From mboxrd@z Thu Jan 1 00:00:00 1970 X-Msuck: nntp://news.gmane.io/gmane.text.pandoc/28466 Path: news.gmane.io!.POSTED.blaine.gmane.org!not-for-mail From: John MacFarlane Newsgroups: gmane.text.pandoc Subject: Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block Date: Thu, 27 May 2021 10:48:53 -0700 Message-ID: References: <1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n@googlegroups.com> Reply-To: pandoc-discuss-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org Mime-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset="UTF-8" Content-Transfer-Encoding: quoted-printable Injection-Info: ciao.gmane.io; posting-host="blaine.gmane.org:116.202.254.214"; logging-data="37072"; mail-complaints-to="usenet@ciao.gmane.io" To: Julio Vera , pandoc-discuss Original-X-From: pandoc-discuss+bncBCJZJHG45QDBBE5XX6CQMGQE6A4Z3AI-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org Thu May 27 19:49:10 2021 Return-path: Envelope-to: gtp-pandoc-discuss@m.gmane-mx.org Original-Received: from mail-oi1-f191.google.com ([209.85.167.191]) by ciao.gmane.io with esmtps (TLS1.3:ECDHE_RSA_AES_128_GCM_SHA256:128) (Exim 4.92) (envelope-from ) id 1lmK85-0009Om-EQ for gtp-pandoc-discuss@m.gmane-mx.org; 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But I can't reproduce this with latest pandoc. It looks fine. What version are you using? Julio Vera writes: > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png] > > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see th= e=20 > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert i= t=20 > to pdf they render fine.=20 > > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane=20 > escribi=C3=B3: > >> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the >> YAML metadata block. >> >> >> Julio Vera writes: >> >> > Hi!=20 >> > >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is=20 >> pxdxcomp.md,=20 >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. Th= e=20 >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I=20 >> tried=20 >> > copying everything and pasting it inside a new file but still have the= =20 >> same=20 >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc. >> > >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane=20 >> > escribi=C3=B3: >> > >> >> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file... >> >> >> >> Julio Vera writes: >> >> >> >> > I usually just ran the following command: >> >> > >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx >> >> > >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I=20 >> finished=20 >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author=20 >> parameters=20 >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like= =20 >> this: >> >> > >> >> > title: title of the document >> >> > author: myname >> >> > date: today >> >> > >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the table= s=20 >> >> aren't=20 >> >> > formatted, they and up in the docs like this: >> >> > >> >> > p t >> >> > r 2 >> >> > 1 2 >> >> > 2 2 >> >> > >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened. >> >> > >> >> > --=20 >> >> > You received this message because you are subscribed to the Google= =20 >> >> Groups "pandoc-discuss" group. >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it,= =20 >> send=20 >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org >> >> > To view this discussion on the web visit=20 >> >>=20 >> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a= -08df53958b28n%40googlegroups.com >> >> . >> >> >> > >> > --=20 >> > You received this message because you are subscribed to the Google=20 >> Groups "pandoc-discuss" group. >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send= =20 >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org >> > To view this discussion on the web visit=20 >> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569= -e2fee781b831n%40googlegroups.com >> . >> > --- >> > title: Diagn=C3=B3stico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2= en=20 >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagn=C3=B3sticados = con el=20 >> virus. >> > author: Julio Vera de Le=C3=B3n >> > date: 25/Mayo/2021 >> > bibliography: proyecto.bib >> > csl: vca.csl >> > --- >> > >> > # T=C3=ADtulo >> > **H. CONSEJO T=C3=89CNICO DE LA FACULTAD** >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA** >> > >> > **Presente** >> > >> > =C3=89l que suscribe, **Julio Vera de Le=C3=B3n**, alumnos de la Maest= r=C3=ADa en=20 >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el =C3=A1rea de Salud P=C3=BAblica y= Medicina=20 >> Preventiva, con n=C3=BAmero de cuenta 52101425-4. Pone a su consideraci= =C3=B3n el=20 >> siguiente tema para diagn=C3=B3stico de situaci=C3=B3n: >> > >> > **Diagn=C3=B3stico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en p= erros,=20 >> gatos y hurones de propietarios previamente diagn=C3=B3sticados con el v= irus.** >> > >> > Que ser=C3=A1 realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y = Salud=20 >> P=C3=BAblica de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UN= AM** y=20 >> que pertenece al campo de profundizaci=C3=B3n profesional: **Medicina Pr= eventiva=20 >> y Salud P=C3=BAblica**. Bajo la asesor=C3=ADa del comit=C3=A9 tutor conf= ormado por el=20 >> **Dr. MSP Juan Ram=C3=B3n Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina= ** y el=20 >> **MCV. Jorge Francisco Monroy L=C3=B3pez** >> > >> > # Introducci=C3=B3n >> > >> > El sustento de este diagn=C3=B3stico de situaci=C3=B3n viene de que a = la fecha es=20 >> desconocido por el autor alg=C3=BAn material bibliogr=C3=A1fico o de con= sulta en el=20 >> que se tengan datos referentes al n=C3=BAmero de animales que han sido= =20 >> infectados por el s=C3=ADndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2= =20 >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infecci=C3=B3n en los animales por= =20 >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1] >> > >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del= =20 >> agente en los animales de compa=C3=B1=C3=ADa con los que mantenemos una = relaci=C3=B3n m=C3=A1s=20 >> cercana. >> > >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparici=C3=B3n de una enferm= edad,=20 >> infecci=C3=B3n o infestaci=C3=B3n nueva y que impacta en la sanidad anim= al o la salud=20 >> humana. >> > >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en Am=C3=A9rica = que=20 >> est=C3=A1n realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de a= nimales=20 >> de compa=C3=B1ia infectados por contacto con sus propietarios, las cuale= s son: >> > >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph]( >> https://ovc.uoguelph.ca) >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University]( >> https://sites.tufts.edu/covers/) >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical= =20 >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/) >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research]( >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps) >> > >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se=20 >> mantiene principalmente por la transmisi=C3=B3n de humanos hacia otros h= umanos,=20 >> por lo que en este estudio el enfoque ser=C3=A1 conocer la cantidad de a= nimales=20 >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron= a=20 >> la infecci=C3=B3n, y conocer los tipos de casa en los que hubo m=C3=A1s = riesgo de=20 >> infecci=C3=B3n a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta = a los=20 >> animales salvajes y dom=C3=A9sticos como reservorios futuros de la enfer= medad y=20 >> que puedan representar un problema para la salud p=C3=BAblica, por lo qu= e=20 >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que m=C3=A1s conviv= imos. De=20 >> igual forma, la introducci=C3=B3n constante del virus a nuevas poblacion= es=20 >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal = o=20 >> salud humana. >> > >> > A la fecha la OIE cuenta con informaci=C3=B3n referente a las especies= de=20 >> inter=C3=A9s en este diagn=C3=B3stico en cu=C3=A1nto a la susceptibilida= d que tienen al=20 >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021] >> > >> > | Especie | Tipo de infecci=C3=B3n | Susceptibilidad a la infecci=C3= =B3n | Signos=20 >> cl=C3=ADnicos | Transmisi=C3=B3n | >> > | ------------------ | ---------------------- |=20 >> ------------------------------ | -------------------------- |=20 >> ----------------- | >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | S=C3=AD (s=C3=B3lo en algu= nos casos) |=20 >> S=C3=AD, entre hurones | >> > | Gatos (dom=C3=A9sticos) | Natural y experimental | Alta | S=C3=AD (s= =C3=B3lo en=20 >> algunos casos) | S=C3=AD, entre gatos | >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | S=C3=AD (s=C3=B3lo en algun= os casos) |=20 >> No | >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE) >> > >> > A pesar de que la informaci=C3=B3n actual ha mencionado que la epidemi= a se=20 >> mantiene por medio de la transmisi=C3=B3n humano-humano, no se puede des= cartar=20 >> como un componente de esta cadena de transmisi=C3=B3n a los animales de= =20 >> compa=C3=B1ia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De = ah=C3=AD que=20 >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los=20 >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de=20 >> transmisi=C3=B3n desde la mascota es bajo. [@CDC2021] >> > >> > # Justificaci=C3=B3n >> > >> > La detecci=C3=B3n del material gen=C3=A9tico del virus de SARS-COV-2 e= n perros y=20 >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signolog=C3=ADa, as=C3=AD c= omo tambi=C3=A9n=20 >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo= =20 >> que la infecci=C3=B3n en estas especies est=C3=A1 comprobada, y m=C3=A1s= importante se ha=20 >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesa= ria=20 >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que=20 >> conviven. @Patterson2020 >> > >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producci= =C3=B3n=20 >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostr= ado=20 >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infecci=C3=B3n de manera= =20 >> experimental, adem=C3=A1s de que no se ha comprobado sean capaces de tra= nsmitir=20 >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que= se=20 >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una= =20 >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisi=C3=B3n del = mismo.=20 >> @Ulrich2020=20 >> > >> > Debido a que las especies usadas com=C3=BAnmente en la ganader=C3=ADa = no han=20 >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagn=C3=ADsti= co de=20 >> situaci=C3=B3n en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particula= r=20 >> relevancia mencionar a los hurones dom=C3=A9sticos (*Mustela outorius fu= ro*), ya=20 >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relaci=C3=B3n tax= on=C3=B3mica=20 >> con los must=C3=A9lidos usados en granjas como lo es el vis=C3=B3n ameri= cano=20 >> (*Neovison vison*) y vis=C3=B3n europeo (*Mustela lutreola*), estos =C3= =BAltimos=20 >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llev=C3=B3 a la eutanasia de 17= =20 >> millones de visones.[^2]=20 >> > >> > Aunque los hurones dom=C3=A9sticos frecuentemente se encuentran separa= dos de=20 >> otros y no son capaces de mantener la propagaci=C3=B3n del virus de mane= ra=20 >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una gu=C3= =ADa=20 >> especial para los due=C3=B1os de estos animales debido al riesgo que pue= den=20 >> representar [^3].=20 >> > >> > [^2]: [=C2=BFPor qu=C3=A9 Dinamarca sacrific=C3=B3 17 millones de viso= nes?]( >> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-mi= llion-minks-now-plans-n1249610 >> ) >> > >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los=20 >> hurones en el Reino Unido]( >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf) >> > >> > Es as=C3=AD que en consideraci=C3=B3n al C=C3=B3digo Sanitario para lo= s Animales=20 >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y l= a=20 >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales dom=C3=A9sti= cos, es=20 >> necesario realizar un diagn=C3=B3stico de situaci=C3=B3n en nuestra pobl= aci=C3=B3n.=20 >> > >> > # Referencias >> > --- >> > title: Ejercicio de pruebas diagn=C3=B3sticas complementarias >> > author: Julio Vera de Le=C3=B3n >> > date: 26/Mayo/2021 >> > ---- >> > >> > # Primer prueba >> > >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en= =20 >> leche.=20 >> > >> > Se hizo un diagn=C3=B3stico con la prueba tamiz de anillo en leche par= a=20 >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con= =20 >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encont= rar=20 >> los positivos; a trav=C3=A9s de la prueba tamiz de rosa de bengala la cu= al tiene=20 >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%. >> > >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | >> > | --------- | --------- | --------- | ----- | >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 | >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 | >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 | >> > >> > 1. Sanos: 9555 >> > 2. Enfermos postprueba: 286 >> > 3. Falsos positivos: 145 >> > 4. Falsos negativos: 14 >> > 5. Valor predictivo positivo: 66% >> > 6. Valor predictivo negativo: 99% >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos=20 >> positivos.=20 >> > >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145=20 >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deber=C3=ADan sacrifi= carse,=20 >> por lo que es necesario despu=C3=A9s de la prueba tamiz realizar una pru= eba=20 >> mucho m=C3=A1s especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas=20 >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos.=20 >> > >> > # Segunda prueba >> > >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda= =20 >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% = y=20 >> especificidad de 98.7% >> > >> > Cuadro de 2x2:=20 >> > >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | >> > | --------- | --------- | --------- | ----- | >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 | >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 | >> > | Total | 286 | 145 | 431 | >> > >> > 1. En que animales se aplicar=C3=ADa? Sobre el total de positivos, que= ser=C3=ADa=20 >> 431 >> > 2. Verdaderos positivos: 276 >> > 3. Verdaderamente sanos: 143 >> > 4. Falsos positivos: 2 >> > 5. Falsos negativos: 10 >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99%=20 >> > 7. Valor predictivo negativo: 93% >> > >> > # Tercer prueba >> > >> > Al realizar un tercer diagn=C3=B3stico con la prueba de fijaci=C3=B3n = del=20 >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificid= ad=20 >> del 99% >> > >> > Cuadro 2 x2: >> > >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | >> > | --------- | --------- | --------- | ----- | >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 | >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 | >> > | Total | 276 | 2 | 278 | >> > >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0 >> > 2. Animales falsos negativos que quedar=C3=A1n en el hato: 7 >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a= =20 >> los que se les hace la prueba y est=C3=A1n enfermos, el 100% saldr=C3=A1= n con un=20 >> respultado positivo. >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los= =20 >> que se les hace la prueba y est=C3=A1n sanos, solamente el 22% tiene=20 >> probabilidad de estar realmente sano si sali=C3=B3 negativo.=20 >> >=20 >> > # Despu=C3=A9s de las pruebas >> > >> > Al realizar un diagn=C3=B3stico a los 6 meses de iniciado el programa: >> > >> > 1. =C2=BFCu=C3=A1l es la prevalencia real final de la enfermedad en la= cuenca=20 >> lechera? 2.8% (278/10000) >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3%=20 >> > 3. =C2=BFCu=C3=A1l es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% (= ) >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato e= s=20 >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y= =20 >> prevalece la enfermedad.=20 >> > >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno= =20 >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta=20 >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las dem=C3=A1s prueba= s es=20 >> erogado por los productores: >> > >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala=20 >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 peso= s >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: ser=C3=ADan $4.3 >> > 3. Costo de diagnosticar fijaci=C3=B3n por complemento $500 por 100 an= imales:=20 >> $1390 >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos=20 >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Cos= to=20 >> de positivos: $278,000 dolares.=20 >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las= 3=20 >> pruebas son $1409.3 pesos.=20 >> > > --=20 > You received this message because you are subscribed to the Google Groups= "pandoc-discuss" group. > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an= email to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgi= d/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com. --=20 You received this message because you are subscribed to the Google Groups "= pandoc-discuss" group. To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an e= mail to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/= pandoc-discuss/m21r9srrsq.fsf%40MacBook-Pro.hsd1.ca.comcast.net.