[image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png] Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see the tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert it to pdf they render fine. El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane escribió: > > Looks like you've got four ---- instead of three --- under the > YAML metadata block. > > > Julio Vera writes: > > > Hi! > > > > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is > pxdxcomp.md, > > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The > > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I > tried > > copying everything and pasting it inside a new file but still have the > same > > problem, also I uninstalled and installed pandoc. > > > > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane > > escribió: > > > >> > >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file... > >> > >> Julio Vera writes: > >> > >> > I usually just ran the following command: > >> > > >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx > >> > > >> > But today I was working with a particular .md file and after I > finished > >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author > parameters > >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like > this: > >> > > >> > title: title of the document > >> > author: myname > >> > date: today > >> > > >> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables > >> aren't > >> > formatted, they and up in the docs like this: > >> > > >> > p t > >> > r 2 > >> > 1 2 > >> > 2 2 > >> > > >> > Just to say an example. I don't know hat happened. > >> > > >> > -- > >> > You received this message because you are subscribed to the Google > >> Groups "pandoc-discuss" group. > >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, > send > >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > >> > To view this discussion on the web visit > >> > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com > >> . > >> > > > > -- > > You received this message because you are subscribed to the Google > Groups "pandoc-discuss" group. > > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send > an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > > To view this discussion on the web visit > https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com > . > > --- > > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en > perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el > virus. > > author: Julio Vera de León > > date: 25/Mayo/2021 > > bibliography: proyecto.bib > > csl: vca.csl > > --- > > > > # Título > > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD** > > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA** > > > > **Presente** > > > > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en > Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina > Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el > siguiente tema para diagnóstico de situación: > > > > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, > gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.** > > > > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Salud > Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** y > que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina Preventiva > y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el > **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y el > **MCV. Jorge Francisco Monroy López** > > > > # Introducción > > > > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha es > desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en el > que se tengan datos referentes al número de animales que han sido > infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 > (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por > SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1] > > > > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del > agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación más > cercana. > > > > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una enfermedad, > infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la salud > humana. > > > > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que > están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de animales > de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales son: > > > > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph]( > https://ovc.uoguelph.ca) > > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University]( > https://sites.tufts.edu/covers/) > > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical > Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/) > > 4. [University of Washington Center for One Health Research]( > https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps) > > > > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se > mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros humanos, > por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de animales > que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron a > la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de > infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a los > animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la enfermedad y > que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que > sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más convivimos. De > igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones > animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal o > salud humana. > > > > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de > interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen al > virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021] > > > > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | Signos > clínicos | Transmisión | > > | ------------------ | ---------------------- | > ------------------------------ | -------------------------- | > ----------------- | > > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos casos) | > Sí, entre hurones | > > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en > algunos casos) | Sí, entre gatos | > > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) | > No | > > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE) > > > > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se > mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede descartar > como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de > compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí que > una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los > animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de > transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021] > > > > # Justificación > > > > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros y > gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como también > en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo > que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se ha > comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesaria > que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que > conviven. @Patterson2020 > > > > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producción > como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostrado > de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera > experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de transmitir > la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que se > han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una > susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del mismo. > @Ulrich2020 > > > > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han > demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico de > situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular > relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius furo*), ya > que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación taxonómica > con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano > (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos > responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 > millones de visones.[^2] > > > > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados de > otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera > estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía > especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden > representar [^3]. > > > > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?]( > https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610 > ) > > > > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los > hurones en el Reino Unido]( > http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf) > > > > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales > Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y la > falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, es > necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. > > > > # Referencias > > --- > > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias > > author: Julio Vera de León > > date: 26/Mayo/2021 > > ---- > > > > # Primer prueba > > > > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en > leche. > > > > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para > detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con > 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar > los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tiene > una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%. > > > > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > > | --------- | --------- | --------- | ----- | > > | Positivos | 286 | 145 | 431 | > > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 | > > | Total | 300 | 9700 | 10000 | > > > > 1. Sanos: 9555 > > 2. Enfermos postprueba: 286 > > 3. Falsos positivos: 145 > > 4. Falsos negativos: 14 > > 5. Valor predictivo positivo: 66% > > 6. Valor predictivo negativo: 99% > > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos > positivos. > > > > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 > falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían sacrificarse, > por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba > mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas > especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. > > > > # Segunda prueba > > > > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda > prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y > especificidad de 98.7% > > > > Cuadro de 2x2: > > > > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > > | --------- | --------- | --------- | ----- | > > | Positivos | 276 | 2 | 278 | > > | Negativos | 10 | 143 | 153 | > > | Total | 286 | 145 | 431 | > > > > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que sería > 431 > > 2. Verdaderos positivos: 276 > > 3. Verdaderamente sanos: 143 > > 4. Falsos positivos: 2 > > 5. Falsos negativos: 10 > > 6. Valor predicitvo positivo: 99% > > 7. Valor predictivo negativo: 93% > > > > # Tercer prueba > > > > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del > complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificidad > del 99% > > > > Cuadro 2 x2: > > > > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > > | --------- | --------- | --------- | ----- | > > | Positivos | 269 | 0 | 269 | > > | Negativos | 7 | 2 | 9 | > > | Total | 276 | 2 | 278 | > > > > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0 > > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7 > > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a > los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un > respultado positivo. > > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los > que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene > probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. > > > > # Después de las pruebas > > > > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa: > > > > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca > lechera? 2.8% (278/10000) > > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% > > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% () > > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es > que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y > prevalece la enfermedad. > > > > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno > como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta > zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es > erogado por los productores: > > > > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala > (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos > > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3 > > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 animales: > $1390 > > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos > (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo > de positivos: $278,000 dolares. > > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3 > pruebas son $1409.3 pesos. > -- You received this message because you are subscribed to the Google Groups "pandoc-discuss" group. To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com.