Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
YAML metadata block.


Julio Vera <avenz...@gmail.com> writes:

> Hi!
>
> I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is pxdxcomp.md,
> the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The
> language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I tried
> copying everything and pasting it inside a new file but still have the same
> problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane
> escribió:
>
>>
>> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>>
>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>
>> > I usually just ran the following command:
>> >
>> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >
>> > But today I was working with a particular .md file and after I finished
>> > with it I tried to convert it, but the title, date and author parameters
>> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like this:
>> >
>> > title: title of the document
>> > author: myname
>> > date: today
>> >
>> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables
>> aren't
>> > formatted, they and up in the docs like this:
>> >
>> > p t
>> > r 2
>> > 1 2
>> > 2 2
>> >
>> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>> >
>> > --
>> > You received this message because you are subscribed to the Google
>> Groups "pandoc-discuss" group.
>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send
>> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org.
>> > To view this discussion on the web visit
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
>> .
>>
>
> --
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> ---
> title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.
> author: Julio Vera de León
> date: 25/Mayo/2021
> bibliography: proyecto.bib
> csl: vca.csl
> ---
>
> # Título
> **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>
> **Presente**
>
> Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el siguiente tema para diagnóstico de situación:
>
> **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.**
>
> Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Salud Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** y que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina Preventiva y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y el **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>
> # Introducción
>
> El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha es desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en el que se tengan datos referentes al número de animales que han sido infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
>
> Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación más cercana.
>
> [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una enfermedad, infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la salud humana.
>
> A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de animales de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales son:
>
> 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](https://ovc.uoguelph.ca)
> 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](https://sites.tufts.edu/covers/)
> 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
> 4. [University of Washington Center for One Health Research](https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>
> La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros humanos, por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de animales que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron a la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a los animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la enfermedad y que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más convivimos. De igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal o salud humana.
>
> A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen al virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>
> | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | Signos clínicos | Transmisión |
> | ------------------ | ---------------------- | ------------------------------ | -------------------------- | ----------------- |
> | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos casos) | Sí, entre hurones |
> | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos casos) | Sí, entre gatos |
> | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) | No |
> Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>
> A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede descartar como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí que una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>
> # Justificación
>
> La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros y gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como también en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se ha comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesaria que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que conviven. @Patterson2020
>
> En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producción como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostrado de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de transmitir la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que se han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del mismo. @Ulrich2020
>
> Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico de situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius furo*), ya que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación taxonómica con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 millones de visones.[^2]
>
> Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados de otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden representar [^3].
>
> [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610)
>
> [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los hurones en el Reino Unido](http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>
> Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y la falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, es necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población.
>
> # Referencias
> ---
> title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> author: Julio Vera de León
> date: 26/Mayo/2021
> ----
>
> # Primer prueba
>
> La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en leche.
>
> Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tiene una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>
> | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> | --------- | --------- | --------- | ----- |
> | Positivos | 286 | 145 | 431 |
> | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
> | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>
> 1. Sanos: 9555
> 2. Enfermos postprueba: 286
> 3. Falsos positivos: 145
> 4. Falsos negativos: 14
> 5. Valor predictivo positivo: 66%
> 6. Valor predictivo negativo: 99%
> 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos positivos.
>
> Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían sacrificarse, por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos.
>
> # Segunda prueba
>
> La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y especificidad de 98.7%
>
> Cuadro de 2x2:
>
> | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> | --------- | --------- | --------- | ----- |
> | Positivos | 276 | 2 | 278 |
> | Negativos | 10 | 143 | 153 |
> | Total | 286 | 145 | 431 |
>
> 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que sería 431
> 2. Verdaderos positivos: 276
> 3. Verdaderamente sanos: 143
> 4. Falsos positivos: 2
> 5. Falsos negativos: 10
> 6. Valor predicitvo positivo: 99%
> 7. Valor predictivo negativo: 93%
>
> # Tercer prueba
>
> Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificidad del 99%
>
> Cuadro 2 x2:
>
> | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> | --------- | --------- | --------- | ----- |
> | Positivos | 269 | 0 | 269 |
> | Negativos | 7 | 2 | 9 |
> | Total | 276 | 2 | 278 |
>
> 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
> 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
> 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un respultado positivo.
> 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene probabilidad de estar realmente sano si salió negativo.
>
> # Después de las pruebas
>
> Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>
> 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca lechera? 2.8% (278/10000)
> 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3%
> 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
> 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y prevalece la enfermedad.
>
> El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es erogado por los productores:
>
> 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos
> 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 animales: $1390
> 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo de positivos: $278,000 dolares.
> 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3 pruebas son $1409.3 pesos.