El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane escribió:

That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
looks fine. What version are you using?

Julio Vera <avenz...@gmail.com> writes:

> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>
> Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see the
> tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert it
> to pdf they render fine.
>
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane
> escribió:
>
>>
>> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>> YAML metadata block.
>>
>>
>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>
>> > Hi!
>> >
>> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is
>> pxdxcomp.md,
>> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The
>> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I
>> tried
>> > copying everything and pasting it inside a new file but still have the
>> same
>> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>> >
>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane
>> > escribió:
>> >
>> >>
>> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>> >>
>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>
>> >> > I usually just ran the following command:
>> >> >
>> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >> >
>> >> > But today I was working with a particular .md file and after I
>> finished
>> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author
>> parameters
>> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like
>> this:
>> >> >
>> >> > title: title of the document
>> >> > author: myname
>> >> > date: today
>> >> >
>> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables
>> >> aren't
>> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>> >> >
>> >> > p t
>> >> > r 2
>> >> > 1 2
>> >> > 2 2
>> >> >
>> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>> >> >
>> >> > --
>> >> > You received this message because you are subscribed to the Google
>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it,
>> send
>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org.
>> >> > To view this discussion on the web visit
>> >>
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
>> >> .
>> >>
>> >
>> > --
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>> Groups "pandoc-discuss" group.
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>> > To view this discussion on the web visit
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>> .
>> > ---
>> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en
>> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el
>> virus.
>> > author: Julio Vera de León
>> > date: 25/Mayo/2021
>> > bibliography: proyecto.bib
>> > csl: vca.csl
>> > ---
>> >
>> > # Título
>> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>> >
>> > **Presente**
>> >
>> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en
>> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina
>> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el
>> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>> >
>> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros,
>> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.**
>> >
>> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Salud
>> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** y
>> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina Preventiva
>> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el
>> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y el
>> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>> >
>> > # Introducción
>> >
>> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha es
>> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en el
>> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido
>> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2
>> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por
>> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
>> >
>> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del
>> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación más
>> cercana.
>> >
>> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una enfermedad,
>> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la salud
>> humana.
>> >
>> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que
>> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de animales
>> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales son:
>> >
>> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>> https://ovc.uoguelph.ca)
>> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
>> https://sites.tufts.edu/covers/)
>> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical
>> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
>> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>> >
>> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se
>> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros humanos,
>> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de animales
>> que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron a
>> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de
>> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a los
>> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la enfermedad y
>> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que
>> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más convivimos. De
>> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones
>> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal o
>> salud humana.
>> >
>> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de
>> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen al
>> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>> >
>> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | Signos
>> clínicos | Transmisión |
>> > | ------------------ | ---------------------- |
>> ------------------------------ | -------------------------- |
>> ----------------- |
>> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos casos) |
>> Sí, entre hurones |
>> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en
>> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) |
>> No |
>> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>> >
>> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se
>> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede descartar
>> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de
>> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí que
>> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los
>> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de
>> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>> >
>> > # Justificación
>> >
>> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros y
>> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como también
>> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo
>> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se ha
>> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesaria
>> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que
>> conviven. @Patterson2020
>> >
>> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producción
>> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostrado
>> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera
>> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de transmitir
>> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que se
>> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una
>> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del mismo.
>> @Ulrich2020
>> >
>> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han
>> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico de
>> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular
>> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius furo*), ya
>> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación taxonómica
>> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano
>> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos
>> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17
>> millones de visones.[^2]
>> >
>> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados de
>> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera
>> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía
>> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden
>> representar [^3].
>> >
>> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>> )
>> >
>> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los
>> hurones en el Reino Unido](
>> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>> >
>> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales
>> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y la
>> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, es
>> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población.
>> >
>> > # Referencias
>> > ---
>> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>> > author: Julio Vera de León
>> > date: 26/Mayo/2021
>> > ----
>> >
>> > # Primer prueba
>> >
>> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en
>> leche.
>> >
>> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para
>> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con
>> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar
>> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tiene
>> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>> >
>> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>> >
>> > 1. Sanos: 9555
>> > 2. Enfermos postprueba: 286
>> > 3. Falsos positivos: 145
>> > 4. Falsos negativos: 14
>> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos
>> positivos.
>> >
>> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145
>> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían sacrificarse,
>> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba
>> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas
>> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos.
>> >
>> > # Segunda prueba
>> >
>> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda
>> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y
>> especificidad de 98.7%
>> >
>> > Cuadro de 2x2:
>> >
>> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>> >
>> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que sería
>> 431
>> > 2. Verdaderos positivos: 276
>> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>> > 4. Falsos positivos: 2
>> > 5. Falsos negativos: 10
>> > 6. Valor predicitvo positivo: 99%
>> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>> >
>> > # Tercer prueba
>> >
>> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del
>> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificidad
>> del 99%
>> >
>> > Cuadro 2 x2:
>> >
>> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>> >
>> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a
>> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un
>> respultado positivo.
>> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los
>> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene
>> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo.
>> >
>> > # Después de las pruebas
>> >
>> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>> >
>> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca
>> lechera? 2.8% (278/10000)
>> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3%
>> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es
>> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y
>> prevalece la enfermedad.
>> >
>> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno
>> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta
>> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es
>> erogado por los productores:
>> >
>> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala
>> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos
>> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 animales:
>> $1390
>> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos
>> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo
>> de positivos: $278,000 dolares.
>> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3
>> pruebas son $1409.3 pesos.
>>
>
> --
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