Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org>]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 15702 bytes --]

[image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]

Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see the 
tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert it 
to pdf they render fine. 

El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
escribió:

>
> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
> YAML metadata block.
>
>
> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>
> > Hi! 
> >
> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
> pxdxcomp.md, 
> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The 
> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
> tried 
> > copying everything and pasting it inside a new file but still have the 
> same 
> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
> >
> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
> > escribió:
> >
> >>
> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
> >>
> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>
> >> > I usually just ran the following command:
> >> >
> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
> >> >
> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
> finished 
> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
> parameters 
> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
> this:
> >> >
> >> > title: title of the document
> >> > author: myname
> >> > date: today
> >> >
> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables 
> >> aren't 
> >> > formatted, they and up in the docs like this:
> >> >
> >> > p t
> >> > r 2
> >> > 1 2
> >> > 2 2
> >> >
> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
> >> >
> >> > -- 
> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
> send 
> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >> > To view this discussion on the web visit 
> >> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
> >> .
> >>
> >
> > -- 
> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> Groups "pandoc-discuss" group.
> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send 
> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> > To view this discussion on the web visit 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
> .
> > ---
> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
> virus.
> > author: Julio Vera de León
> > date: 25/Mayo/2021
> > bibliography: proyecto.bib
> > csl: vca.csl
> > ---
> >
> > # Título
> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
> >
> > **Presente**
> >
> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
> siguiente tema para diagnóstico de situación:
> >
> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, 
> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.**
> >
> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Salud 
> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** y 
> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina Preventiva 
> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y el 
> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
> >
> > # Introducción
> >
> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha es 
> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en el 
> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
> >
> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación más 
> cercana.
> >
> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una enfermedad, 
> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la salud 
> humana.
> >
> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de animales 
> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales son:
> >
> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
> https://ovc.uoguelph.ca)
> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
> https://sites.tufts.edu/covers/)
> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
> >
> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros humanos, 
> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de animales 
> que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron a 
> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a los 
> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la enfermedad y 
> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más convivimos. De 
> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal o 
> salud humana.
> >
> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen al 
> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
> >
> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | Signos 
> clínicos | Transmisión |
> > | ------------------ | ---------------------- | 
> ------------------------------ | -------------------------- | 
> ----------------- |
> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos casos) | 
> Sí, entre hurones |
> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
> algunos casos) | Sí, entre gatos |
> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) | 
> No |
> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
> >
> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede descartar 
> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí que 
> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
> >
> > # Justificación
> >
> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros y 
> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como también 
> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo 
> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se ha 
> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesaria 
> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
> conviven. @Patterson2020
> >
> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producción 
> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostrado 
> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de transmitir 
> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que se 
> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del mismo. 
> @Ulrich2020 
> >
> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico de 
> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius furo*), ya 
> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación taxonómica 
> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
> millones de visones.[^2] 
> >
> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados de 
> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
> representar [^3]. 
> >
> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
> )
> >
> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
> hurones en el Reino Unido](
> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
> >
> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y la 
> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, es 
> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
> >
> > # Referencias
> > ---
> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> > author: Julio Vera de León
> > date: 26/Mayo/2021
> > ----
> >
> > # Primer prueba
> >
> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
> leche. 
> >
> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar 
> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tiene 
> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
> >
> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
> >
> > 1. Sanos: 9555
> > 2. Enfermos postprueba: 286
> > 3. Falsos positivos: 145
> > 4. Falsos negativos: 14
> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
> positivos. 
> >
> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían sacrificarse, 
> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
> >
> > # Segunda prueba
> >
> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y 
> especificidad de 98.7%
> >
> > Cuadro de 2x2: 
> >
> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
> > | Total | 286 | 145 | 431 |
> >
> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que sería 
> 431
> > 2. Verdaderos positivos: 276
> > 3. Verdaderamente sanos: 143
> > 4. Falsos positivos: 2
> > 5. Falsos negativos: 10
> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
> >
> > # Tercer prueba
> >
> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificidad 
> del 99%
> >
> > Cuadro 2 x2:
> >
> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
> > | Total | 276 | 2 | 278 |
> >
> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a 
> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
> respultado positivo.
> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
> > 
> > # Después de las pruebas
> >
> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
> >
> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
> lechera? 2.8% (278/10000)
> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es 
> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
> prevalece la enfermedad. 
> >
> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
> erogado por los productores:
> >
> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos
> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 animales: 
> $1390
> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo 
> de positivos: $278,000 dolares. 
> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3 
> pruebas son $1409.3 pesos. 
>

-- 
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "pandoc-discuss" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com.

[-- Attachment #1.2: Type: text/html, Size: 20182 bytes --]

[-- Attachment #2: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png --]
[-- Type: image/png, Size: 31660 bytes --]