El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 16:16:27 UTC-5, John MacFarlane escribió:
Do you have a folder ~/.pandoc or ~/.local/share/pandoc that
contains reference.docx?
Julio Vera <avenz...@gmail.com> writes:
> Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my folder
> where I have the .md file I only have another .pdf file.
>
> The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane
> escribió:
>
>> Also, please let us know the full command you are using to
>> convert (including any options).
>>
>> John MacFarlane <j...-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org> writes:
>>
>> > Make sure you don't have a reference.docx in your user data
>> > directory.
>> >
>> > Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >
>> >> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall
>> it
>> >> and then downloaded it again for macOS.
>> >>
>> >> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if
>> it
>> >> woks with new files but I got the same result.
>> >>
>> >> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
>> >> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there
>> >> renders fine.
>> >>
>> >> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane
>> >> escribió:
>> >>
>> >>>
>> >>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
>> >>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
>> >>> looks fine. What version are you using?
>> >>>
>> >>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>>
>> >>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>> >>> >
>> >>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I
>> see
>> >>> the
>> >>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I
>> convert
>> >>> it
>> >>> > to pdf they render fine.
>> >>> >
>> >>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane
>> >>> > escribió:
>> >>> >
>> >>> >>
>> >>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>> >>> >> YAML metadata block.
>> >>> >>
>> >>> >>
>> >>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>> >>
>> >>> >> > Hi!
>> >>> >> >
>> >>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is
>> >>> >> pxdxcomp.md,
>> >>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no
>> issue.
>> >>> The
>> >>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here.
>> I
>> >>> >> tried
>> >>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still
>> have
>> >>> the
>> >>> >> same
>> >>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>> >>> >> >
>> >>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John
>> MacFarlane
>> >>> >> > escribió:
>> >>> >> >
>> >>> >> >>
>> >>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown
>> file...
>> >>> >> >>
>> >>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>> >> >>
>> >>> >> >> > I usually just ran the following command:
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I
>> >>> >> finished
>> >>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author
>> >>> >> parameters
>> >>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display
>> like
>> >>> >> this:
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > title: title of the document
>> >>> >> >> > author: myname
>> >>> >> >> > date: today
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the
>> >>> tables
>> >>> >> >> aren't
>> >>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > p t
>> >>> >> >> > r 2
>> >>> >> >> > 1 2
>> >>> >> >> > 2 2
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > --
>> >>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the
>> Google
>> >>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from
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>> >>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org.
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>> >>>
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>> >>> >> >> .
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>> >>>
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
>> >>> >> .
>> >>> >> > ---
>> >>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2
>> en
>> >>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados
>> con
>> >>> el
>> >>> >> virus.
>> >>> >> > author: Julio Vera de León
>> >>> >> > date: 25/Mayo/2021
>> >>> >> > bibliography: proyecto.bib
>> >>> >> > csl: vca.csl
>> >>> >> > ---
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Título
>> >>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>> >>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>> >>> >> >
>> >>> >> > **Presente**
>> >>> >> >
>> >>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría
>> en
>> >>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y
>> Medicina
>> >>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su
>> consideración el
>> >>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>> >>> >> >
>> >>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en
>> >>> perros,
>> >>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el
>> >>> virus.**
>> >>> >> >
>> >>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y
>> >>> Salud
>> >>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la
>> UNAM**
>> >>> y
>> >>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina
>> >>> Preventiva
>> >>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por
>> el
>> >>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora
>> Medina** y
>> >>> el
>> >>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Introducción
>> >>> >> >
>> >>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la
>> fecha
>> >>> es
>> >>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta
>> en
>> >>> el
>> >>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido
>> >>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2
>> >>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por
>> >>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad
>> emergente.[^1]
>> >>> >> >
>> >>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia
>> del
>> >>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una
>> relación
>> >>> más
>> >>> >> cercana.
>> >>> >> >
>> >>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una
>> >>> enfermedad,
>> >>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o
>> la
>> >>> salud
>> >>> >> humana.
>> >>> >> >
>> >>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América
>> que
>> >>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de
>> >>> animales
>> >>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las
>> cuales
>> >>> son:
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>> >>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
>> >>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
>> >>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
>> >>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine &
>> Biomedical
>> >>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/
>> )
>> >>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>> >>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>> >>> >> >
>> >>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se
>> >>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros
>> >>> humanos,
>> >>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de
>> >>> animales
>> >>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que
>> >>> contribuyeron a
>> >>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más
>> riesgo de
>> >>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta
>> a
>> >>> los
>> >>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la
>> >>> enfermedad y
>> >>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo
>> que
>> >>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más
>> >>> convivimos. De
>> >>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas
>> poblaciones
>> >>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad
>> animal
>> >>> o
>> >>> >> salud humana.
>> >>> >> >
>> >>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies
>> de
>> >>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que
>> tienen
>> >>> al
>> >>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>> >>> >> >
>> >>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección |
>> >>> Signos
>> >>> >> clínicos | Transmisión |
>> >>> >> > | ------------------ | ---------------------- |
>> >>> >> ------------------------------ | -------------------------- |
>> >>> >> ----------------- |
>> >>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos
>> >>> casos) |
>> >>> >> Sí, entre hurones |
>> >>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo
>> en
>> >>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>> >>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos
>> casos)
>> >>> |
>> >>> >> No |
>> >>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>> >>> >> >
>> >>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la
>> epidemia se
>> >>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede
>> >>> descartar
>> >>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de
>> >>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De
>> ahí
>> >>> que
>> >>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a
>> los
>> >>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de
>> >>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Justificación
>> >>> >> >
>> >>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en
>> perros
>> >>> y
>> >>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como
>> >>> también
>> >>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas,
>> por
>> >>> lo
>> >>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más
>> importante se
>> >>> ha
>> >>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad
>> >>> necesaria
>> >>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los
>> que
>> >>> >> conviven. @Patterson2020
>> >>> >> >
>> >>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de
>> >>> producción
>> >>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han
>> >>> demostrado
>> >>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera
>> >>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de
>> >>> transmitir
>> >>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos
>> taurus*)
>> >>> que se
>> >>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado
>> una
>> >>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del
>> >>> mismo.
>> >>> >> @Ulrich2020
>> >>> >> >
>> >>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no
>> han
>> >>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el
>> diagnístico
>> >>> de
>> >>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de
>> particular
>> >>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius
>> >>> furo*), ya
>> >>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación
>> >>> taxonómica
>> >>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano
>> >>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos
>> últimos
>> >>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17
>> >>> >> millones de visones.[^2]
>> >>> >> >
>> >>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran
>> separados
>> >>> de
>> >>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de
>> manera
>> >>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una
>> guía
>> >>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que
>> pueden
>> >>> >> representar [^3].
>> >>> >> >
>> >>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>> >>> >>
>> >>>
>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>> >>> >> )
>> >>> >> >
>> >>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los
>> >>> >> hurones en el Reino Unido](
>> >>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>> >>> >> >
>> >>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales
>> >>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad
>> emergente y
>> >>> la
>> >>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales
>> domésticos,
>> >>> es
>> >>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra
>> población.
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Referencias
>> >>> >> > ---
>> >>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>> >>> >> > author: Julio Vera de León
>> >>> >> > date: 26/Mayo/2021
>> >>> >> > ----
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Primer prueba
>> >>> >> >
>> >>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo
>> en
>> >>> >> leche.
>> >>> >> >
>> >>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche
>> para
>> >>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan
>> con
>> >>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para
>> >>> encontrar
>> >>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la
>> cual
>> >>> tiene
>> >>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>> >>> >> >
>> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>> >>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>> >>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. Sanos: 9555
>> >>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
>> >>> >> > 3. Falsos positivos: 145
>> >>> >> > 4. Falsos negativos: 14
>> >>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>> >>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>> >>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo
>> falsos
>> >>> >> positivos.
>> >>> >> >
>> >>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los
>> 145
>> >>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían
>> >>> sacrificarse,
>> >>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una
>> prueba
>> >>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas
>> >>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos.
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Segunda prueba
>> >>> >> >
>> >>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la
>> segunda
>> >>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del
>> 96.4%
>> >>> y
>> >>> >> especificidad de 98.7%
>> >>> >> >
>> >>> >> > Cuadro de 2x2:
>> >>> >> >
>> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>> >>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>> >>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que
>> >>> sería
>> >>> >> 431
>> >>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
>> >>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>> >>> >> > 4. Falsos positivos: 2
>> >>> >> > 5. Falsos negativos: 10
>> >>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99%
>> >>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Tercer prueba
>> >>> >> >
>> >>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del
>> >>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y
>> >>> especificidad
>> >>> >> del 99%
>> >>> >> >
>> >>> >> > Cuadro 2 x2:
>> >>> >> >
>> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>> >>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>> >>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>> >>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>> >>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los
>> animales
>> >>> a
>> >>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con
>> un
>> >>> >> respultado positivo.
>> >>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a
>> los
>> >>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene
>> >>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo.
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Después de las pruebas
>> >>> >> >
>> >>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la
>> cuenca
>> >>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
>> >>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3%
>> >>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>> >>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el
>> hato
>> >>> es
>> >>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir
>> contagiando y
>> >>> >> prevalece la enfermedad.
>> >>> >> >
>> >>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el
>> gobierno
>> >>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta
>> >>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás
>> pruebas es
>> >>> >> erogado por los productores:
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de
>> bengala
>> >>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15
>> >>> pesos
>> >>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>> >>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100
>> >>> animales:
>> >>> >> $1390
>> >>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos
>> >>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000
>> dolares.
>> >>> Costo
>> >>> >> de positivos: $278,000 dolares.
>> >>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar:
>> De
>> >>> las 3
>> >>> >> pruebas son $1409.3 pesos.
>> >>> >>
>> >>> >
>> >>> > --
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>> >>>
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com
>> >>> .
>> >>>
>> >>
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>> .
>> >>
>> >> Table tests to see if it works
>> >>
>> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> >> Table: Perros 1
>> >>
>> >> Another table
>> >>
>> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> >> Table: Perros 2
>> >>
>> >> And another table
>> >>
>> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> >> Table: Perros 3
>>
>
> --
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