Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org>]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 22017 bytes --]

Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my folder 
where I have the .md file I only have another .pdf file. 

The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx
El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane 
escribió:

> Also, please let us know the full command you are using to
> convert (including any options).
>
> John MacFarlane <j...-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org> writes:
>
> > Make sure you don't have a reference.docx in your user data
> > directory.
> >
> > Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >
> >> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall 
> it 
> >> and then downloaded it again for macOS. 
> >>
> >> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if 
> it 
> >> woks with new files but I got the same result.
> >>
> >> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
> >> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there 
> >> renders fine. 
> >>
> >> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
> >> escribió:
> >>
> >>>
> >>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
> >>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
> >>> looks fine. What version are you using?
> >>>
> >>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>>
> >>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
> >>> >
> >>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I 
> see 
> >>> the 
> >>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I 
> convert 
> >>> it 
> >>> > to pdf they render fine. 
> >>> >
> >>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
> >>> > escribió:
> >>> >
> >>> >>
> >>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
> >>> >> YAML metadata block.
> >>> >>
> >>> >>
> >>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>> >>
> >>> >> > Hi! 
> >>> >> >
> >>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
> >>> >> pxdxcomp.md, 
> >>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no 
> issue. 
> >>> The 
> >>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. 
> I 
> >>> >> tried 
> >>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still 
> have 
> >>> the 
> >>> >> same 
> >>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
> >>> >> >
> >>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John 
> MacFarlane 
> >>> >> > escribió:
> >>> >> >
> >>> >> >>
> >>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown 
> file...
> >>> >> >>
> >>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>> >> >>
> >>> >> >> > I usually just ran the following command:
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
> >>> >> finished 
> >>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
> >>> >> parameters 
> >>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display 
> like 
> >>> >> this:
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > title: title of the document
> >>> >> >> > author: myname
> >>> >> >> > date: today
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the 
> >>> tables 
> >>> >> >> aren't 
> >>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > p t
> >>> >> >> > r 2
> >>> >> >> > 1 2
> >>> >> >> > 2 2
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > -- 
> >>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the 
> Google 
> >>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from 
> it, 
> >>> >> send 
> >>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >>> >> >> > To view this discussion on the web visit 
> >>> >> >> 
> >>> >> 
> >>> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
> >>> >> >> .
> >>> >> >>
> >>> >> >
> >>> >> > -- 
> >>> >> > You received this message because you are subscribed to the 
> Google 
> >>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
> >>> send 
> >>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >>> >> > To view this discussion on the web visit 
> >>> >> 
> >>> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
> >>> >> .
> >>> >> > ---
> >>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 
> en 
> >>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados 
> con 
> >>> el 
> >>> >> virus.
> >>> >> > author: Julio Vera de León
> >>> >> > date: 25/Mayo/2021
> >>> >> > bibliography: proyecto.bib
> >>> >> > csl: vca.csl
> >>> >> > ---
> >>> >> >
> >>> >> > # Título
> >>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> >>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
> >>> >> >
> >>> >> > **Presente**
> >>> >> >
> >>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría 
> en 
> >>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y 
> Medicina 
> >>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su 
> consideración el 
> >>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
> >>> >> >
> >>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
> >>> perros, 
> >>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
> >>> virus.**
> >>> >> >
> >>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y 
> >>> Salud 
> >>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la 
> UNAM** 
> >>> y 
> >>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
> >>> Preventiva 
> >>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por 
> el 
> >>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora 
> Medina** y 
> >>> el 
> >>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
> >>> >> >
> >>> >> > # Introducción
> >>> >> >
> >>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la 
> fecha 
> >>> es 
> >>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta 
> en 
> >>> el 
> >>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
> >>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
> >>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
> >>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad 
> emergente.[^1]
> >>> >> >
> >>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia 
> del 
> >>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una 
> relación 
> >>> más 
> >>> >> cercana.
> >>> >> >
> >>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
> >>> enfermedad, 
> >>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o 
> la 
> >>> salud 
> >>> >> humana.
> >>> >> >
> >>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América 
> que 
> >>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de 
> >>> animales 
> >>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las 
> cuales 
> >>> son:
> >>> >> >
> >>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
> >>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
> >>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
> >>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
> >>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & 
> Biomedical 
> >>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/
> )
> >>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
> >>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
> >>> >> >
> >>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
> >>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros 
> >>> humanos, 
> >>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de 
> >>> animales 
> >>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
> >>> contribuyeron a 
> >>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más 
> riesgo de 
> >>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta 
> a 
> >>> los 
> >>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
> >>> enfermedad y 
> >>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo 
> que 
> >>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
> >>> convivimos. De 
> >>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas 
> poblaciones 
> >>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad 
> animal 
> >>> o 
> >>> >> salud humana.
> >>> >> >
> >>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies 
> de 
> >>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que 
> tienen 
> >>> al 
> >>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
> >>> >> >
> >>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | 
> >>> Signos 
> >>> >> clínicos | Transmisión |
> >>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
> >>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
> >>> >> ----------------- |
> >>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos 
> >>> casos) | 
> >>> >> Sí, entre hurones |
> >>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo 
> en 
> >>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
> >>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos 
> casos) 
> >>> | 
> >>> >> No |
> >>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
> >>> >> >
> >>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la 
> epidemia se 
> >>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
> >>> descartar 
> >>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
> >>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De 
> ahí 
> >>> que 
> >>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a 
> los 
> >>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
> >>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
> >>> >> >
> >>> >> > # Justificación
> >>> >> >
> >>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en 
> perros 
> >>> y 
> >>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como 
> >>> también 
> >>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, 
> por 
> >>> lo 
> >>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más 
> importante se 
> >>> ha 
> >>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad 
> >>> necesaria 
> >>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los 
> que 
> >>> >> conviven. @Patterson2020
> >>> >> >
> >>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
> >>> producción 
> >>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
> >>> demostrado 
> >>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
> >>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
> >>> transmitir 
> >>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos 
> taurus*) 
> >>> que se 
> >>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado 
> una 
> >>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del 
> >>> mismo. 
> >>> >> @Ulrich2020 
> >>> >> >
> >>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no 
> han 
> >>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el 
> diagnístico 
> >>> de 
> >>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de 
> particular 
> >>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
> >>> furo*), ya 
> >>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
> >>> taxonómica 
> >>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
> >>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos 
> últimos 
> >>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
> >>> >> millones de visones.[^2] 
> >>> >> >
> >>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran 
> separados 
> >>> de 
> >>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de 
> manera 
> >>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una 
> guía 
> >>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que 
> pueden 
> >>> >> representar [^3]. 
> >>> >> >
> >>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
> >>> >> 
> >>> 
> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
> >>> >> )
> >>> >> >
> >>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
> >>> >> hurones en el Reino Unido](
> >>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
> >>> >> >
> >>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
> >>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad 
> emergente y 
> >>> la 
> >>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales 
> domésticos, 
> >>> es 
> >>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra 
> población. 
> >>> >> >
> >>> >> > # Referencias
> >>> >> > ---
> >>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> >>> >> > author: Julio Vera de León
> >>> >> > date: 26/Mayo/2021
> >>> >> > ----
> >>> >> >
> >>> >> > # Primer prueba
> >>> >> >
> >>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo 
> en 
> >>> >> leche. 
> >>> >> >
> >>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche 
> para 
> >>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan 
> con 
> >>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para 
> >>> encontrar 
> >>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la 
> cual 
> >>> tiene 
> >>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
> >>> >> >
> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
> >>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
> >>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
> >>> >> >
> >>> >> > 1. Sanos: 9555
> >>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
> >>> >> > 3. Falsos positivos: 145
> >>> >> > 4. Falsos negativos: 14
> >>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
> >>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
> >>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo 
> falsos 
> >>> >> positivos. 
> >>> >> >
> >>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 
> 145 
> >>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
> >>> sacrificarse, 
> >>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una 
> prueba 
> >>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
> >>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
> >>> >> >
> >>> >> > # Segunda prueba
> >>> >> >
> >>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la 
> segunda 
> >>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 
> 96.4% 
> >>> y 
> >>> >> especificidad de 98.7%
> >>> >> >
> >>> >> > Cuadro de 2x2: 
> >>> >> >
> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
> >>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
> >>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
> >>> >> >
> >>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que 
> >>> sería 
> >>> >> 431
> >>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
> >>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
> >>> >> > 4. Falsos positivos: 2
> >>> >> > 5. Falsos negativos: 10
> >>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
> >>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
> >>> >> >
> >>> >> > # Tercer prueba
> >>> >> >
> >>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
> >>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
> >>> especificidad 
> >>> >> del 99%
> >>> >> >
> >>> >> > Cuadro 2 x2:
> >>> >> >
> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
> >>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
> >>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
> >>> >> >
> >>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
> >>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
> >>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los 
> animales 
> >>> a 
> >>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con 
> un 
> >>> >> respultado positivo.
> >>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a 
> los 
> >>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
> >>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
> >>> >> > 
> >>> >> > # Después de las pruebas
> >>> >> >
> >>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
> >>> >> >
> >>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la 
> cuenca 
> >>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
> >>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
> >>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
> >>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el 
> hato 
> >>> es 
> >>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir 
> contagiando y 
> >>> >> prevalece la enfermedad. 
> >>> >> >
> >>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el 
> gobierno 
> >>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
> >>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás 
> pruebas es 
> >>> >> erogado por los productores:
> >>> >> >
> >>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de 
> bengala 
> >>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 
> >>> pesos
> >>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> >>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
> >>> animales: 
> >>> >> $1390
> >>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
> >>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 
> dolares. 
> >>> Costo 
> >>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
> >>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: 
> De 
> >>> las 3 
> >>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
> >>> >>
> >>> >
> >>> > -- 
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> >>>
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> .
> >>
> >> Table tests to see if it works
> >>
> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> Table: Perros 1
> >>
> >> Another table
> >>
> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> Table: Perros 2
> >>
> >> And another table
> >>
> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> Table: Perros 3
>

-- 
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[-- Attachment #1.2: Type: text/html, Size: 34267 bytes --]