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2693
in:  2693
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2638
in:  2638
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2600
out: 2638
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2693
in:  2693
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2688
in:  2688
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2670
out: 2688
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2693
in:  2693
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2560
in:  2560
in:  Tcut
in:  2559
in:  2560
in:  Tcut
in:  2558
in:  2559
in:  Tcut
in:  2557
in:  2558
in:  Tcut
in:  2556
in:  2557
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2596
in:  2606
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2689
in:  2689
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2684
in:  2684
in:  Ttype
in:  2684
in:  , fp
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2556
in:  2556
in:  Ttype
in:  2556
in:  fp, 
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2536
in:  2536
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2513
in:  2524
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2513
in:  2524
in:  Ttype
in:  2513
in:  (
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2526
in:  2526
in:  Ttype
in:  2526
in:  , void *fp
in:  Torigin
in:  8
out: Horigin
out: 2153
in:  Torigin
in:  4
out: Horigin
out: 2149
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2224
in:  2224
in:  Ttype
in:  2224
in:  ,void*
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2378
in:  2378
in:  Ttype
in:  2378
in:  , 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2208
in:  2208
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2200
in:  2201
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2200
in:  2201
in:  Ttype
in:  2200
in:  

in:  Ttype
in:  2201
in:  		
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2233
in:  2233
in:  Ttype
in:  2233
in:  , void *p
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2391
in:  2392
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2391
in:  2392
in:  Ttype
in:  2391
in:  p
in:  Twrite
in:  0
out: Hclean
out: 0
out: Hgrowdata
out: 203
out: 19
out: 19
out: bz_census.c: #2717

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 222
out: 222
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2445
in:  2445
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2445
in:  2445
in:  Ttype
in:  222
in:  B bz_main.c

out: Hnewname
out: 4
out: Hmovname
out: 9
out: bz_main.c
out: Hgrowdata
out: 234
out: 14
out: 14
out:  -. bz_main.c

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 248
out: 248
out: Hcurrent
out: 4
out: Hunlock
in:  Tstartfile
out: Hbindname
out: 134724984
out: Hcurrent
out: 4
in:  4
out: Hgrow
out: 0
out: 5785
out: Hcheck0
out: 4
out: Hmoveto
out: 0
out: Hunlock
in:  Trequest
in:  0
in:  512
out: Hdata
out: 4
out: 0
out: 512
out: static const char rcsid[]=
"$Id: bz_main.c,v 1.10 2001/08/26 21:16:52 schwartz Exp schwartz $";

#i
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Trequest
in:  512
in:  512
out: Hdata
out: 4
out: 512
out: 512
out:   C(0) 0: no chaining; 1: just output chain; 2: chain and extend;\n\
		3: just output HSPs\n\
	E(30
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Trequest
in:  1024
in:  512
out: Hdata
out: 4
out: 1024
out: 512
out: ord size.\n\
	Y(O+300E) X-drop parameter for gapped extension.\n";


typedef struct bz_flags {
  in
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Tworkfile
in:  4
in:  0
in:  0
in:  Ttype
in:  248
in:  /print

out: Hsetdot
out: 2798
out: 2803
out: Hmoveto
out: 2798
out: Hsetpat
out: 5
out: print
out: Hunlock
in:  Torigin
in:  2
out: Horigin
out: 2764
in:  Trequest
in:  2764
in:  512
out: Hdata
out: 4
out: 2764
out: 512
out: 	if (chain == 1 || chain > 2) {
		print_align_header(sf1, sf2, ss, &gs, K, L);
	        print_msp_l
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Trequest
in:  3276
in:  512
out: Hdata
out: 4
out: 3276
out: 512
out: *argv[])
{
	SEQ *sf1, *sf2;
	uchar *rf1;
	blast_table_t *bt;
	gap_scores_t gs;
	int W, X, Y, K, L, 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3083
in:  3089
in:  Tsnarf
in:  Tsnarf
in:  Tsnarf
in:  Tsnarf
in:  Tsnarf
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3160
in:  3160
in:  Ttype
in:  3160
in:  

out: Hdirty
out: 4
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3161
in:  3161
in:  Ttype
in:  3161
in:  		
in:  Tworkfile
in:  4
in:  2941
in:  2941
in:  Ttype
in:  2941
in:  ;
in:  Tworkfile
in:  4
in:  2945
in:  2946
in:  Tworkfile
in:  4
in:  2945
in:  2945
in:  Ttype
in:  2945
in:  a
in:  Tworkfile
in:  4
in:  2942
in:  2942
in:  Ttype
in:  2942
in:  

in:  Ttype
in:  2943
in:  		msp_table_t *m;
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3103
in:  3103
in:  Ttype
in:  3103
in:  m = 
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3187
in:  3187
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3107
in:  3107
in:  Tcut
in:  3106
in:  3107
in:  Tcut
in:  3105
in:  3106
in:  Tcut
in:  3104
in:  3105
in:  Tcut
in:  3103
in:  3104
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3180
in:  3180
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3183
in:  3183
in:  Ttype
in:  3183
in:  m = census_intervals(census,
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3124
in:  3137
in:  Tsnarf
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3211
in:  3211
in:  Tpaste
in:  3211
out: Hgrowdata
out: 3211
out: 13
out: 13
out: SEQ_LEN(sf1),
out: Hcheck0
out: 4
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 3211
out: 3224
out: Hunlockfile
out: 4
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3211
in:  3211
in:  Ttype
in:  3211
in:   
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3225
in:  3225
in:  Ttype
in:  3225
in:   mask_thresh);

in:  Ttype
in:  3240
in:  		
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3187
in:  3187
in:  Tcut
in:  3186
in:  3187
in:  Tcut
in:  3185
in:  3186
in:  Tcut
in:  3184
in:  3185
in:  Tcut
in:  3183
in:  3184
in:  Ttype
in:  3183
in:  print_
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3244
in:  3244
in:  Torigin
in:  5
out: Horigin
out: 2683
in:  Trequest
in:  2683
in:  81
out: Hdata
out: 4
out: 2683
out: 81
out: 	    p->filter = 1 - p->cum_score;
	  msp_compress(mt);
	  msp_sort_pos1(mt);
	}

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Torigin
in:  5
out: Horigin
out: 2492
in:  Trequest
in:  2492
in:  191
out: Hdata
out: 4
out: 2492
out: 191
out: 	if (chain == 1 || chain == 2) {
	  msp_t *p;
	  (void)msp_make_chain(mt, bz_flags.G, bz_flags.G, M
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Torigin
in:  5
out: Horigin
out: 2423
in:  Trequest
in:  2423
in:  69
out: Hdata
out: 4
out: 2423
out: 69
out: {
	msp_table_t *mt;

	mt = blast_search(sf1, sf2, bt, sss, X, K, P);

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Torigin
in:  5
out: Horigin
out: 2141
in:  Trequest
in:  2141
in:  282
out: Hdata
out: 4
out: 2141
out: 282
out: /* strand1 -- process one sequence from the second file in one orientation */
static void strand1(S
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Torigin
in:  5
out: Horigin
out: 2057
in:  Trequest
in:  2057
in:  84
out: Hdata
out: 4
out: 2057
out: 84
out: 		substitutions*bz_flags.R :
		-substitutions*scale*ss[(uchar)'A'][(uchar)'A']);
}


in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 4
in:  Tworkfile
in:  4
in:  2943
in:  2943
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 2943
out: 2961
out: Hunlockfile
out: 4
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  2943
in:  2961
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3015
in:  3015
in:  Ttype
in:  3015
in:  {

in:  Ttype
in:  3017
in:  			
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3067
in:  3067
in:  Ttype
in:  3067
in:  	
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3091
in:  3091
in:  Ttype
in:  3091
in:  	
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3172
in:  3172
in:  Ttype
in:  3172
in:  	
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3231
in:  3231
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3234
in:  3234
in:  Ttype
in:  3234
in:  }
in:  Twrite
in:  4
out: Hclean
out: 4
out: Hgrowdata
out: 255
out: 17
out: 17
out: bz_main.c: #5860

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 272
out: 272
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3235
in:  3235
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3231
in:  3231
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3178
in:  3178
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3231
in:  3231
in:  Ttype
in:  3231
in:   
out: Hdirty
out: 4
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3232
in:  3232
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 3170
out: 3233
out: Hunlockfile
out: 4
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3232
in:  3232
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3177
in:  3177
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3092
in:  3092
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3016
in:  3016
in:  Ttype
in:  3016
in:  

in:  Ttype
in:  3017
in:  			int n;
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3102
in:  3102
in:  Ttype
in:  3102
in:  n = 
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3183
in:  3183
in:  Ttype
in:  3183
in:  

in:  Ttype
in:  3184
in:  			if (n) printf("  x %d\n", n);
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3219
in:  3219
in:  Tdclick
out: Hunlockfile
out: 4
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3184
in:  3184
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3217
in:  3217
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 3217
out: 3280
out: Hunlockfile
out: 4
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  3217
in:  3280
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3187
in:  3220
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3187
in:  3194
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  3187
in:  3194
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3227
in:  3227
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 3216
out: 3231
out: Hunlockfile
out: 4
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3191
in:  3191
in:  Twrite
in:  4
out: Hclean
out: 4
out: Hgrowdata
out: 272
out: 17
out: 17
out: bz_main.c: #5838

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Torigin
in:  2
out: Horigin
out: 272
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 289
out: 289
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  0
in:  2445
in:  2445
in:  Ttype
in:  289
in:  /mask_ali

out: Hsetdot
out: 543
out: 551
out: Hmoveto
out: 543
out: Hsetpat
out: 8
out: mask_ali
out: Hunlock
in:  Torigin
in:  2
out: Horigin
out: 530
in:  Tworkfile
in:  0
in:  534
in:  534
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 531
out: 535
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  531
in:  535
out: Hdirty
out: 0
in:  Ttype
in:  531
in:  int
in:  Tworkfile
in:  0
in:  638
in:  638
in:  Ttype
in:  638
in:  

in:  Ttype
in:  639
in:  	int cnt;

in:  Tcut
in:  648
in:  649
in:  Tworkfile
in:  0
in:  648
in:  648
in:  Tworkfile
in:  0
in:  665
in:  665
in:  Ttype
in:  665
in:  

in:  Tworkfile
in:  0
in:  666
in:  666
in:  Ttype
in:  666
in:  

in:  Ttype
in:  667
in:  	cnt = 0;
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1186
in:  1186
in:  Ttype
in:  1186
in:  cnt += 
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1637
in:  1637
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 1637
out: 1643
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1558
in:  1558
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 1557
out: 1561
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  1557
in:  1561
in:  Ttype
in:  1557
in:  int
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1663
in:  1663
in:  Ttype
in:  1663
in:  	int cnt;

in:  Ttype
in:  1673
in:  

in:  Ttype
in:  1674
in:  	cnt = 0;
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1973
in:  1973
in:  Ttype
in:  1973
in:  

in:  Ttype
in:  1974
in:  			++cnt;
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1990
in:  1990
in:  Ttype
in:  1990
in:  

in:  Ttype
in:  1991
in:  	return cnt;
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1569
in:  1569
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 1561
out: 1581
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tlook
in:  1561
in:  1581
out: Hsetdot
out: 1193
out: 1213
out: Hmoveto
out: 1193
out: Hunlock
in:  Torigin
in:  2
out: Horigin
out: 1160
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1435
in:  1435
in:  Ttype
in:  1435
in:  

in:  Ttype
in:  1436
in:  	return cnt;
in:  Torigin
in:  17
out: Horigin
out: 716
in:  Torigin
in:  17
out: Horigin
out: 377
in:  Torigin
in:  17
out: Horigin
out: 76
in:  Tworkfile
in:  0
in:  1448
in:  1448
in:  Ttype
in:  299
in:  B bz_census.h

out: Hnewname
out: 5
out: Hmovname
out: 11
out: bz_census.h
out: Hgrowdata
out: 313
out: 16
out: 16
out:  -. bz_census.h

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 329
out: 329
out: Hcurrent
out: 5
out: Hunlock
in:  Tstartfile
out: Hbindname
out: 134734872
out: Hcurrent
out: 5
in:  5
out: Hgrow
out: 0
out: 425
out: Hcheck0
out: 5
out: Hmoveto
out: 0
out: Hunlock
in:  Trequest
in:  0
in:  425
out: Hdata
out: 5
out: 0
out: 425
out: #ifndef BZ_CENSUS_H
#define BZ_CENSUS_H
typedef unsigned char census_t;
void msp_census(census_t ce
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 5
in:  Tworkfile
in:  5
in:  212
in:  212
in:  Tworkfile
in:  5
in:  133
in:  133
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 132
out: 136
out: Hunlockfile
out: 5
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  132
in:  136
out: Hdirty
out: 5
in:  Ttype
in:  132
in:  int
in:  Tworkfile
in:  5
in:  229
in:  229
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 228
out: 232
out: Hunlockfile
out: 5
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  228
in:  232
in:  Ttype
in:  228
in:  int
in:  Tworkfile
in:  5
in:  423
in:  423
in:  Tworkfile
in:  4
in:  3191
in:  3191
in:  Ttype
in:  329
in:  X/'/ w

out: Hclean
out: 0
out: Hcurrent
out: 5
out: Hgrowdata
out: 336
out: 47
out: 47
out: bz_census.c: #2799
?can't create "bz_census.h"

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 383
out: 383
out: Hsetpat
out: 1
out: '
out: Hunlock
in:  Torigin
in:  2
out: Horigin
out: 355
in:  Ttype
in:  383
in:  !co -l 
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 370
out: 379
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 370
out: 381
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Tworkfile
in:  5
in:  423
in:  423
in:  Tsend
out: Hsnarflen
out: Hgrowdata
out: 390
out: 12
out: 12
out: bz_census.h

out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 402
out: 402
out: Hgrow
out: 402
out: 65
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  402
in:  65
out: Hdata
out: 1
out: 402
out: 65
out: RCS/bz_census.h,v  -->  bz_census.h
revision 1.1 (locked)
done
!

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 467
out: 467
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  5
in:  423
in:  423
in:  Ttype
in:  467
in:  X w


------- =_aaaaaaaaaa0
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"
Content-ID: <20908.1000409599.4@bio.cse.psu.edu>

$ type 117
samterm:panic: rcv unknown: Success


------- =_aaaaaaaaaa0
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"
Content-ID: <20908.1000409599.5@bio.cse.psu.edu>

out: Hversion
out: 2
in:  Tversion
in:  0
in:  Tstartcmdfile
in:  134601792
out: Hnewname
out: 0
out: Hbindname
out: 134601792
out: Hcurrent
out: 0
out: Hmovname
out: 7
out: ~~sam~~
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hunlock
in:  Ttype
in:  0
in:  B /tmp/foo

out: Hnewname
out: 1
out: Hmovname
out: 8
out: /tmp/foo
out: Hgrow
out: 11
out: 13
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Trequest
in:  11
in:  13
out: Hdata
out: 0
out: 11
out: 13
out:  -. /tmp/foo

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 24
out: 24
out: Hcurrent
out: 1
out: Hunlock
in:  Tstartfile
out: Hbindname
out: 134714464
out: Hcurrent
out: 1
in:  1
out: Hgrow
out: 0
out: 625272
out: Hcheck0
out: 1
out: Hmoveto
out: 0
out: Hunlock
in:  Trequest
in:  0
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 0
out: 512
out: ######## TERMINAL TYPE DESCRIPTIONS SOURCE FILE
#
#	Version 10.2.7
#	$Date: 2001/08/28 03:18:20 $
#
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Trequest
in:  512
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 512
out: 512
out: tware such as screen-oriented editors.
#
# Other terminfo and termcap files exist, supported by var
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Trequest
in:  1024
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1024
out: 512
out: o versions.
#
# Pointers to related resources (including the ncurses distribution) may
# be found a
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  205
in:  569
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  205
in:  569
out: Hdirty
out: 1
in:  Trequest
in:  1172
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1172
out: 512
out: n a Japanese-processing environment using EUC/Japanese or Shift-JIS,
# C1 characters are considered
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Ttype
in:  205
in:  

in:  Tworkfile
in:  1
in:  205
in:  763
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  205
in:  763
in:  Trequest
in:  1127
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1127
out: 512
out: rses suite; it differs from stock (System V-compatible) terminfo only
# in that it admits a group o
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Ttype
in:  205
in:  

in:  Tworkfile
in:  1
in:  116
in:  585
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  116
in:  585
in:  Trequest
in:  1171
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1171
out: 512
out: tering leaves in the OT capabilities under their
# original termcap names.  All translated entries 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Ttype
in:  116
in:  

in:  Tworkfile
in:  1
in:  70
in:  1073
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  70
in:  1073
in:  Trequest
in:  681
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 681
out: 512
out:  in the 4.4BSD Unix Programmer's Manual.  Be aware that 4.4BSD
# curses has been declared obsolete 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Trequest
in:  1193
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1193
out: 512
out: urther note: older versions of this file were often installed with an editor
# script (reorder) tha
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Trequest
in:  1705
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1705
out: 512
out: or their hardware
# (notably DEC and Wyse).
#
# A detailed change history is included at the end of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Ttype
in:  70
in:  

in:  Tworkfile
in:  1
in:  1143
in:  1673
in:  Tsnarf
in:  Tcut
in:  1143
in:  1673
in:  Tworkfile
in:  1
in:  455
in:  455
in:  Tpaste
in:  455
out: Hgrow
out: 455
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  455
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 455
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 455
out: 985
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  967
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 967
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  763
in:  763
in:  Tpaste
in:  763
out: Hgrow
out: 763
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  763
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 763
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 763
out: 1293
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  1275
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 1275
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  160
in:  160
in:  Tpaste
in:  160
out: Hgrow
out: 160
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  160
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 160
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 160
out: 690
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  672
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 672
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  1448
in:  1448
in:  Tpaste
in:  1448
out: Hgrow
out: 1448
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  1448
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1448
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 1448
out: 1978
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  619
in:  619
in:  Tpaste
in:  619
out: Hgrow
out: 619
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  619
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 619
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 619
out: 1149
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  1131
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 1131
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  777
in:  777
in:  Tpaste
in:  777
out: Hgrow
out: 777
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  777
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 777
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 777
out: 1307
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  1289
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 1289
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  227
in:  227
in:  Tpaste
in:  227
out: Hgrow
out: 227
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  227
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 227
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 227
out: 757
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  739
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 739
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  1218
in:  1218
in:  Tpaste
in:  1218
out: Hgrow
out: 1218
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  1218
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1218
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 1218
out: 1748
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Tcut
in:  1218
in:  1748
in:  Tpaste
in:  1218
out: Hgrow
out: 1218
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  1218
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1218
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 1218
out: 1748
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  607
in:  607
in:  Tpaste
in:  607
out: Hgrow
out: 607
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  607
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 607
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 607
out: 1137
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  1119
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 1119
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  377
in:  377
in:  Tpaste
in:  377
out: Hgrow
out: 377
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  377
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 377
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 377
out: 907
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  889
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 889
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  297
in:  297
in:  Tpaste
in:  297
out: Hgrow
out: 297
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  297
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 297
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 297
out: 827
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  809
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 809
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  686
in:  686
in:  Tpaste
in:  686
out: Hgrow
out: 686
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  686
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 686
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 686
out: 1216
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  1198
in:  18
out: Hdata
out: 1
out: 1198
out: 18
out: omes from vendors 
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  1075
in:  1075
in:  Tpaste
in:  1075
out: Hgrow
out: 1075
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  1075
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1075
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 1075
out: 1605
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  1434
in:  1434
in:  Tpaste
in:  1434
out: Hgrow
out: 1434
out: 530
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  1434
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 1434
out: 512
out:  whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Further note: older versions of this file were of
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 1434
out: 1964
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  1434
in:  1964
in:  Ttype
in:  24
in:  w

out: Hcurrent
out: 1
out: Hgrowdata
out: 26
out: 25
out: 25
out: ?can't create "/tmp/foo"

out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 51
out: 51
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  1
in:  1434
in:  1964
in:  Ttype
in:  51
in:  !co -l /tmp/foo

out: Hgrow
out: 67
out: 59
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Trequest
in:  67
in:  59
out: Hdata
out: 0
out: 67
out: 59
out: /tmp/RCS/foo,v  -->  /tmp/foo
revision 1.1 (locked)
done
!

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 126
out: 126
out: Hunlock
in:  Torigin
in:  1
out: Horigin
out: 97
in:  Torigin
in:  6
out: Horigin
out: 11
in:  Tworkfile
in:  1
in:  1434
in:  1964
in:  Ttype
in:  126
in:  w

out: Hgrow
out: 128
out: 56
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Trequest
in:  128
in:  56
out: Hdata
out: 0
out: 128
out: 56
out: ?warning: write might change good version of `/tmp/foo'

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 184
out: 184
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  1
in:  1434
in:  1964
in:  Ttype
in:  184
in:  X w

out: Hclean
out: 1
out: Hgrowdata
out: 188
out: 18
out: 18
out: /tmp/foo: #629772

out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 206
out: 206
out: Hunlock
in:  Torigin
in:  1
out: Horigin
out: 128
in:  Tworkfile
in:  1
in:  207
in:  1079
in:  Tworkfile
in:  1
in:  517
in:  517
in:  Tworkfile
in:  1
in:  516
in:  1386
in:  Tsnarf
in:  Tworkfile
in:  1
in:  274
in:  274
in:  Tpaste
in:  274
out: Hdirty
out: 1
out: Hgrow
out: 274
out: 870
out: Hcheck0
out: 1
out: Hack
in:  Trequest
in:  274
in:  512
out: Hdata
out: 1
out: 274
out: 512
out: his should no longer be necessary, as the file is now ordered
# roughly by type frequency with ANSI
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 274
out: 1144
out: Hunlockfile
out: 1
in:  Trequest
in:  786
in:  358
out: Hdata
out: 1
out: 786
out: 358
out: types up front.
#
# Some information has been m whitespace (such whitespace confuses rdist).
#
# Fu
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 1
in:  Tworkfile
in:  1
in:  290
in:  290
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 150
out: 156
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 150
out: 156
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 150
out: 156
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tdclick
out: Hsetdot
out: 150
out: 156
out: Hunlockfile
out: 0
in:  Tworkfile
in:  1
in:  290
in:  290
in:  Ttype
in:  206
in:  X w

out: Hcurrent
out: 1
out: Hgrowdata
out: 210
out: 25
out: 25
out: ?can't create "/tmp/foo"

out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 235
out: 235
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  1
in:  290
in:  290
in:  Ttype
in:  235
in:  !co -l /tmp/foo

out: Hgrow
out: 251
out: 59
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Trequest
in:  251
in:  59
out: Hdata
out: 0
out: 251
out: 59
out: /tmp/RCS/foo,v  -->  /tmp/foo
revision 1.2 (locked)
done
!

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 310
out: 310
out: Hunlock
in:  Tworkfile
in:  1
in:  290
in:  290
in:  Ttype
in:  310
in:  X/'/ w

out: Hgrow
out: 317
out: 56
out: Hcheck0
out: 0
out: Hack
in:  Trequest
in:  317
in:  56
out: Hdata
out: 0
out: 317
out: 56
out: ?warning: write might change good version of `/tmp/foo'

in:  Tcheck
out: Hcheck
out: 0
in:  Tack
out: Hsetdot
out: 373
out: 373
out: Hsetpat
out: 1
out: '
out: Hunlock
in:  Torigin
in:  2
out: Horigin
out: 317
in:  Tworkfile
in:  1
in:  290
in:  290
in:  Ttype
in:  373
in:  w


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