Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org>]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 18169 bytes --]

The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall it 
and then downloaded it again for macOS. 

I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if it 
woks with new files but I got the same result.

[image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there 
renders fine. 

El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
escribió:

>
> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
> looks fine. What version are you using?
>
> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>
> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
> >
> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see 
> the 
> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert 
> it 
> > to pdf they render fine. 
> >
> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
> > escribió:
> >
> >>
> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
> >> YAML metadata block.
> >>
> >>
> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>
> >> > Hi! 
> >> >
> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
> >> pxdxcomp.md, 
> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. 
> The 
> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
> >> tried 
> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still have 
> the 
> >> same 
> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
> >> >
> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
> >> > escribió:
> >> >
> >> >>
> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
> >> >>
> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >>
> >> >> > I usually just ran the following command:
> >> >> >
> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
> >> >> >
> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
> >> finished 
> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
> >> parameters 
> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
> >> this:
> >> >> >
> >> >> > title: title of the document
> >> >> > author: myname
> >> >> > date: today
> >> >> >
> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the 
> tables 
> >> >> aren't 
> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
> >> >> >
> >> >> > p t
> >> >> > r 2
> >> >> > 1 2
> >> >> > 2 2
> >> >> >
> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
> >> >> >
> >> >> > -- 
> >> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
> >> send 
> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >> >> > To view this discussion on the web visit 
> >> >> 
> >> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
> >> >> .
> >> >>
> >> >
> >> > -- 
> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
> send 
> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >> > To view this discussion on the web visit 
> >> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
> >> .
> >> > ---
> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con 
> el 
> >> virus.
> >> > author: Julio Vera de León
> >> > date: 25/Mayo/2021
> >> > bibliography: proyecto.bib
> >> > csl: vca.csl
> >> > ---
> >> >
> >> > # Título
> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
> >> >
> >> > **Presente**
> >> >
> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
> >> >
> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
> perros, 
> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
> virus.**
> >> >
> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y 
> Salud 
> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** 
> y 
> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
> Preventiva 
> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y 
> el 
> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
> >> >
> >> > # Introducción
> >> >
> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha 
> es 
> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en 
> el 
> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
> >> >
> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación 
> más 
> >> cercana.
> >> >
> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
> enfermedad, 
> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la 
> salud 
> >> humana.
> >> >
> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de 
> animales 
> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales 
> son:
> >> >
> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
> >> https://ovc.uoguelph.ca)
> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
> >> >
> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros 
> humanos, 
> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de 
> animales 
> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
> contribuyeron a 
> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a 
> los 
> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
> enfermedad y 
> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
> convivimos. De 
> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal 
> o 
> >> salud humana.
> >> >
> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen 
> al 
> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
> >> >
> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | 
> Signos 
> >> clínicos | Transmisión |
> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
> >> ----------------- |
> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos 
> casos) | 
> >> Sí, entre hurones |
> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) 
> | 
> >> No |
> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
> >> >
> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
> descartar 
> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí 
> que 
> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
> >> >
> >> > # Justificación
> >> >
> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros 
> y 
> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como 
> también 
> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por 
> lo 
> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se 
> ha 
> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad 
> necesaria 
> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
> >> conviven. @Patterson2020
> >> >
> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
> producción 
> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
> demostrado 
> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
> transmitir 
> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) 
> que se 
> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del 
> mismo. 
> >> @Ulrich2020 
> >> >
> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico 
> de 
> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
> furo*), ya 
> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
> taxonómica 
> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
> >> millones de visones.[^2] 
> >> >
> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados 
> de 
> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
> >> representar [^3]. 
> >> >
> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
> >> 
> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
> >> )
> >> >
> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
> >> hurones en el Reino Unido](
> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
> >> >
> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y 
> la 
> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, 
> es 
> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
> >> >
> >> > # Referencias
> >> > ---
> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> >> > author: Julio Vera de León
> >> > date: 26/Mayo/2021
> >> > ----
> >> >
> >> > # Primer prueba
> >> >
> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
> >> leche. 
> >> >
> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para 
> encontrar 
> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual 
> tiene 
> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
> >> >
> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
> >> >
> >> > 1. Sanos: 9555
> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
> >> > 3. Falsos positivos: 145
> >> > 4. Falsos negativos: 14
> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
> >> positivos. 
> >> >
> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
> sacrificarse, 
> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
> >> >
> >> > # Segunda prueba
> >> >
> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% 
> y 
> >> especificidad de 98.7%
> >> >
> >> > Cuadro de 2x2: 
> >> >
> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
> >> >
> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que 
> sería 
> >> 431
> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
> >> > 4. Falsos positivos: 2
> >> > 5. Falsos negativos: 10
> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
> >> >
> >> > # Tercer prueba
> >> >
> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
> especificidad 
> >> del 99%
> >> >
> >> > Cuadro 2 x2:
> >> >
> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
> >> >
> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales 
> a 
> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
> >> respultado positivo.
> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
> >> > 
> >> > # Después de las pruebas
> >> >
> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
> >> >
> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
> >> lechera? 2.8% (278/10000)
> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato 
> es 
> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
> >> prevalece la enfermedad. 
> >> >
> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
> >> erogado por los productores:
> >> >
> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 
> pesos
> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
> animales: 
> >> $1390
> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. 
> Costo 
> >> de positivos: $278,000 dolares. 
> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De 
> las 3 
> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
> >>
> >
> > -- 
> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> Groups "pandoc-discuss" group.
> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send 
> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> > To view this discussion on the web visit 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com
> .
>

-- 
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "pandoc-discuss" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/932560f4-7866-4fd4-90e7-4797e23fab20n%40googlegroups.com.

[-- Attachment #1.2: Type: text/html, Size: 25441 bytes --]

[-- Attachment #2: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png --]
[-- Type: image/png, Size: 31183 bytes --]

[-- Attachment #3: prueba.md --]
[-- Type: text/markdown, Size: 640 bytes --]

Table tests to see if it works

| Perros | Talla | Peso | Nombre |
| ------ | ----- | ---- | ------ |
| 23     | 5     | 6    | Chicu  |
| 24     | 2     | 4    | Fala   |
| 45     | 8     | 10   | Frty   |
Table: Perros 1

Another table

| Perros | Talla | Peso | Nombre |
| ------ | ----- | ---- | ------ |
| 23     | 5     | 6    | Chicu  |
| 24     | 2     | 4    | Fala   |
| 45     | 8     | 10   | Frty   |
Table: Perros 2

And another table

| Perros | Talla | Peso | Nombre |
| ------ | ----- | ---- | ------ |
| 23     | 5     | 6    | Chicu  |
| 24     | 2     | 4    | Fala   |
| 45     | 8     | 10   | Frty   |
Table: Perros 3