Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my folder where I have the .md file I only have another .pdf file. The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane escribió: > Also, please let us know the full command you are using to > convert (including any options). > > John MacFarlane writes: > > > Make sure you don't have a reference.docx in your user data > > directory. > > > > Julio Vera writes: > > > >> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall > it > >> and then downloaded it again for macOS. > >> > >> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if > it > >> woks with new files but I got the same result. > >> > >> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png] > >> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there > >> renders fine. > >> > >> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane > >> escribió: > >> > >>> > >>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow > >>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It > >>> looks fine. What version are you using? > >>> > >>> Julio Vera writes: > >>> > >>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png] > >>> > > >>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I > see > >>> the > >>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I > convert > >>> it > >>> > to pdf they render fine. > >>> > > >>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane > >>> > escribió: > >>> > > >>> >> > >>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the > >>> >> YAML metadata block. > >>> >> > >>> >> > >>> >> Julio Vera writes: > >>> >> > >>> >> > Hi! > >>> >> > > >>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is > >>> >> pxdxcomp.md, > >>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no > issue. > >>> The > >>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. > I > >>> >> tried > >>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still > have > >>> the > >>> >> same > >>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc. > >>> >> > > >>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John > MacFarlane > >>> >> > escribió: > >>> >> > > >>> >> >> > >>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown > file... > >>> >> >> > >>> >> >> Julio Vera writes: > >>> >> >> > >>> >> >> > I usually just ran the following command: > >>> >> >> > > >>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx > >>> >> >> > > >>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I > >>> >> finished > >>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author > >>> >> parameters > >>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display > like > >>> >> this: > >>> >> >> > > >>> >> >> > title: title of the document > >>> >> >> > author: myname > >>> >> >> > date: today > >>> >> >> > > >>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the > >>> tables > >>> >> >> aren't > >>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this: > >>> >> >> > > >>> >> >> > p t > >>> >> >> > r 2 > >>> >> >> > 1 2 > >>> >> >> > 2 2 > >>> >> >> > > >>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened. > >>> >> >> > > >>> >> >> > -- > >>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the > Google > >>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group. > >>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from > it, > >>> >> send > >>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > >>> >> >> > To view this discussion on the web visit > >>> >> >> > >>> >> > >>> > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com > >>> >> >> . > >>> >> >> > >>> >> > > >>> >> > -- > >>> >> > You received this message because you are subscribed to the > Google > >>> >> Groups "pandoc-discuss" group. > >>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, > >>> send > >>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > >>> >> > To view this discussion on the web visit > >>> >> > >>> > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com > >>> >> . > >>> >> > --- > >>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 > en > >>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados > con > >>> el > >>> >> virus. > >>> >> > author: Julio Vera de León > >>> >> > date: 25/Mayo/2021 > >>> >> > bibliography: proyecto.bib > >>> >> > csl: vca.csl > >>> >> > --- > >>> >> > > >>> >> > # Título > >>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD** > >>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA** > >>> >> > > >>> >> > **Presente** > >>> >> > > >>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría > en > >>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y > Medicina > >>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su > consideración el > >>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación: > >>> >> > > >>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en > >>> perros, > >>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el > >>> virus.** > >>> >> > > >>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y > >>> Salud > >>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la > UNAM** > >>> y > >>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina > >>> Preventiva > >>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por > el > >>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora > Medina** y > >>> el > >>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López** > >>> >> > > >>> >> > # Introducción > >>> >> > > >>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la > fecha > >>> es > >>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta > en > >>> el > >>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido > >>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 > >>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por > >>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad > emergente.[^1] > >>> >> > > >>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia > del > >>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una > relación > >>> más > >>> >> cercana. > >>> >> > > >>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una > >>> enfermedad, > >>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o > la > >>> salud > >>> >> humana. > >>> >> > > >>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América > que > >>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de > >>> animales > >>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las > cuales > >>> son: > >>> >> > > >>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph]( > >>> >> https://ovc.uoguelph.ca) > >>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University]( > >>> >> https://sites.tufts.edu/covers/) > >>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & > Biomedical > >>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/ > ) > >>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research]( > >>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps) > >>> >> > > >>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se > >>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros > >>> humanos, > >>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de > >>> animales > >>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que > >>> contribuyeron a > >>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más > riesgo de > >>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta > a > >>> los > >>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la > >>> enfermedad y > >>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo > que > >>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más > >>> convivimos. De > >>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas > poblaciones > >>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad > animal > >>> o > >>> >> salud humana. > >>> >> > > >>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies > de > >>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que > tienen > >>> al > >>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021] > >>> >> > > >>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | > >>> Signos > >>> >> clínicos | Transmisión | > >>> >> > | ------------------ | ---------------------- | > >>> >> ------------------------------ | -------------------------- | > >>> >> ----------------- | > >>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos > >>> casos) | > >>> >> Sí, entre hurones | > >>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo > en > >>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos | > >>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos > casos) > >>> | > >>> >> No | > >>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE) > >>> >> > > >>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la > epidemia se > >>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede > >>> descartar > >>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de > >>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De > ahí > >>> que > >>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a > los > >>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de > >>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021] > >>> >> > > >>> >> > # Justificación > >>> >> > > >>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en > perros > >>> y > >>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como > >>> también > >>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, > por > >>> lo > >>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más > importante se > >>> ha > >>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad > >>> necesaria > >>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los > que > >>> >> conviven. @Patterson2020 > >>> >> > > >>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de > >>> producción > >>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han > >>> demostrado > >>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera > >>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de > >>> transmitir > >>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos > taurus*) > >>> que se > >>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado > una > >>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del > >>> mismo. > >>> >> @Ulrich2020 > >>> >> > > >>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no > han > >>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el > diagnístico > >>> de > >>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de > particular > >>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius > >>> furo*), ya > >>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación > >>> taxonómica > >>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano > >>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos > últimos > >>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 > >>> >> millones de visones.[^2] > >>> >> > > >>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran > separados > >>> de > >>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de > manera > >>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una > guía > >>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que > pueden > >>> >> representar [^3]. > >>> >> > > >>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?]( > >>> >> > >>> > https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610 > >>> >> ) > >>> >> > > >>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los > >>> >> hurones en el Reino Unido]( > >>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf) > >>> >> > > >>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales > >>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad > emergente y > >>> la > >>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales > domésticos, > >>> es > >>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra > población. > >>> >> > > >>> >> > # Referencias > >>> >> > --- > >>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias > >>> >> > author: Julio Vera de León > >>> >> > date: 26/Mayo/2021 > >>> >> > ---- > >>> >> > > >>> >> > # Primer prueba > >>> >> > > >>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo > en > >>> >> leche. > >>> >> > > >>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche > para > >>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan > con > >>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para > >>> encontrar > >>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la > cual > >>> tiene > >>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%. > >>> >> > > >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- | > >>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 | > >>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 | > >>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 | > >>> >> > > >>> >> > 1. Sanos: 9555 > >>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286 > >>> >> > 3. Falsos positivos: 145 > >>> >> > 4. Falsos negativos: 14 > >>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66% > >>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99% > >>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo > falsos > >>> >> positivos. > >>> >> > > >>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los > 145 > >>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían > >>> sacrificarse, > >>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una > prueba > >>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas > >>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. > >>> >> > > >>> >> > # Segunda prueba > >>> >> > > >>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la > segunda > >>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del > 96.4% > >>> y > >>> >> especificidad de 98.7% > >>> >> > > >>> >> > Cuadro de 2x2: > >>> >> > > >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- | > >>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 | > >>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 | > >>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 | > >>> >> > > >>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que > >>> sería > >>> >> 431 > >>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276 > >>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143 > >>> >> > 4. Falsos positivos: 2 > >>> >> > 5. Falsos negativos: 10 > >>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% > >>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93% > >>> >> > > >>> >> > # Tercer prueba > >>> >> > > >>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del > >>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y > >>> especificidad > >>> >> del 99% > >>> >> > > >>> >> > Cuadro 2 x2: > >>> >> > > >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- | > >>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 | > >>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 | > >>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 | > >>> >> > > >>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0 > >>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7 > >>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los > animales > >>> a > >>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con > un > >>> >> respultado positivo. > >>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a > los > >>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene > >>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. > >>> >> > > >>> >> > # Después de las pruebas > >>> >> > > >>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa: > >>> >> > > >>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la > cuenca > >>> >> lechera? 2.8% (278/10000) > >>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% > >>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% () > >>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el > hato > >>> es > >>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir > contagiando y > >>> >> prevalece la enfermedad. > >>> >> > > >>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el > gobierno > >>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta > >>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás > pruebas es > >>> >> erogado por los productores: > >>> >> > > >>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de > bengala > >>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 > >>> pesos > >>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3 > >>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 > >>> animales: > >>> >> $1390 > >>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos > >>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 > dolares. > >>> Costo > >>> >> de positivos: $278,000 dolares. > >>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: > De > >>> las 3 > >>> >> pruebas son $1409.3 pesos. > >>> >> > >>> > > >>> > -- > >>> > You received this message because you are subscribed to the Google > >>> Groups "pandoc-discuss" group. > >>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, > send > >>> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > >>> > To view this discussion on the web visit > >>> > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com > >>> . > >>> > >> > >> -- > >> You received this message because you are subscribed to the Google > Groups "pandoc-discuss" group. > >> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send > an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > >> To view this discussion on the web visit > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/932560f4-7866-4fd4-90e7-4797e23fab20n%40googlegroups.com > . > >> > >> Table tests to see if it works > >> > >> | Perros | Talla | Peso | Nombre | > >> | ------ | ----- | ---- | ------ | > >> | 23 | 5 | 6 | Chicu | > >> | 24 | 2 | 4 | Fala | > >> | 45 | 8 | 10 | Frty | > >> Table: Perros 1 > >> > >> Another table > >> > >> | Perros | Talla | Peso | Nombre | > >> | ------ | ----- | ---- | ------ | > >> | 23 | 5 | 6 | Chicu | > >> | 24 | 2 | 4 | Fala | > >> | 45 | 8 | 10 | Frty | > >> Table: Perros 2 > >> > >> And another table > >> > >> | Perros | Talla | Peso | Nombre | > >> | ------ | ----- | ---- | ------ | > >> | 23 | 5 | 6 | Chicu | > >> | 24 | 2 | 4 | Fala | > >> | 45 | 8 | 10 | Frty | > >> Table: Perros 3 > -- You received this message because you are subscribed to the Google Groups "pandoc-discuss" group. To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/ba007430-af22-455f-a4a8-96011afe5dc3n%40googlegroups.com.