Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane <jgm-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org>]

That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
columns.  But I can't reproduce this with latest pandoc.  It
looks fine. What version are you using?

Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:

> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>
> Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see the 
> tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert it 
> to pdf they render fine. 
>
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
> escribió:
>
>>
>> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>> YAML metadata block.
>>
>>
>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>
>> > Hi! 
>> >
>> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
>> pxdxcomp.md, 
>> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The 
>> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
>> tried 
>> > copying everything and pasting it inside a new file but still have the 
>> same 
>> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>> >
>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
>> > escribió:
>> >
>> >>
>> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>> >>
>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>
>> >> > I usually just ran the following command:
>> >> >
>> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >> >
>> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
>> finished 
>> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
>> parameters 
>> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
>> this:
>> >> >
>> >> > title: title of the document
>> >> > author: myname
>> >> > date: today
>> >> >
>> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables 
>> >> aren't 
>> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>> >> >
>> >> > p t
>> >> > r 2
>> >> > 1 2
>> >> > 2 2
>> >> >
>> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>> >> >
>> >> > -- 
>> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>> send 
>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> >> > To view this discussion on the web visit 
>> >> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
>> >> .
>> >>
>> >
>> > -- 
>> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> Groups "pandoc-discuss" group.
>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send 
>> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> > To view this discussion on the web visit 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
>> .
>> > ---
>> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
>> virus.
>> > author: Julio Vera de León
>> > date: 25/Mayo/2021
>> > bibliography: proyecto.bib
>> > csl: vca.csl
>> > ---
>> >
>> > # Título
>> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>> >
>> > **Presente**
>> >
>> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
>> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
>> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
>> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>> >
>> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, 
>> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.**
>> >
>> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Salud 
>> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** y 
>> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina Preventiva 
>> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
>> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y el 
>> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>> >
>> > # Introducción
>> >
>> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha es 
>> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en el 
>> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
>> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
>> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
>> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
>> >
>> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
>> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación más 
>> cercana.
>> >
>> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una enfermedad, 
>> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la salud 
>> humana.
>> >
>> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
>> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de animales 
>> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales son:
>> >
>> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>> https://ovc.uoguelph.ca)
>> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
>> https://sites.tufts.edu/covers/)
>> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
>> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
>> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>> >
>> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
>> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros humanos, 
>> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de animales 
>> que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron a 
>> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
>> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a los 
>> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la enfermedad y 
>> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
>> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más convivimos. De 
>> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
>> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal o 
>> salud humana.
>> >
>> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
>> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen al 
>> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>> >
>> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | Signos 
>> clínicos | Transmisión |
>> > | ------------------ | ---------------------- | 
>> ------------------------------ | -------------------------- | 
>> ----------------- |
>> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos casos) | 
>> Sí, entre hurones |
>> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
>> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) | 
>> No |
>> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>> >
>> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
>> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede descartar 
>> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
>> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí que 
>> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
>> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
>> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>> >
>> > # Justificación
>> >
>> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros y 
>> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como también 
>> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo 
>> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se ha 
>> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesaria 
>> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
>> conviven. @Patterson2020
>> >
>> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producción 
>> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostrado 
>> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
>> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de transmitir 
>> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que se 
>> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
>> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del mismo. 
>> @Ulrich2020 
>> >
>> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
>> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico de 
>> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
>> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius furo*), ya 
>> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación taxonómica 
>> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
>> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
>> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
>> millones de visones.[^2] 
>> >
>> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados de 
>> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
>> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
>> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
>> representar [^3]. 
>> >
>> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>> )
>> >
>> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
>> hurones en el Reino Unido](
>> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>> >
>> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
>> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y la 
>> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, es 
>> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
>> >
>> > # Referencias
>> > ---
>> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>> > author: Julio Vera de León
>> > date: 26/Mayo/2021
>> > ----
>> >
>> > # Primer prueba
>> >
>> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
>> leche. 
>> >
>> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
>> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
>> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar 
>> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tiene 
>> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>> >
>> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>> >
>> > 1. Sanos: 9555
>> > 2. Enfermos postprueba: 286
>> > 3. Falsos positivos: 145
>> > 4. Falsos negativos: 14
>> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
>> positivos. 
>> >
>> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
>> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían sacrificarse, 
>> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
>> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
>> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
>> >
>> > # Segunda prueba
>> >
>> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
>> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y 
>> especificidad de 98.7%
>> >
>> > Cuadro de 2x2: 
>> >
>> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>> >
>> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que sería 
>> 431
>> > 2. Verdaderos positivos: 276
>> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>> > 4. Falsos positivos: 2
>> > 5. Falsos negativos: 10
>> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
>> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>> >
>> > # Tercer prueba
>> >
>> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
>> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificidad 
>> del 99%
>> >
>> > Cuadro 2 x2:
>> >
>> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>> >
>> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a 
>> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
>> respultado positivo.
>> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
>> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
>> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
>> > 
>> > # Después de las pruebas
>> >
>> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>> >
>> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
>> lechera? 2.8% (278/10000)
>> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
>> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es 
>> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
>> prevalece la enfermedad. 
>> >
>> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
>> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
>> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
>> erogado por los productores:
>> >
>> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
>> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos
>> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 animales: 
>> $1390
>> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
>> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo 
>> de positivos: $278,000 dolares. 
>> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3 
>> pruebas son $1409.3 pesos. 
>>
>
> -- 
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