From mboxrd@z Thu Jan 1 00:00:00 1970 X-Msuck: nntp://news.gmane.io/gmane.text.pandoc/28473 Path: news.gmane.io!.POSTED.blaine.gmane.org!not-for-mail From: Julio Vera Newsgroups: gmane.text.pandoc Subject: Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block Date: Thu, 27 May 2021 13:19:33 -0700 (PDT) Message-ID: References: <1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n@googlegroups.com> <932560f4-7866-4fd4-90e7-4797e23fab20n@googlegroups.com> Reply-To: pandoc-discuss-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org Mime-Version: 1.0 Content-Type: multipart/mixed; boundary="----=_Part_306_522218458.1622146773162" Injection-Info: ciao.gmane.io; posting-host="blaine.gmane.org:116.202.254.214"; logging-data="21918"; mail-complaints-to="usenet@ciao.gmane.io" To: pandoc-discuss Original-X-From: pandoc-discuss+bncBD3Y3JUZQABBBVX5X6CQMGQEGVJNEHI-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org Thu May 27 22:19:37 2021 Return-path: Envelope-to: gtp-pandoc-discuss@m.gmane-mx.org Original-Received: from mail-oo1-f63.google.com ([209.85.161.63]) by ciao.gmane.io with esmtps (TLS1.3:ECDHE_RSA_AES_128_GCM_SHA256:128) (Exim 4.92) (envelope-from ) id 1lmMTg-0005SE-OA for gtp-pandoc-discuss@m.gmane-mx.org; Thu, 27 May 2021 22:19:36 +0200 Original-Received: by mail-oo1-f63.google.com with SMTP id f8-20020a4ab6480000b029023de979bd74sf939253ooo.7 for ; Thu, 27 May 2021 13:19:36 -0700 (PDT) DKIM-Signature: v=1; a=rsa-sha256; c=relaxed/relaxed; d=googlegroups.com; s=20161025; h=sender:date:from:to:message-id:in-reply-to:references:subject :mime-version:x-original-sender:reply-to:precedence:mailing-list :list-id:list-post:list-help:list-archive:list-subscribe :list-unsubscribe; bh=nmNCV4WPjCOKkkel5zbtruzR8b97XguUFRX5Btj5fC8=; b=ZCJds9dOjyQWqNpHpqEIV3c0e8LQNGHgAzaqUfuqTSjn/2Ca72Xmn60KB8mStUj7ny jxBJaueTR9nMdPm22PC865cffjEecImRpnBjAz3wGp+c3SW1QVMqJbD2WZarfTR2l7mO bkgwQGODBVTQAGwHqVUmwtCtC1BfHWEo+rzkZSBxfVmW29P9YD+dvhbx0pjClQKExEmP Z0gRSNkN0tIYBe9Ox2VZaFOtHVjszZ9AG5H4BVaanpvOsJSda+gzlHHb63wNVSCVCxZ1 j7c4EoU9P1zeI++8p8vN33ceMeEjio4TcQZh7gd1m4HgdREj0hDgWrVGOVjstfP1bidZ Zr4Q== DKIM-Signature: v=1; a=rsa-sha256; c=relaxed/relaxed; d=gmail.com; s=20161025; h=date:from:to:message-id:in-reply-to:references:subject:mime-version :x-original-sender:reply-to:precedence:mailing-list:list-id :list-post:list-help:list-archive:list-subscribe:list-unsubscribe; bh=nmNCV4WPjCOKkkel5zbtruzR8b97XguUFRX5Btj5fC8=; b=AlQDSREmJa2WU7wcCiSxSvuPZ1YHAZSDOXwdwtrvWgO4ddBRwZ+wELf1+uo6ILiiGs 4ypMh60bVrZvdAOx0bQEL5N9DtjPb4BXtRNukDFd818eoPYrRIsQ21JRYnE59osPMcgo QIPg6ma/ySW/oB24n5/Rlm14h+f4a//ietGOGdQ8xXgb/EDVRjgoxRdWJ4VTHrdN37AW u8IJ9CRB0UhKPr27uotN8FcVuYTRi+SgVh8rSYzPEm+pGPyWfDe4ZB2Ih3IAxA06Xvzw MlE5V0T3vV+tyuPZsf1IrcSfoVShv9LGmaCVn9SdJsMObfPQOFmwi5fizTI93f/bDYpF a6dg== X-Google-DKIM-Signature: v=1; a=rsa-sha256; c=relaxed/relaxed; d=1e100.net; s=20161025; h=sender:x-gm-message-state:date:from:to:message-id:in-reply-to :references:subject:mime-version:x-original-sender:reply-to :precedence:mailing-list:list-id:x-spam-checked-in-group:list-post :list-help:list-archive:list-subscribe:list-unsubscribe; bh=nmNCV4WPjCOKkkel5zbtruzR8b97XguUFRX5Btj5fC8=; b=JQkaSvEXBkJj+ky6cY9+XtNDbm7433dmq1miDE5XscSQsUunEbe4gqRJIVA6Ok1tQf 3iWvxHgQllUf58rm+94z5azy2fvXxMakZV0YR/LxnjfNRctZVwpAgSqNw5adIy/vFmjv 8nhyJzD7x7VqdKAi0uq9KDvW/fVMEQtfpbjUNGu5lxqfiVGSJmnUTCZzc4qqWXev+r1x cy1rbtq3Nuwjs9bjJUV3M9guSJygapWTEfxwvw9cWEqTiwRGoLhuIe6/qLHg0323P9u8 KP8DBAqsklIqH/1Z5sY+86WkcTRQLXcI/trsVreejGNVVQyRKCiCegHR4nffj5fRW6E9 2IJA== Original-Sender: pandoc-discuss-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org X-Gm-Message-State: AOAM53064j7+8xJ51iTdW0JgrKedXpQUdrhMNia8tZjbxyAMsVIXH3xH OSwwkLzsPyH6zPqUBPfideE= X-Google-Smtp-Source: ABdhPJw7IXKDYEfM/k9Yp/fD7IpriIRzWNFN+Yb5hN+1aHE2vnTAZX2HFFtJu9A/oYsz7pCHHJhw7A== X-Received: by 2002:a4a:e416:: with SMTP id t22mr4082384oov.39.1622146775718; Thu, 27 May 2021 13:19:35 -0700 (PDT) X-BeenThere: pandoc-discuss-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org Original-Received: by 2002:a9d:6d11:: with SMTP id o17ls1286868otp.11.gmail; Thu, 27 May 2021 13:19:34 -0700 (PDT) X-Received: by 2002:a9d:6d88:: with SMTP id x8mr4356948otp.35.1622146773871; Thu, 27 May 2021 13:19:33 -0700 (PDT) In-Reply-To: X-Original-Sender: avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org Precedence: list Mailing-list: list pandoc-discuss-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org; contact pandoc-discuss+owners-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org List-ID: X-Google-Group-Id: 1007024079513 List-Post: , List-Help: , List-Archive: , List-Unsubscribe: , Xref: news.gmane.io gmane.text.pandoc:28473 Archived-At: ------=_Part_306_522218458.1622146773162 Content-Type: multipart/alternative; boundary="----=_Part_307_741509922.1622146773162" ------=_Part_307_741509922.1622146773162 Content-Type: text/plain; charset="UTF-8" Content-Transfer-Encoding: quoted-printable Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my folder=20 where I have the .md file I only have another .pdf file.=20 The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane=20 escribi=C3=B3: > Also, please let us know the full command you are using to > convert (including any options). > > John MacFarlane writes: > > > Make sure you don't have a reference.docx in your user data > > directory. > > > > Julio Vera writes: > > > >> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall= =20 > it=20 > >> and then downloaded it again for macOS.=20 > >> > >> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see i= f=20 > it=20 > >> woks with new files but I got the same result. > >> > >> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png] > >> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there= =20 > >> renders fine.=20 > >> > >> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane=20 > >> escribi=C3=B3: > >> > >>> > >>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow > >>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It > >>> looks fine. What version are you using? > >>> > >>> Julio Vera writes: > >>> > >>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png] > >>> > > >>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I= =20 > see=20 > >>> the=20 > >>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I=20 > convert=20 > >>> it=20 > >>> > to pdf they render fine.=20 > >>> > > >>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane= =20 > >>> > escribi=C3=B3: > >>> > > >>> >> > >>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the > >>> >> YAML metadata block. > >>> >> > >>> >> > >>> >> Julio Vera writes: > >>> >> > >>> >> > Hi!=20 > >>> >> > > >>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is=20 > >>> >> pxdxcomp.md,=20 > >>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no=20 > issue.=20 > >>> The=20 > >>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here= .=20 > I=20 > >>> >> tried=20 > >>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still=20 > have=20 > >>> the=20 > >>> >> same=20 > >>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc. > >>> >> > > >>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John=20 > MacFarlane=20 > >>> >> > escribi=C3=B3: > >>> >> > > >>> >> >> > >>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown=20 > file... > >>> >> >> > >>> >> >> Julio Vera writes: > >>> >> >> > >>> >> >> > I usually just ran the following command: > >>> >> >> > > >>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx > >>> >> >> > > >>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after = I=20 > >>> >> finished=20 > >>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author= =20 > >>> >> parameters=20 > >>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display= =20 > like=20 > >>> >> this: > >>> >> >> > > >>> >> >> > title: title of the document > >>> >> >> > author: myname > >>> >> >> > date: today > >>> >> >> > > >>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the= =20 > >>> tables=20 > >>> >> >> aren't=20 > >>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this: > >>> >> >> > > >>> >> >> > p t > >>> >> >> > r 2 > >>> >> >> > 1 2 > >>> >> >> > 2 2 > >>> >> >> > > >>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened. > >>> >> >> > > >>> >> >> > --=20 > >>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the= =20 > Google=20 > >>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group. > >>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from= =20 > it,=20 > >>> >> send=20 > >>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > >>> >> >> > To view this discussion on the web visit=20 > >>> >> >>=20 > >>> >>=20 > >>>=20 > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-= 08df53958b28n%40googlegroups.com > >>> >> >> . > >>> >> >> > >>> >> > > >>> >> > --=20 > >>> >> > You received this message because you are subscribed to the=20 > Google=20 > >>> >> Groups "pandoc-discuss" group. > >>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it= ,=20 > >>> send=20 > >>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > >>> >> > To view this discussion on the web visit=20 > >>> >>=20 > >>>=20 > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-= e2fee781b831n%40googlegroups.com > >>> >> . > >>> >> > --- > >>> >> > title: Diagn=C3=B3stico situacional sobre la prevalencia de SARS= -COV-2=20 > en=20 > >>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagn=C3=B3sti= cados=20 > con=20 > >>> el=20 > >>> >> virus. > >>> >> > author: Julio Vera de Le=C3=B3n > >>> >> > date: 25/Mayo/2021 > >>> >> > bibliography: proyecto.bib > >>> >> > csl: vca.csl > >>> >> > --- > >>> >> > > >>> >> > # T=C3=ADtulo > >>> >> > **H. CONSEJO T=C3=89CNICO DE LA FACULTAD** > >>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA** > >>> >> > > >>> >> > **Presente** > >>> >> > > >>> >> > =C3=89l que suscribe, **Julio Vera de Le=C3=B3n**, alumnos de la= Maestr=C3=ADa=20 > en=20 > >>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el =C3=A1rea de Salud P=C3=BAb= lica y=20 > Medicina=20 > >>> >> Preventiva, con n=C3=BAmero de cuenta 52101425-4. Pone a su=20 > consideraci=C3=B3n el=20 > >>> >> siguiente tema para diagn=C3=B3stico de situaci=C3=B3n: > >>> >> > > >>> >> > **Diagn=C3=B3stico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-= 2 en=20 > >>> perros,=20 > >>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagn=C3=B3sticados co= n el=20 > >>> virus.** > >>> >> > > >>> >> > Que ser=C3=A1 realizado en el **Departamento de Medicina Prevent= iva y=20 > >>> Salud=20 > >>> >> P=C3=BAblica de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de= la=20 > UNAM**=20 > >>> y=20 > >>> >> que pertenece al campo de profundizaci=C3=B3n profesional: **Medic= ina=20 > >>> Preventiva=20 > >>> >> y Salud P=C3=BAblica**. Bajo la asesor=C3=ADa del comit=C3=A9 tuto= r conformado por=20 > el=20 > >>> >> **Dr. MSP Juan Ram=C3=B3n Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora= =20 > Medina** y=20 > >>> el=20 > >>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy L=C3=B3pez** > >>> >> > > >>> >> > # Introducci=C3=B3n > >>> >> > > >>> >> > El sustento de este diagn=C3=B3stico de situaci=C3=B3n viene de = que a la=20 > fecha=20 > >>> es=20 > >>> >> desconocido por el autor alg=C3=BAn material bibliogr=C3=A1fico o = de consulta=20 > en=20 > >>> el=20 > >>> >> que se tengan datos referentes al n=C3=BAmero de animales que han = sido=20 > >>> >> infectados por el s=C3=ADndrome respiratorio agudo severo coronavi= rus 2=20 > >>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infecci=C3=B3n en los animale= s por=20 > >>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad=20 > emergente.[^1] > >>> >> > > >>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia= =20 > del=20 > >>> >> agente en los animales de compa=C3=B1=C3=ADa con los que mantenemo= s una=20 > relaci=C3=B3n=20 > >>> m=C3=A1s=20 > >>> >> cercana. > >>> >> > > >>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparici=C3=B3n de una= =20 > >>> enfermedad,=20 > >>> >> infecci=C3=B3n o infestaci=C3=B3n nueva y que impacta en la sanida= d animal o=20 > la=20 > >>> salud=20 > >>> >> humana. > >>> >> > > >>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en Am=C3= =A9rica=20 > que=20 > >>> >> est=C3=A1n realizando estudios de muestreo para conocer la cantida= d de=20 > >>> animales=20 > >>> >> de compa=C3=B1ia infectados por contacto con sus propietarios, las= =20 > cuales=20 > >>> son: > >>> >> > > >>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph]( > >>> >> https://ovc.uoguelph.ca) > >>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University]( > >>> >> https://sites.tufts.edu/covers/) > >>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine &=20 > Biomedical=20 > >>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research= / > ) > >>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research]( > >>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps) > >>> >> > > >>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 s= e=20 > >>> >> mantiene principalmente por la transmisi=C3=B3n de humanos hacia o= tros=20 > >>> humanos,=20 > >>> >> por lo que en este estudio el enfoque ser=C3=A1 conocer la cantida= d de=20 > >>> animales=20 > >>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que=20 > >>> contribuyeron a=20 > >>> >> la infecci=C3=B3n, y conocer los tipos de casa en los que hubo m= =C3=A1s=20 > riesgo de=20 > >>> >> infecci=C3=B3n a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no des= carta=20 > a=20 > >>> los=20 > >>> >> animales salvajes y dom=C3=A9sticos como reservorios futuros de la= =20 > >>> enfermedad y=20 > >>> >> que puedan representar un problema para la salud p=C3=BAblica, por= lo=20 > que=20 > >>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que m=C3=A1s= =20 > >>> convivimos. De=20 > >>> >> igual forma, la introducci=C3=B3n constante del virus a nuevas=20 > poblaciones=20 > >>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad= =20 > animal=20 > >>> o=20 > >>> >> salud humana. > >>> >> > > >>> >> > A la fecha la OIE cuenta con informaci=C3=B3n referente a las es= pecies=20 > de=20 > >>> >> inter=C3=A9s en este diagn=C3=B3stico en cu=C3=A1nto a la suscepti= bilidad que=20 > tienen=20 > >>> al=20 > >>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021] > >>> >> > > >>> >> > | Especie | Tipo de infecci=C3=B3n | Susceptibilidad a la infecc= i=C3=B3n |=20 > >>> Signos=20 > >>> >> cl=C3=ADnicos | Transmisi=C3=B3n | > >>> >> > | ------------------ | ---------------------- |=20 > >>> >> ------------------------------ | -------------------------- |=20 > >>> >> ----------------- | > >>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | S=C3=AD (s=C3=B3lo e= n algunos=20 > >>> casos) |=20 > >>> >> S=C3=AD, entre hurones | > >>> >> > | Gatos (dom=C3=A9sticos) | Natural y experimental | Alta | S=C3= =AD (s=C3=B3lo=20 > en=20 > >>> >> algunos casos) | S=C3=AD, entre gatos | > >>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | S=C3=AD (s=C3=B3lo en= algunos=20 > casos)=20 > >>> |=20 > >>> >> No | > >>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE= ) > >>> >> > > >>> >> > A pesar de que la informaci=C3=B3n actual ha mencionado que la= =20 > epidemia se=20 > >>> >> mantiene por medio de la transmisi=C3=B3n humano-humano, no se pue= de=20 > >>> descartar=20 > >>> >> como un componente de esta cadena de transmisi=C3=B3n a los animal= es de=20 > >>> >> compa=C3=B1ia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevant= e. De=20 > ah=C3=AD=20 > >>> que=20 > >>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a= =20 > los=20 > >>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo d= e=20 > >>> >> transmisi=C3=B3n desde la mascota es bajo. [@CDC2021] > >>> >> > > >>> >> > # Justificaci=C3=B3n > >>> >> > > >>> >> > La detecci=C3=B3n del material gen=C3=A9tico del virus de SARS-C= OV-2 en=20 > perros=20 > >>> y=20 > >>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signolog=C3=ADa, as= =C3=AD como=20 > >>> tambi=C3=A9n=20 > >>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas,= =20 > por=20 > >>> lo=20 > >>> >> que la infecci=C3=B3n en estas especies est=C3=A1 comprobada, y m= =C3=A1s=20 > importante se=20 > >>> ha=20 > >>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad= =20 > >>> necesaria=20 > >>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los= =20 > que=20 > >>> >> conviven. @Patterson2020 > >>> >> > > >>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de=20 > >>> producci=C3=B3n=20 > >>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han= =20 > >>> demostrado=20 > >>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infecci=C3=B3n de = manera=20 > >>> >> experimental, adem=C3=A1s de que no se ha comprobado sean capaces = de=20 > >>> transmitir=20 > >>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos=20 > taurus*)=20 > >>> que se=20 > >>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado= =20 > una=20 > >>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisi=C3=B3= n del=20 > >>> mismo.=20 > >>> >> @Ulrich2020=20 > >>> >> > > >>> >> > Debido a que las especies usadas com=C3=BAnmente en la ganader= =C3=ADa no=20 > han=20 > >>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el=20 > diagn=C3=ADstico=20 > >>> de=20 > >>> >> situaci=C3=B3n en perros, gatos y hurones. De estos tres es de=20 > particular=20 > >>> >> relevancia mencionar a los hurones dom=C3=A9sticos (*Mustela outor= ius=20 > >>> furo*), ya=20 > >>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relaci=C3= =B3n=20 > >>> taxon=C3=B3mica=20 > >>> >> con los must=C3=A9lidos usados en granjas como lo es el vis=C3=B3n= americano=20 > >>> >> (*Neovison vison*) y vis=C3=B3n europeo (*Mustela lutreola*), esto= s=20 > =C3=BAltimos=20 > >>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llev=C3=B3 a la eutanasia= de 17=20 > >>> >> millones de visones.[^2]=20 > >>> >> > > >>> >> > Aunque los hurones dom=C3=A9sticos frecuentemente se encuentran= =20 > separados=20 > >>> de=20 > >>> >> otros y no son capaces de mantener la propagaci=C3=B3n del virus d= e=20 > manera=20 > >>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una= =20 > gu=C3=ADa=20 > >>> >> especial para los due=C3=B1os de estos animales debido al riesgo q= ue=20 > pueden=20 > >>> >> representar [^3].=20 > >>> >> > > >>> >> > [^2]: [=C2=BFPor qu=C3=A9 Dinamarca sacrific=C3=B3 17 millones d= e visones?]( > >>> >>=20 > >>>=20 > https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-mil= lion-minks-now-plans-n1249610 > >>> >> ) > >>> >> > > >>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y lo= s=20 > >>> >> hurones en el Reino Unido]( > >>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf= ) > >>> >> > > >>> >> > Es as=C3=AD que en consideraci=C3=B3n al C=C3=B3digo Sanitario p= ara los Animales=20 > >>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad=20 > emergente y=20 > >>> la=20 > >>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales=20 > dom=C3=A9sticos,=20 > >>> es=20 > >>> >> necesario realizar un diagn=C3=B3stico de situaci=C3=B3n en nuestr= a=20 > poblaci=C3=B3n.=20 > >>> >> > > >>> >> > # Referencias > >>> >> > --- > >>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagn=C3=B3sticas complementarias > >>> >> > author: Julio Vera de Le=C3=B3n > >>> >> > date: 26/Mayo/2021 > >>> >> > ---- > >>> >> > > >>> >> > # Primer prueba > >>> >> > > >>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anill= o=20 > en=20 > >>> >> leche.=20 > >>> >> > > >>> >> > Se hizo un diagn=C3=B3stico con la prueba tamiz de anillo en lec= he=20 > para=20 > >>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuenta= n=20 > con=20 > >>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para= =20 > >>> encontrar=20 > >>> >> los positivos; a trav=C3=A9s de la prueba tamiz de rosa de bengala= la=20 > cual=20 > >>> tiene=20 > >>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%. > >>> >> > > >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- | > >>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 | > >>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 | > >>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 | > >>> >> > > >>> >> > 1. Sanos: 9555 > >>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286 > >>> >> > 3. Falsos positivos: 145 > >>> >> > 4. Falsos negativos: 14 > >>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66% > >>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99% > >>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo=20 > falsos=20 > >>> >> positivos.=20 > >>> >> > > >>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los= =20 > 145=20 > >>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deber=C3=ADan= =20 > >>> sacrificarse,=20 > >>> >> por lo que es necesario despu=C3=A9s de la prueba tamiz realizar u= na=20 > prueba=20 > >>> >> mucho m=C3=A1s especifica, por lo que se sugierte una prueba con m= as=20 > >>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos.=20 > >>> >> > > >>> >> > # Segunda prueba > >>> >> > > >>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la=20 > segunda=20 > >>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del= =20 > 96.4%=20 > >>> y=20 > >>> >> especificidad de 98.7% > >>> >> > > >>> >> > Cuadro de 2x2:=20 > >>> >> > > >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- | > >>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 | > >>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 | > >>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 | > >>> >> > > >>> >> > 1. En que animales se aplicar=C3=ADa? Sobre el total de positivo= s, que=20 > >>> ser=C3=ADa=20 > >>> >> 431 > >>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276 > >>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143 > >>> >> > 4. Falsos positivos: 2 > >>> >> > 5. Falsos negativos: 10 > >>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99%=20 > >>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93% > >>> >> > > >>> >> > # Tercer prueba > >>> >> > > >>> >> > Al realizar un tercer diagn=C3=B3stico con la prueba de fijaci= =C3=B3n del=20 > >>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y=20 > >>> especificidad=20 > >>> >> del 99% > >>> >> > > >>> >> > Cuadro 2 x2: > >>> >> > > >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- | > >>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 | > >>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 | > >>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 | > >>> >> > > >>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0 > >>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedar=C3=A1n en el hato: 7 > >>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los=20 > animales=20 > >>> a=20 > >>> >> los que se les hace la prueba y est=C3=A1n enfermos, el 100% saldr= =C3=A1n con=20 > un=20 > >>> >> respultado positivo. > >>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales = a=20 > los=20 > >>> >> que se les hace la prueba y est=C3=A1n sanos, solamente el 22% tie= ne=20 > >>> >> probabilidad de estar realmente sano si sali=C3=B3 negativo.=20 > >>> >> >=20 > >>> >> > # Despu=C3=A9s de las pruebas > >>> >> > > >>> >> > Al realizar un diagn=C3=B3stico a los 6 meses de iniciado el pro= grama: > >>> >> > > >>> >> > 1. =C2=BFCu=C3=A1l es la prevalencia real final de la enfermedad= en la=20 > cuenca=20 > >>> >> lechera? 2.8% (278/10000) > >>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3%=20 > >>> >> > 3. =C2=BFCu=C3=A1l es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? = 2.7% () > >>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el= =20 > hato=20 > >>> es=20 > >>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir=20 > contagiando y=20 > >>> >> prevalece la enfermedad.=20 > >>> >> > > >>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el=20 > gobierno=20 > >>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar est= a=20 > >>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las dem=C3=A1s= =20 > pruebas es=20 > >>> >> erogado por los productores: > >>> >> > > >>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de=20 > bengala=20 > >>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 1= 5=20 > >>> pesos > >>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: ser=C3=ADan $4.3 > >>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijaci=C3=B3n por complemento $500 por = 100=20 > >>> animales:=20 > >>> >> $1390 > >>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos= =20 > >>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000=20 > dolares.=20 > >>> Costo=20 > >>> >> de positivos: $278,000 dolares.=20 > >>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar:= =20 > De=20 > >>> las 3=20 > >>> >> pruebas son $1409.3 pesos.=20 > >>> >> > >>> > > >>> > --=20 > >>> > You received this message because you are subscribed to the Google= =20 > >>> Groups "pandoc-discuss" group. > >>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it,= =20 > send=20 > >>> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > >>> > To view this discussion on the web visit=20 > >>>=20 > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-= bacabb6842b0n%40googlegroups.com > >>> . > >>> > >> > >> --=20 > >> You received this message because you are subscribed to the Google=20 > Groups "pandoc-discuss" group. > >> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send= =20 > an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > >> To view this discussion on the web visit=20 > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/932560f4-7866-4fd4-90e7-= 4797e23fab20n%40googlegroups.com > . > >> > >> Table tests to see if it works > >> > >> | Perros | Talla | Peso | Nombre | > >> | ------ | ----- | ---- | ------ | > >> | 23 | 5 | 6 | Chicu | > >> | 24 | 2 | 4 | Fala | > >> | 45 | 8 | 10 | Frty | > >> Table: Perros 1 > >> > >> Another table > >> > >> | Perros | Talla | Peso | Nombre | > >> | ------ | ----- | ---- | ------ | > >> | 23 | 5 | 6 | Chicu | > >> | 24 | 2 | 4 | Fala | > >> | 45 | 8 | 10 | Frty | > >> Table: Perros 2 > >> > >> And another table > >> > >> | Perros | Talla | Peso | Nombre | > >> | ------ | ----- | ---- | ------ | > >> | 23 | 5 | 6 | Chicu | > >> | 24 | 2 | 4 | Fala | > >> | 45 | 8 | 10 | Frty | > >> Table: Perros 3 > --=20 You received this message because you are subscribed to the Google Groups "= pandoc-discuss" group. To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an e= mail to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/= pandoc-discuss/ba007430-af22-455f-a4a8-96011afe5dc3n%40googlegroups.com. ------=_Part_307_741509922.1622146773162 Content-Type: text/html; charset="UTF-8" Content-Transfer-Encoding: quoted-printable Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my folder wh= ere I have the .md file I only have another .pdf file. 

=
The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx
El jueves, 27 de= mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane escribi=C3=B3:
Also, please let us k= now the full command you are using to
convert (including any options).

John MacFarlane <j...@ber= keley.edu> writes:

> Make sure you don't have a reference.docx in your user data
> directory.
>
> Julio Vera <avenz...= @gmail.com> writes:
>
>> The latest one available in pandoc.org, I= ran the script to uninstall it=20
>> and then downloaded it again for macOS.=20
>>
>> I tested again with this file (prueba.md) that I created just = to see if it=20
>> woks with new files but I got the same result.
>>
>> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
>> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the tabl= e there=20
>> renders fine.=20
>>
>> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFa= rlane=20
>> escribi=C3=B3:
>>
>>>
>>> That's very strange -- it looks like it is using extre= mely narrow
>>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc= . It
>>> looks fine. What version are you using?
>>>
>>> Julio Vera <= avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>>
>>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.= 20.png]
>>> >
>>> > Corrected it, but the tables are still not rendering.= That's how I see=20
>>> the=20
>>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.m= d), when I convert=20
>>> it=20
>>> > to pdf they render fine.=20
>>> >
>>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, J= ohn MacFarlane=20
>>> > escribi=C3=B3:
>>> >
>>> >>
>>> >> Looks like you've got four ---- instead of th= ree --- under the
>>> >> YAML metadata block.
>>> >>
>>> >>
>>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>> >>
>>> >> > Hi!=20
>>> >> >
>>> >> > I attached 2 files. The one that I can't= convert correctly is=20
>>> >> pxdxcomp.md,=20
>>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to conve= rt it and had no issue.=20
>>> The=20
>>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it= isn't an issue here. I=20
>>> >> tried=20
>>> >> > copying everything and pasting it inside a n= ew file but still have=20
>>> the=20
>>> >> same=20
>>> >> > problem, also I uninstalled and installed pa= ndoc.
>>> >> >
>>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09= UTC-5, John MacFarlane=20
>>> >> > escribi=C3=B3:
>>> >> >
>>> >> >>
>>> >> >> Not much we can do to help without seein= g the input markdown file...
>>> >> >>
>>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>> >> >>
>>> >> >> > I usually just ran the following co= mmand:
>>> >> >> >
>>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o n= ameofile.docx
>>> >> >> >
>>> >> >> > But today I was working with a part= icular .md file and after I=20
>>> >> finished=20
>>> >> >> > with it I tried to convert it, but = the title, date and author=20
>>> >> parameters=20
>>> >> >> > that go inside the YAML block aren&= #39;t converted, they display like=20
>>> >> this:
>>> >> >> >
>>> >> >> > title: title of the document
>>> >> >> > author: myname
>>> >> >> > date: today
>>> >> >> >
>>> >> >> > But just in that format, not like i= t used to do. And also the=20
>>> tables=20
>>> >> >> aren't=20
>>> >> >> > formatted, they and up in the docs = like this:
>>> >> >> >
>>> >> >> > p t
>>> >> >> > r 2
>>> >> >> > 1 2
>>> >> >> > 2 2
>>> >> >> >
>>> >> >> > Just to say an example. I don't= know hat happened.
>>> >> >> >
>>> >> >> > --=20
>>> >> >> > You received this message because y= ou are subscribed to the Google=20
>>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>>> >> >> > To unsubscribe from this group and = stop receiving emails from it,=20
>>> >> send=20
>>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org.
>>> >> >> > To view this discussion on the web = visit=20
>>> >> >>=20
>>> >>=20
>>> https://g= roups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b2= 8n%40googlegroups.com
>>> >> >> .
>>> >> >>
>>> >> >
>>> >> > --=20
>>> >> > You received this message because you are su= bscribed to the Google=20
>>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>>> >> > To unsubscribe from this group and stop rece= iving emails from it,=20
>>> send=20
>>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org.
>>> >> > To view this discussion on the web visit=20
>>> >>=20
>>> https://g= roups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b83= 1n%40googlegroups.com
>>> >> .
>>> >> > ---
>>> >> > title: Diagn=C3=B3stico situacional sobre la= prevalencia de SARS-COV-2 en=20
>>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamen= te diagn=C3=B3sticados con=20
>>> el=20
>>> >> virus.
>>> >> > author: Julio Vera de Le=C3=B3n
>>> >> > date: 25/Mayo/2021
>>> >> > bibliography: proyecto.bib
>>> >> > csl: vca.csl
>>> >> > ---
>>> >> >
>>> >> > # T=C3=ADtulo
>>> >> > **H. CONSEJO T=C3=89CNICO DE LA FACULTAD**
>>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>>> >> >
>>> >> > **Presente**
>>> >> >
>>> >> > =C3=89l que suscribe, **Julio Vera de Le=C3= =B3n**, alumnos de la Maestr=C3=ADa en=20
>>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el =C3=A1rea = de Salud P=C3=BAblica y Medicina=20
>>> >> Preventiva, con n=C3=BAmero de cuenta 52101425-4.= Pone a su consideraci=C3=B3n el=20
>>> >> siguiente tema para diagn=C3=B3stico de situaci= =C3=B3n:
>>> >> >
>>> >> > **Diagn=C3=B3stico situacional sobre la prev= alencia de SARS-COV-2 en=20
>>> perros,=20
>>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagn= =C3=B3sticados con el=20
>>> virus.**
>>> >> >
>>> >> > Que ser=C3=A1 realizado en el **Departamento= de Medicina Preventiva y=20
>>> Salud=20
>>> >> P=C3=BAblica de la Facultad de Medicina Veterinar= ia y Zootecnia de la UNAM**=20
>>> y=20
>>> >> que pertenece al campo de profundizaci=C3=B3n pro= fesional: **Medicina=20
>>> Preventiva=20
>>> >> y Salud P=C3=BAblica**. Bajo la asesor=C3=ADa del= comit=C3=A9 tutor conformado por el=20
>>> >> **Dr. MSP Juan Ram=C3=B3n Ayala Torres**, la **MC= V. Patricia Mora Medina** y=20
>>> el=20
>>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy L=C3=B3pez**
>>> >> >
>>> >> > # Introducci=C3=B3n
>>> >> >
>>> >> > El sustento de este diagn=C3=B3stico de situ= aci=C3=B3n viene de que a la fecha=20
>>> es=20
>>> >> desconocido por el autor alg=C3=BAn material bibl= iogr=C3=A1fico o de consulta en=20
>>> el=20
>>> >> que se tengan datos referentes al n=C3=BAmero de = animales que han sido=20
>>> >> infectados por el s=C3=ADndrome respiratorio agud= o severo coronavirus 2=20
>>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infecci=C3= =B3n en los animales por=20
>>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como en= fermedad emergente.[^1]
>>> >> >
>>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan co= nocer la prevalencia del=20
>>> >> agente en los animales de compa=C3=B1=C3=ADa con = los que mantenemos una relaci=C3=B3n=20
>>> m=C3=A1s=20
>>> >> cercana.
>>> >> >
>>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La ap= arici=C3=B3n de una=20
>>> enfermedad,=20
>>> >> infecci=C3=B3n o infestaci=C3=B3n nueva y que imp= acta en la sanidad animal o la=20
>>> salud=20
>>> >> humana.
>>> >> >
>>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas inst= ituciones en Am=C3=A9rica que=20
>>> >> est=C3=A1n realizando estudios de muestreo para c= onocer la cantidad de=20
>>> animales=20
>>> >> de compa=C3=B1ia infectados por contacto con sus = propietarios, las cuales=20
>>> son:
>>> >> >
>>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University o= f Guelph](
>>> >> https://ovc.uoguelph= .ca)
>>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine a= t Tufts University](
>>> >> http= s://sites.tufts.edu/covers/)
>>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Vet= erinary Medicine & Biomedical=20
>>> >> Sciences](https://vetmed.ta= mu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
>>> >> > 4. [University of Washington Center for One = Health Research](
>>> >> https://deohs.was= hington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>>> >> >
>>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provoc= ada por SARS-COV-2 se=20
>>> >> mantiene principalmente por la transmisi=C3=B3n d= e humanos hacia otros=20
>>> humanos,=20
>>> >> por lo que en este estudio el enfoque ser=C3=A1 c= onocer la cantidad de=20
>>> animales=20
>>> >> que han sido infectados por sus propietarios, fac= tores que=20
>>> contribuyeron a=20
>>> >> la infecci=C3=B3n, y conocer los tipos de casa en= los que hubo m=C3=A1s riesgo de=20
>>> >> infecci=C3=B3n a las mascotas. Aunado a lo anteri= or, la OIE no descarta a=20
>>> los=20
>>> >> animales salvajes y dom=C3=A9sticos como reservor= ios futuros de la=20
>>> enfermedad y=20
>>> >> que puedan representar un problema para la salud = p=C3=BAblica, por lo que=20
>>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con = las que m=C3=A1s=20
>>> convivimos. De=20
>>> >> igual forma, la introducci=C3=B3n constante del v= irus a nuevas poblaciones=20
>>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afe= ctar la sanidad animal=20
>>> o=20
>>> >> salud humana.
>>> >> >
>>> >> > A la fecha la OIE cuenta con informaci=C3=B3= n referente a las especies de=20
>>> >> inter=C3=A9s en este diagn=C3=B3stico en cu=C3=A1= nto a la susceptibilidad que tienen=20
>>> al=20
>>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>>> >> >
>>> >> > | Especie | Tipo de infecci=C3=B3n | Suscept= ibilidad a la infecci=C3=B3n |=20
>>> Signos=20
>>> >> cl=C3=ADnicos | Transmisi=C3=B3n |
>>> >> > | ------------------ | ---------------------= - |=20
>>> >> ------------------------------ | ----------------= ---------- |=20
>>> >> ----------------- |
>>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | = S=C3=AD (s=C3=B3lo en algunos=20
>>> casos) |=20
>>> >> S=C3=AD, entre hurones |
>>> >> > | Gatos (dom=C3=A9sticos) | Natural y experi= mental | Alta | S=C3=AD (s=C3=B3lo en=20
>>> >> algunos casos) | S=C3=AD, entre gatos |
>>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | S= =C3=AD (s=C3=B3lo en algunos casos)=20
>>> |=20
>>> >> No |
>>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos= (adaptado de la OIE)
>>> >> >
>>> >> > A pesar de que la informaci=C3=B3n actual ha= mencionado que la epidemia se=20
>>> >> mantiene por medio de la transmisi=C3=B3n humano-= humano, no se puede=20
>>> descartar=20
>>> >> como un componente de esta cadena de transmisi=C3= =B3n a los animales de=20
>>> >> compa=C3=B1ia, aunque su papel de momento sea muc= ho menos relevante. De ah=C3=AD=20
>>> que=20
>>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea = la de mantener a los=20
>>> >> animales separados junto con su propietario y rec= onoce el riesgo de=20
>>> >> transmisi=C3=B3n desde la mascota es bajo. [@CDC2= 021]
>>> >> >
>>> >> > # Justificaci=C3=B3n
>>> >> >
>>> >> > La detecci=C3=B3n del material gen=C3=A9tico= del virus de SARS-COV-2 en perros=20
>>> y=20
>>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin sign= olog=C3=ADa, as=C3=AD como=20
>>> tambi=C3=A9n=20
>>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en = zonas afectadas, por=20
>>> lo=20
>>> >> que la infecci=C3=B3n en estas especies est=C3=A1= comprobada, y m=C3=A1s importante se=20
>>> ha=20
>>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral = con una cantidad=20
>>> necesaria=20
>>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros a= nimales con los que=20
>>> >> conviven. @Patterson2020
>>> >> >
>>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente= , las especies de=20
>>> producci=C3=B3n=20
>>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, pat= os y pavos) han=20
>>> demostrado=20
>>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de i= nfecci=C3=B3n de manera=20
>>> >> experimental, adem=C3=A1s de que no se ha comprob= ado sean capaces de=20
>>> transmitir=20
>>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bov= inos (*Bos taurus*)=20
>>> que se=20
>>> >> han inoculado experimentalmente con el agente vir= al han demostrado una=20
>>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad d= e transmisi=C3=B3n del=20
>>> mismo.=20
>>> >> @Ulrich2020=20
>>> >> >
>>> >> > Debido a que las especies usadas com=C3=BAnm= ente en la ganader=C3=ADa no han=20
>>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide en= focar el diagn=C3=ADstico=20
>>> de=20
>>> >> situaci=C3=B3n en perros, gatos y hurones. De est= os tres es de particular=20
>>> >> relevancia mencionar a los hurones dom=C3=A9stico= s (*Mustela outorius=20
>>> furo*), ya=20
>>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guarda= n una relaci=C3=B3n=20
>>> taxon=C3=B3mica=20
>>> >> con los must=C3=A9lidos usados en granjas como lo= es el vis=C3=B3n americano=20
>>> >> (*Neovison vison*) y vis=C3=B3n europeo (*Mustela= lutreola*), estos =C3=BAltimos=20
>>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llev=C3= =B3 a la eutanasia de 17=20
>>> >> millones de visones.[^2]=20
>>> >> >
>>> >> > Aunque los hurones dom=C3=A9sticos frecuente= mente se encuentran separados=20
>>> de=20
>>> >> otros y no son capaces de mantener la propagaci= =C3=B3n del virus de manera=20
>>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unid= o ha emitido una gu=C3=ADa=20
>>> >> especial para los due=C3=B1os de estos animales d= ebido al riesgo que pueden=20
>>> >> representar [^3].=20
>>> >> >
>>> >> > [^2]: [=C2=BFPor qu=C3=A9 Dinamarca sacrific= =C3=B3 17 millones de visones?](
>>> >>=20
>>> https://www.nbcnews.c= om/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1= 249610
>>> >> )
>>> >> >
>>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respect= a al SARS-COV-2 y los=20
>>> >> hurones en el Reino Unido](
>>> >> http://ap= ha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>>> >> >
>>> >> > Es as=C3=AD que en consideraci=C3=B3n al C= =C3=B3digo Sanitario para los Animales=20
>>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una e= nfermedad emergente y=20
>>> la=20
>>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en lo= s animales dom=C3=A9sticos,=20
>>> es=20
>>> >> necesario realizar un diagn=C3=B3stico de situaci= =C3=B3n en nuestra poblaci=C3=B3n.=20
>>> >> >
>>> >> > # Referencias
>>> >> > ---
>>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagn=C3=B3stica= s complementarias
>>> >> > author: Julio Vera de Le=C3=B3n
>>> >> > date: 26/Mayo/2021
>>> >> > ----
>>> >> >
>>> >> > # Primer prueba
>>> >> >
>>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para bruce= losis es la de anillo en=20
>>> >> leche.=20
>>> >> >
>>> >> > Se hizo un diagn=C3=B3stico con la prueba ta= miz de anillo en leche para=20
>>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, e= stos hatos cuentan con=20
>>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados indi= vidualmente para=20
>>> encontrar=20
>>> >> los positivos; a trav=C3=A9s de la prueba tamiz d= e rosa de bengala la cual=20
>>> tiene=20
>>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad de= l 98.5%.
>>> >> >
>>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- = |
>>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>>> >> >
>>> >> > 1. Sanos: 9555
>>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
>>> >> > 3. Falsos positivos: 145
>>> >> > 4. Falsos negativos: 14
>>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales posit= ivos, incluyendo falsos=20
>>> >> positivos.=20
>>> >> >
>>> >> > Son muchos animales (431) que se van a elimi= nar incluyendo los 145=20
>>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que n= o deber=C3=ADan=20
>>> sacrificarse,=20
>>> >> por lo que es necesario despu=C3=A9s de la prueba= tamiz realizar una prueba=20
>>> >> mucho m=C3=A1s especifica, por lo que se sugierte= una prueba con mas=20
>>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos po= sitivos.=20
>>> >> >
>>> >> > # Segunda prueba
>>> >> >
>>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la = norma dice que la segunda=20
>>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una = sensibilidad del 96.4%=20
>>> y=20
>>> >> especificidad de 98.7%
>>> >> >
>>> >> > Cuadro de 2x2:=20
>>> >> >
>>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- = |
>>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>>> >> >
>>> >> > 1. En que animales se aplicar=C3=ADa? Sobre = el total de positivos, que=20
>>> ser=C3=ADa=20
>>> >> 431
>>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
>>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>>> >> > 4. Falsos positivos: 2
>>> >> > 5. Falsos negativos: 10
>>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99%=20
>>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>>> >> >
>>> >> > # Tercer prueba
>>> >> >
>>> >> > Al realizar un tercer diagn=C3=B3stico con l= a prueba de fijaci=C3=B3n del=20
>>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad = del 97.5% y=20
>>> especificidad=20
>>> >> del 99%
>>> >> >
>>> >> > Cuadro 2 x2:
>>> >> >
>>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- = |
>>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>>> >> >
>>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran elimi= nados: 0
>>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedar=C3= =A1n en el hato: 7
>>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere d= ecir que de los animales=20
>>> a=20
>>> >> los que se les hace la prueba y est=C3=A1n enferm= os, el 100% saldr=C3=A1n con un=20
>>> >> respultado positivo.
>>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere de= cir de los animales a los=20
>>> >> que se les hace la prueba y est=C3=A1n sanos, sol= amente el 22% tiene=20
>>> >> probabilidad de estar realmente sano si sali=C3= =B3 negativo.=20
>>> >> >=20
>>> >> > # Despu=C3=A9s de las pruebas
>>> >> >
>>> >> > Al realizar un diagn=C3=B3stico a los 6 mese= s de iniciado el programa:
>>> >> >
>>> >> > 1. =C2=BFCu=C3=A1l es la prevalencia real fi= nal de la enfermedad en la cuenca=20
>>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
>>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.= 3%=20
>>> >> > 3. =C2=BFCu=C3=A1l es la prevalencia aparent= e en el 3er cuadro? 2.7% ()
>>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales fal= sos negativos en el hato=20
>>> es=20
>>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden= seguir contagiando y=20
>>> >> prevalece la enfermedad.=20
>>> >> >
>>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es = absorbido por el gobierno=20
>>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo p= ara erradicar esta=20
>>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo d= e las dem=C3=A1s pruebas es=20
>>> >> erogado por los productores:
>>> >> >
>>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animal= es con rosa de bengala=20
>>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 po= r 100 animales: 15=20
>>> pesos
>>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: ser=C3= =ADan $4.3
>>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijaci=C3=B3n por c= omplemento $500 por 100=20
>>> animales:=20
>>> >> $1390
>>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivo= s y falsos positivos=20
>>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cue= sta $1,000 dolares.=20
>>> Costo=20
>>> >> de positivos: $278,000 dolares.=20
>>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los ani= males a sacrificar: De=20
>>> las 3=20
>>> >> pruebas son $1409.3 pesos.=20
>>> >>
>>> >
>>> > --=20
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>>> Groups "pandoc-discuss" group.
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>>>
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>>
>> Table tests to see if it works
>>
>> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> Table: Perros 1
>>
>> Another table
>>
>> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> Table: Perros 2
>>
>> And another table
>>
>> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> Table: Perros 3

--
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------=_Part_307_741509922.1622146773162-- ------=_Part_306_522218458.1622146773162--