* [Caml-list] Problem with ocamlopt
@ 2002-03-11 7:51 Franck Delaplace
2002-03-11 12:36 ` M E Leypold @ labnet
0 siblings, 1 reply; 6+ messages in thread
From: Franck Delaplace @ 2002-03-11 7:51 UTC (permalink / raw)
To: OCAML
[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 734 bytes --]
When I try to compile a program with ocamlopt,
the following exception is raised
Uncaught exception: Stack overflow
How can I do to avoid it .
The program has been automatically generated. (by tagcc
www.lami.univ-evry.fr/~delapla/tagcc/)
And it contains a weighted finite state automata .
Here the command line
bio1:~/Tagcc>ocamlopt -o annotation -ccopt "-O" -noassert -unsafe -I
bin/ bin/curses.o bin/libtagcc.cmxa annotation.ml -cclib lncurses
Uncaught exception: Stack overflow
Thank you
PS: You will find attached the source code
--
Franck Delaplace @w3:http://www.lami.univ-evry.fr/~delapla/
Equipe BioInfo, La.M.I-U.M.R 8042 C.N.R.S
523 Place des Terrasses
91025 Evry CEDEX (France)
[-- Attachment #2: annotation.ml --]
[-- Type: text/plain, Size: 266205 bytes --]
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
(* SOURCE PRODUITE PAR Tagcc - SOURCE GENERATED BY Tagcc *)
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
open Alpha open Trans open Prelude open Family open Model.Vect
(* Déclaration du modèle utilisé - Declaration of the used models *)
type main_t = {
real : Real.t;
nat : Nat.t;
seq : Seq.t;
};;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
(* Détermination des bornes des tableaux - set array bounds *)
Real.fix 1; Nat.fix 4; Seq.fix 1;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
(* Déclaration du module servant au lecteur - Module declaration for the reader *)
module EMain:(Model.SIGREAD with type t = main_t) =
struct
type t = main_t
let oper r1 r2 ={real = Real.oper r1.real r2.real; nat = Nat.oper r1.nat r2.nat;
seq = Seq.oper r1.seq r2.seq; } let null ={real = Real.null ; nat = Nat.null ; seq = Seq.null ; }
end;;
module Main = Model.Rexpand(EMain);;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
let tagcc_sequence = { beg = 0;term = 507;
transducer =
[|
[|(0,Model.Null);(0,Model.Null);(0,Model.Null);(0,Model.Null);(1,Model.Null)|];(* 0 *)
[|(2,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(-1,Model.Null);(-1,Model.Null);(-1,Model.Null);(-1,Model.Null)|];(* 1 *)
[|(-1,Model.Null);
(3,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(-1,Model.Null);(-1,Model.Null);(-1,Model.Null)|];(* 2 *)
[|(-1,Model.Null);(-1,Model.Null);
(4,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(-1,Model.Null);(-1,Model.Null)|];(* 3 *)
[|(5,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(6,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(7,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(8,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(259,Model.Null)|];(* 4 *)
[|(9,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(13,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(14,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(15,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 5 *)
[|(10,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(16,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(19,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(20,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 6 *)
[|(11,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(17,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(21,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(23,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 7 *)
[|(12,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(18,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(22,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(24,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 8 *)
[|(39,Model.Data {real=Model.Data [|-3.80227214147;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(53,Model.Data {real=Model.Data [|-4.10864634693;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(67,Model.Data {real=Model.Data [|-3.38759037826;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(78,Model.Data {real=Model.Data [|-3.84904820627;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 9 *)
[|(25,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(52,Model.Data {real=Model.Data [|-4.43965574751;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(65,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(77,Model.Data {real=Model.Data [|-4.1056077545;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 10 *)
[|(40,Model.Data {real=Model.Data [|-3.59320570405;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(55,Model.Data {real=Model.Data [|-3.84203063361;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(69,Model.Data {real=Model.Data [|-3.24881970124;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(80,Model.Data {real=Model.Data [|-3.60969865624;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 11 *)
[|(34,Model.Data {real=Model.Data [|-4.42786117102;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(51,Model.Data {real=Model.Data [|-4.65016755192;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(66,Model.Data {real=Model.Data [|-3.41276401803;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(76,Model.Data {real=Model.Data [|-4.26869794937;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 12 *)
[|(29,Model.Data {real=Model.Data [|-5.10769700694;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(98,Model.Data {real=Model.Data [|-4.19770707522;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(119,Model.Data {real=Model.Data [|-3.82309679623;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(133,Model.Data {real=Model.Data [|-3.79557419278;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 13 *)
[|(33,Model.Data {real=Model.Data [|-4.44560561632;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(92,Model.Data {real=Model.Data [|-4.58733026786;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(145,Model.Data {real=Model.Data [|-4.41537661436;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(176,Model.Data {real=Model.Data [|-3.98782471884;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 14 *)
[|(35,Model.Data {real=Model.Data [|-4.19704196046;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(95,Model.Data {real=Model.Data [|-4.32451272847;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(141,Model.Data {real=Model.Data [|-4.9908326668;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(190,Model.Data {real=Model.Data [|-3.83877254369;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 15 *)
[|(27,Model.Data {real=Model.Data [|-5.19395735122;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(99,Model.Data {real=Model.Data [|-4.17598855126;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(118,Model.Data {real=Model.Data [|-4.47151380118;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(132,Model.Data {real=Model.Data [|-3.87665586159;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 16 *)
[|(30,Model.Data {real=Model.Data [|-5.10110719726;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(93,Model.Data {real=Model.Data [|-4.57561138375;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(120,Model.Data {real=Model.Data [|-3.55434856116;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(130,Model.Data {real=Model.Data [|-4.19903863334;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 17 *)
[|(31,Model.Data {real=Model.Data [|-5.04833716128;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(94,Model.Data {real=Model.Data [|-4.48827643452;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(121,Model.Data {real=Model.Data [|-3.22062735791;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(131,Model.Data {real=Model.Data [|-3.95597489296;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 18 *)
[|(26,Model.Data {real=Model.Null; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(91,Model.Data {real=Model.Data [|-4.60617068632;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(146,Model.Data {real=Model.Data [|-4.21719039222;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(175,Model.Data {real=Model.Data [|-4.27874828522;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 19 *)
[|(32,Model.Data {real=Model.Data [|-4.51350299746;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(96,Model.Data {real=Model.Data [|-4.30432512701;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(140,Model.Data {real=Model.Data [|-5.43070655459;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(188,Model.Data {real=Model.Data [|-4.05301069873;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 20 *)
[|(38,Model.Data {real=Model.Data [|-3.94713218254;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(97,Model.Data {real=Model.Data [|-4.29328342484;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(147,Model.Data {real=Model.Data [|-4.06984709062;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(178,Model.Data {real=Model.Data [|-3.69128233873;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 21 *)
[|(28,Model.Data {real=Model.Data [|-5.17964583683;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(90,Model.Data {real=Model.Data [|-5.26681869949;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(144,Model.Data {real=Model.Data [|-4.56594947283;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(174,Model.Data {real=Model.Data [|-4.52635900556;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 22 *)
[|(36,Model.Data {real=Model.Data [|-4.16691525506;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(101,Model.Data {real=Model.Data [|-3.9005886278;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(143,Model.Data {real=Model.Data [|-4.92399898744;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(191,Model.Data {real=Model.Data [|-3.56031035332;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 23 *)
[|(37,Model.Data {real=Model.Data [|-4.06809219108;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(100,Model.Data {real=Model.Data [|-4.01571824177;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(142,Model.Data {real=Model.Data [|-4.95899206094;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(189,Model.Data {real=Model.Data [|-3.8392373357;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 24 *)
[|(42,Model.Data {real=Model.Data [|-3.80227214147;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(54,Model.Data {real=Model.Data [|-4.10864634693;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(68,Model.Data {real=Model.Data [|-3.38759037826;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(79,Model.Data {real=Model.Data [|-3.84904820627;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 25 *)
[|(43,Model.Data {real=Model.Data [|-3.59320570405;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(56,Model.Data {real=Model.Data [|-3.84203063361;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(70,Model.Data {real=Model.Data [|-3.24881970124;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(81,Model.Data {real=Model.Data [|-3.60969865624;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 26 *)
[|(41,Model.Data {real=Model.Data [|-5.19395735122;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(60,Model.Data {real=Model.Data [|-9.63361309873;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(64,Model.Data {real=Model.Data [|-5.19395735122;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(86,Model.Data {real=Model.Data [|-9.29956510572;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(230,Model.Null)|];(* 27 *)
[|(46,Model.Data {real=Model.Data [|-8.77285154088;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(57,Model.Data {real=Model.Data [|-9.02167647044;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(71,Model.Data {real=Model.Data [|-8.42846553807;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(82,Model.Data {real=Model.Data [|-8.78934449307;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(230,Model.Null)|];(* 28 *)
[|(41,Model.Data {real=Model.Data [|-5.10769700694;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(59,Model.Data {real=Model.Data [|-9.54735275445;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(64,Model.Data {real=Model.Data [|-5.10769700694;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(87,Model.Data {real=Model.Data [|-9.21330476144;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(230,Model.Null)|];(* 29 *)
[|(41,Model.Data {real=Model.Data [|-5.10110719726;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(60,Model.Data {real=Model.Data [|-9.54076294477;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(64,Model.Data {real=Model.Data [|-5.10110719726;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(86,Model.Data {real=Model.Data [|-9.20671495176;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(230,Model.Null)|];(* 30 *)
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(485,Model.Data {real=Model.Data [|-4.48827643452;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(485,Model.Data {real=Model.Data [|-3.22062735791;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(485,Model.Data {real=Model.Data [|-3.95597489296;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 503 *)
[|(485,Model.Data {real=Model.Data [|-5.17964583683;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(485,Model.Data {real=Model.Data [|-5.26681869949;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(485,Model.Data {real=Model.Data [|-4.56594947283;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(485,Model.Data {real=Model.Data [|-4.52635900556;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 504 *)
[|(485,Model.Data {real=Model.Data [|-4.06809219108;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [A;];|]; });
(485,Model.Data {real=Model.Data [|-4.01571824177;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [T;];|]; });
(485,Model.Data {real=Model.Data [|-4.95899206094;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [G;];|]; });
(485,Model.Data {real=Model.Data [|-3.8392373357;|]; nat=Model.Data [|1;1;0;0;|]; seq=Model.Data [|Model.Data [C;];|]; });
(-1,Model.Null)|];(* 505 *)
[|(-1,Model.Null);(-1,Model.Null);(-1,Model.Null);(-1,Model.Null);(507,Model.Null)|];(* 506 *)
[|(507,Model.Null);(507,Model.Null);(507,Model.Null);(507,Model.Null);(-1,Model.Null)|];(* 507 *)
|]
;lasttrans = [|Model.Null|];markdef = [|3;0;0;0;6;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;
1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;
4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;
2;2;2;2;0;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;0;0;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;
2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;
2;2;2;2;2;2;2;0;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;
2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
0;0;0;0;0;0;7;0|];};;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
let tagcc_afd1 = (0,25,
[|
[|1;-1;3;-1;-1|];(* 0 *)
[|2;-1;4;-1;-1|];(* 1 *)
[|-1;5;-1;-1;-1|];(* 2 *)
[|4;-1;-1;-1;-1|];(* 3 *)
[|-1;5;-1;-1;-1|];(* 4 *)
[|12;6;8;7;-1|];(* 5 *)
[|13;9;13;11;-1|];(* 6 *)
[|13;9;13;11;-1|];(* 7 *)
[|14;10;13;11;-1|];(* 8 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 9 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 10 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 11 *)
[|14;13;14;13;-1|];(* 12 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 13 *)
[|15;-1;15;15;-1|];(* 14 *)
[|23;16;18;17;-1|];(* 15 *)
[|24;19;24;22;-1|];(* 16 *)
[|24;19;24;22;-1|];(* 17 *)
[|21;20;24;22;-1|];(* 18 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 19 *)
[|25;15;15;15;-1|];(* 20 *)
[|15;-1;15;15;-1|];(* 21 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 22 *)
[|21;24;21;24;-1|];(* 23 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 24 *)
[|23;16;18;17;-1|];(* 25 *)
|]
) ;;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
let tagcc_afd2 = (0,25,
[|
[|1;-1;3;-1;-1|];(* 0 *)
[|2;-1;4;-1;-1|];(* 1 *)
[|-1;5;-1;-1;-1|];(* 2 *)
[|4;-1;-1;-1;-1|];(* 3 *)
[|-1;5;-1;-1;-1|];(* 4 *)
[|12;6;8;7;-1|];(* 5 *)
[|13;9;13;11;-1|];(* 6 *)
[|13;9;13;11;-1|];(* 7 *)
[|14;10;13;11;-1|];(* 8 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 9 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 10 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 11 *)
[|14;13;14;13;-1|];(* 12 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 13 *)
[|15;-1;15;15;-1|];(* 14 *)
[|23;16;18;17;-1|];(* 15 *)
[|24;19;24;22;-1|];(* 16 *)
[|24;19;24;22;-1|];(* 17 *)
[|21;20;24;22;-1|];(* 18 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 19 *)
[|25;15;15;15;-1|];(* 20 *)
[|15;-1;15;15;-1|];(* 21 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 22 *)
[|21;24;21;24;-1|];(* 23 *)
[|15;15;15;15;-1|];(* 24 *)
[|23;16;18;17;-1|];(* 25 *)
|]
) ;;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
let families =
[|{ pconstr=(fun r ->true);
strategy=Family.Asap;
marker="--";
format= "_";
fmark = (fun r ->());
falpha =(fun r ->()) };
{ pconstr=(fun r ->true);
strategy=Family.Asap;
marker="M1";
format= "_";
fmark = (fun r ->());
falpha =(fun r ->()) };
{ pconstr=(fun r ->true);
strategy=Family.Asap;
marker="M1";
format= "_";
fmark = (fun r ->());
falpha =(fun r ->()) };
{ pconstr=(fun r ->true);
strategy=Family.Asap;
marker="BEG_CDS";
format= "";
fmark = (fun r ->());
falpha =(fun r ->()) };
{ pconstr=(fun r ->((Nat.get (Main.forget r).nat 0)>10) && ((Real.get (Main.forget r).real 0)+.(float ((Nat.get (Main.forget r).nat 0)))*.(log(float (64)))>(float (0))));
strategy=Family.Asap;
marker="DONOR";
format= "";
fmark = (fun r ->Nat.clear (Main.forget r).nat 2);
falpha =(fun r ->()) };
{ pconstr=(fun r ->(Nat.get (Main.forget r).nat 2)>30);
strategy=Family.Asap;
marker="ACCEPTOR";
format= "";
fmark = (fun r ->Nat.clear (Main.forget r).nat 0);
falpha =(fun r ->()) };
{ pconstr=(fun r ->not((Seq.get (Main.forget r).seq 0) >> tagcc_afd1));
strategy=Family.Asap;
marker="LAST_EXON";
format= "";
fmark = (fun r ->());
falpha =(fun r ->()) };
{ pconstr=(fun r ->((Nat.get (Main.forget r).nat 1) mod 3=0) && ((Nat.get (Main.forget r).nat 1)>99) && ((Real.get (Main.forget r).real 0)+.(float ((Nat.get (Main.forget r).nat 0)))*.(log(float (64)))>(float (0))) && ((Seq.get (Main.forget r).seq 0) >> tagcc_afd2));
strategy=Family.Asap;
marker="END_CDS";
format= "";
fmark = (fun r ->());
falpha =(fun r ->()) }|];;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
let transprint = [("lexon",(fun r c -> Model.Nat.fprintf c (Nat.get (Main.forget r).nat 0)),"");
("len",(fun r c -> Model.Nat.fprintf c (Nat.get (Main.forget r).nat 1)),"");
("lintron",(fun r c -> Model.Nat.fprintf c (Nat.get (Main.forget r).nat 2)),"");
("gene",(fun r c -> Model.Seq.fprintf c (Seq.get (Main.forget r).seq 0)),"");
("pcu",(fun r c -> Model.Real.fprintf c (Real.get (Main.forget r).real 0)),"");
("lenI",(fun r c -> Model.Nat.fprintf c (Nat.get (Main.forget r).nat 3)),"");];;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
let command = [( "sequence" ,tagcc_sequence);];;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
module Reader = Trans.Freader(Main) ;;
(* ---------------------------------------------------------------------------------------------------- *)
let (seql,trans,printout,filename,infile,verbose) = main command transprint families;;
(* Execution - Main *)
Xml.begin_doc filename;
begin
try
List.iter (fun seq ->
Reader.readwith trans printout families seq ;) seql
with Sys.Break -> ()
end;
Xml.end_doc ()
;;
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* [Caml-list] Problem with ocamlopt
2002-03-11 7:51 [Caml-list] Problem with ocamlopt Franck Delaplace
@ 2002-03-11 12:36 ` M E Leypold @ labnet
2002-03-12 7:30 ` Franck Delaplace
0 siblings, 1 reply; 6+ messages in thread
From: M E Leypold @ labnet @ 2002-03-11 12:36 UTC (permalink / raw)
To: Franck Delaplace; +Cc: OCAML
Franck Delaplace writes:
>
> When I try to compile a program with ocamlopt,
> the following exception is raised
>
> Uncaught exception: Stack overflow
> PS: You will find attached the source code
When trying to read it, one of my brain modules threw an exception:
Stack overflow. :-)
Hi Franck,
Actually I only wrote to make that joke, but to be a bit more useful:
It might be that the constructs used by the code generator you used to
translate the FA definitions into ocaml nest somewhat too deeply, and
since the ocamlcompiler parses recursive descendend (i think) its
stack overflows at some point or other.
Suggestions:
* Try cutting down your FA, let's say to half as a test case and
compile it then. Does it overflow still? If no, try to make your
FA smaller and keep functionality.
* Report a problem/bug to the tagcc people and use ocamlc in the
meantime waiting for a bug fix. If things are like I suggest,
that is should be called a tagcc bug, since there is IMHO no
reason for FA execution to use nested constructs this way
(nesting too deeply).
Regards -- Markus
-------------------
To unsubscribe, mail caml-list-request@inria.fr Archives: http://caml.inria.fr
Bug reports: http://caml.inria.fr/bin/caml-bugs FAQ: http://caml.inria.fr/FAQ/
Beginner's list: http://groups.yahoo.com/group/ocaml_beginners
^ permalink raw reply [flat|nested] 6+ messages in thread
* Re: [Caml-list] Problem with ocamlopt
2002-03-11 12:36 ` M E Leypold @ labnet
@ 2002-03-12 7:30 ` Franck Delaplace
2002-03-12 9:12 ` Christopher Quinn
0 siblings, 1 reply; 6+ messages in thread
From: Franck Delaplace @ 2002-03-12 7:30 UTC (permalink / raw)
To: M E Leypold @ labnet; +Cc: OCAML
[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1995 bytes --]
>
>
> > PS: You will find attached the source code
>
>When trying to read it, one of my brain modules threw an exception:
>Stack overflow. [:-)]
>
>
Thank you to attempt to read it. You're a pioneer . What does it talk
about ? :-)
>Hi Franck,
>
>Actually I only wrote to make that joke, but to be a bit more useful:
>It might be that the constructs used by the code generator you used to
>translate the FA definitions into ocaml nest somewhat too deeply, and
>since the ocamlcompiler parses recursive descendend (i think) its
>stack overflows at some point or other.
>
>
>
>Suggestions:
>
> * Try cutting down your FA, let's say to half as a test case and
> compile it then. Does it overflow still?
>
Yes it does if the code it still in a single file.
If it is splitted in more than one file it is ok
>If things are like I suggest,
> that is should be called a tagcc bug, since there is IMHO no
> reason for FA execution to use nested constructs this way
> (nesting too deeply).
>
>Regards -- Markus
>
>
>
here another Stack overflow for a simpler program
let t = [|
[|
(1,[|1 ;1;1|],1.0);
(1,[|1 ;1;1|],1.0);
(1,[|1 ;1;1|],1.0);
(1,[|1 ;1;1|],1.0)
|];
repeat the previous array more than 390 times ....
[|
(1,[|1 ;1;1|],1.0);
(1,[|1 ;1;1|],1.0);
(1,[|1 ;1;1|],1.0);
(1,[|1 ;1;1|],1.0)
|]
|] ;;
Now, if I split it into several different arrays but in the same file,
There is also the same error.
If each line is replaced by (ugly code)
let t = Array.make 400 [||] ;;
let i = ref 0 ;;
(incr i ; t.(!i) <-
[|
(1,[|1 ;1;1|],1.0);
(1,[|1 ;1;1|],1.0);
(1,[|1 ;1;1|],1.0);
(1,[|1 ;1;1|],1.0)
|] );;
There still an error
I use ocamlc now which works well.
Thank you for your advice.
--
Franck Delaplace @w3:http://www.lami.univ-evry.fr/~delapla/ <http://www.lami.univ-evry.fr/%7Edelapla/>
Equipe BioInfo, La.M.I-U.M.R 8042 C.N.R.S
523 Place des Terrasses
91025 Evry CEDEX (France)
[-- Attachment #2.1: Type: text/html, Size: 3203 bytes --]
[-- Attachment #2.2: Drafts --]
[-- Type: image/gif, Size: 144 bytes --]
^ permalink raw reply [flat|nested] 6+ messages in thread
* Re: [Caml-list] Problem with ocamlopt
2002-03-12 7:30 ` Franck Delaplace
@ 2002-03-12 9:12 ` Christopher Quinn
0 siblings, 0 replies; 6+ messages in thread
From: Christopher Quinn @ 2002-03-12 9:12 UTC (permalink / raw)
To: Franck Delaplace; +Cc: OCAML
You can always increase the stack:
OCAMLRUNPARAM='l=512k, v=8' ocamlopt xxxx.ml
512k doubles the default. v=8 just to see it works.
- chris
-------------------
To unsubscribe, mail caml-list-request@inria.fr Archives: http://caml.inria.fr
Bug reports: http://caml.inria.fr/bin/caml-bugs FAQ: http://caml.inria.fr/FAQ/
Beginner's list: http://groups.yahoo.com/group/ocaml_beginners
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* Re: [Caml-list] Problem with ocamlopt
2004-09-20 19:27 Tyler Eaves
@ 2004-09-22 15:16 ` Christophe TROESTLER
0 siblings, 0 replies; 6+ messages in thread
From: Christophe TROESTLER @ 2004-09-22 15:16 UTC (permalink / raw)
To: tylere; +Cc: caml-list
On Mon, 20 Sep 2004, Tyler Eaves <tylere@gmail.com> wrote:
>
> tyler@phoenix:~$ ocamlopt graphics.cmx gr1.ml -o gr1
ocamlopt graphics.cmxa gr1.ml -o gr1
^
ChriS
-------------------
To unsubscribe, mail caml-list-request@inria.fr Archives: http://caml.inria.fr
Bug reports: http://caml.inria.fr/bin/caml-bugs FAQ: http://caml.inria.fr/FAQ/
Beginner's list: http://groups.yahoo.com/group/ocaml_beginners
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* [Caml-list] Problem with ocamlopt
@ 2004-09-20 19:27 Tyler Eaves
2004-09-22 15:16 ` Christophe TROESTLER
0 siblings, 1 reply; 6+ messages in thread
From: Tyler Eaves @ 2004-09-20 19:27 UTC (permalink / raw)
To: caml-list
Hi, I'm just learning O'Caml.
The system I'm using is an x86 machine running debian unstable. I'm
having a problem with the native compiler (ocamlopt).
For instance:
tyler@phoenix:~$ ocamlopt graphics.cmx gr1.ml -o gr1
gcc: /usr/lib/ocaml/3.08/graphics.o: No such file or directory
Error during linking
The gr1.ml file consists of:
open Graphics;;
open_graph " 640x480";;
for i = 12 downto 1 do
let radius = i * 20 in
set_color (if (i mod 2) = 0 then red else yellow);
fill_circle 320 240 radius
done;;
read_line();;
This seems to occur with any library used. Any ideas on how to resolve
this? I've already got every debian ocaml package that I can find
installed, so I don't think that's the issue.
-------------------
To unsubscribe, mail caml-list-request@inria.fr Archives: http://caml.inria.fr
Bug reports: http://caml.inria.fr/bin/caml-bugs FAQ: http://caml.inria.fr/FAQ/
Beginner's list: http://groups.yahoo.com/group/ocaml_beginners
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2002-03-11 7:51 [Caml-list] Problem with ocamlopt Franck Delaplace
2002-03-11 12:36 ` M E Leypold @ labnet
2002-03-12 7:30 ` Franck Delaplace
2002-03-12 9:12 ` Christopher Quinn
2004-09-20 19:27 Tyler Eaves
2004-09-22 15:16 ` Christophe TROESTLER
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