From mboxrd@z Thu Jan 1 00:00:00 1970 X-Msuck: nntp://news.gmane.io/gmane.text.pandoc/28464 Path: news.gmane.io!.POSTED.blaine.gmane.org!not-for-mail From: John MacFarlane Newsgroups: gmane.text.pandoc Subject: Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block Date: Thu, 27 May 2021 10:17:13 -0700 Message-ID: References: <1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n@googlegroups.com> Reply-To: pandoc-discuss-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org Mime-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset="UTF-8" Content-Transfer-Encoding: quoted-printable Injection-Info: ciao.gmane.io; posting-host="blaine.gmane.org:116.202.254.214"; logging-data="35105"; mail-complaints-to="usenet@ciao.gmane.io" To: Julio Vera , pandoc-discuss Original-X-From: pandoc-discuss+bncBCJZJHG45QDBBJVIX6CQMGQEVMEZ2UI-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFFw@public.gmane.org Thu May 27 19:17:31 2021 Return-path: Envelope-to: gtp-pandoc-discuss@m.gmane-mx.org Original-Received: from mail-pj1-f62.google.com ([209.85.216.62]) by ciao.gmane.io with esmtps (TLS1.3:ECDHE_RSA_AES_128_GCM_SHA256:128) (Exim 4.92) (envelope-from ) id 1lmJdR-0008rQ-8n for gtp-pandoc-discuss@m.gmane-mx.org; 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Julio Vera writes: > Hi!=20 > > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is pxdxcomp.md= ,=20 > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The= =20 > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I tried= =20 > copying everything and pasting it inside a new file but still have the sa= me=20 > problem, also I uninstalled and installed pandoc. > > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane=20 > escribi=C3=B3: > >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file... >> >> Julio Vera writes: >> >> > I usually just ran the following command: >> > >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx >> > >> > But today I was working with a particular .md file and after I finishe= d=20 >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author paramete= rs=20 >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like this= : >> > >> > title: title of the document >> > author: myname >> > date: today >> > >> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables= =20 >> aren't=20 >> > formatted, they and up in the docs like this: >> > >> > p t >> > r 2 >> > 1 2 >> > 2 2 >> > >> > Just to say an example. I don't know hat happened. >> > >> > --=20 >> > You received this message because you are subscribed to the Google=20 >> Groups "pandoc-discuss" group. >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send= =20 >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org >> > To view this discussion on the web visit=20 >> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a= -08df53958b28n%40googlegroups.com >> . >> > > --=20 > You received this message because you are subscribed to the Google Groups= "pandoc-discuss" group. > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an= email to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org > To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgi= d/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com. > --- > title: Diagn=C3=B3stico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en= perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagn=C3=B3sticados co= n el virus. > author: Julio Vera de Le=C3=B3n > date: 25/Mayo/2021 > bibliography: proyecto.bib > csl: vca.csl > --- > > # T=C3=ADtulo > **H. CONSEJO T=C3=89CNICO DE LA FACULTAD** > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA** > > **Presente** > > =C3=89l que suscribe, **Julio Vera de Le=C3=B3n**, alumnos de la Maestr= =C3=ADa en Medicina Veterinaria y Zootecnia en el =C3=A1rea de Salud P=C3= =BAblica y Medicina Preventiva, con n=C3=BAmero de cuenta 52101425-4. Pone = a su consideraci=C3=B3n el siguiente tema para diagn=C3=B3stico de situaci= =C3=B3n: > > **Diagn=C3=B3stico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perr= os, gatos y hurones de propietarios previamente diagn=C3=B3sticados con el = virus.** > > Que ser=C3=A1 realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Sal= ud P=C3=BAblica de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UN= AM** y que pertenece al campo de profundizaci=C3=B3n profesional: **Medicin= a Preventiva y Salud P=C3=BAblica**. Bajo la asesor=C3=ADa del comit=C3=A9 = tutor conformado por el **Dr. MSP Juan Ram=C3=B3n Ayala Torres**, la **MCV.= Patricia Mora Medina** y el **MCV. Jorge Francisco Monroy L=C3=B3pez** > > # Introducci=C3=B3n > > El sustento de este diagn=C3=B3stico de situaci=C3=B3n viene de que a la = fecha es desconocido por el autor alg=C3=BAn material bibliogr=C3=A1fico o = de consulta en el que se tengan datos referentes al n=C3=BAmero de animales= que han sido infectados por el s=C3=ADndrome respiratorio agudo severo cor= onavirus 2 (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infecci=C3=B3n en los anima= les por SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente= .[^1] > > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del agen= te en los animales de compa=C3=B1=C3=ADa con los que mantenemos una relaci= =C3=B3n m=C3=A1s cercana. > > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparici=C3=B3n de una enfermeda= d, infecci=C3=B3n o infestaci=C3=B3n nueva y que impacta en la sanidad anim= al o la salud humana. > > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en Am=C3=A9rica que= est=C3=A1n realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de ani= males de compa=C3=B1ia infectados por contacto con sus propietarios, las cu= ales son: > > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](https://ovc.uoguelp= h.ca) > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](https://s= ites.tufts.edu/covers/) > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical Sci= ences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/) > 4. [University of Washington Center for One Health Research](https://deoh= s.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps) > > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se mantien= e principalmente por la transmisi=C3=B3n de humanos hacia otros humanos, po= r lo que en este estudio el enfoque ser=C3=A1 conocer la cantidad de animal= es que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron= a la infecci=C3=B3n, y conocer los tipos de casa en los que hubo m=C3=A1s = riesgo de infecci=C3=B3n a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no de= scarta a los animales salvajes y dom=C3=A9sticos como reservorios futuros d= e la enfermedad y que puedan representar un problema para la salud p=C3=BAb= lica, por lo que sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que m= =C3=A1s convivimos. De igual forma, la introducci=C3=B3n constante del viru= s a nuevas poblaciones animales puede llevar a mutaciones que puedan afecta= r la sanidad animal o salud humana. > > A la fecha la OIE cuenta con informaci=C3=B3n referente a las especies de= inter=C3=A9s en este diagn=C3=B3stico en cu=C3=A1nto a la susceptibilidad = que tienen al virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021] > > | Especie | Tipo de infecci=C3=B3n | Susceptibilidad a la= infecci=C3=B3n | Signos cl=C3=ADnicos | Transmisi=C3=B3n = | > | ------------------ | ---------------------- | -------------------------= ----- | -------------------------- | ----------------- | > | Hurones | Natural y experimental | Alta = | S=C3=AD (s=C3=B3lo en algunos casos) | S=C3=AD, entre hurones | > | Gatos (dom=C3=A9sticos) | Natural y experimental | Alta = | S=C3=AD (s=C3=B3lo en algunos casos) | S=C3=AD, entre gatos = | > | Perros | Natural y experimental | Baja = | S=C3=AD (s=C3=B3lo en algunos casos) | No | > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE) > > A pesar de que la informaci=C3=B3n actual ha mencionado que la epidemia s= e mantiene por medio de la transmisi=C3=B3n humano-humano, no se puede desc= artar como un componente de esta cadena de transmisi=C3=B3n a los animales = de compa=C3=B1ia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De = ah=C3=AD que una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantene= r a los animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de= transmisi=C3=B3n desde la mascota es bajo. [@CDC2021] > > # Justificaci=C3=B3n > > La detecci=C3=B3n del material gen=C3=A9tico del virus de SARS-COV-2 en p= erros y gatos se ha demostrado en animales con y sin signolog=C3=ADa, as=C3= =AD como tambi=C3=A9n en el suero de mascotas que se han muestreado en zona= s afectadas, por lo que la infecci=C3=B3n en estas especies est=C3=A1 compr= obada, y m=C3=A1s importante se ha comprobado que llegan a diseminar materi= al viral con una cantidad necesaria que ha demostrado ser capaz de infectar= a otros animales con los que conviven. @Patterson2020 > > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producci=C3= =B3n como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demos= trado de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infecci=C3=B3n de man= era experimental, adem=C3=A1s de que no se ha comprobado sean capaces de tr= ansmitir la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus= *) que se han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrad= o una susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisi=C3=B3n d= el mismo. @Ulrich2020=20 > > Debido a que las especies usadas com=C3=BAnmente en la ganader=C3=ADa no = han demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagn=C3=ADst= ico de situaci=C3=B3n en perros, gatos y hurones. De estos tres es de parti= cular relevancia mencionar a los hurones dom=C3=A9sticos (*Mustela outorius= furo*), ya que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relaci= =C3=B3n taxon=C3=B3mica con los must=C3=A9lidos usados en granjas como lo e= s el vis=C3=B3n americano (*Neovison vison*) y vis=C3=B3n europeo (*Mustela= lutreola*), estos =C3=BAltimos responsables del brote de SARS-COV-2 que ll= ev=C3=B3 a la eutanasia de 17 millones de visones.[^2]=20 > > Aunque los hurones dom=C3=A9sticos frecuentemente se encuentran separados= de otros y no son capaces de mantener la propagaci=C3=B3n del virus de man= era estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una gu=C3= =ADa especial para los due=C3=B1os de estos animales debido al riesgo que p= ueden representar [^3]. =20 > > [^2]: [=C2=BFPor qu=C3=A9 Dinamarca sacrific=C3=B3 17 millones de visones= ?](https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-mi= llion-minks-now-plans-n1249610) > > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los hurones= en el Reino Unido](http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-= ferrets.pdf) > > Es as=C3=AD que en consideraci=C3=B3n al C=C3=B3digo Sanitario para los A= nimales Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergent= e y la falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales dom=C3= =A9sticos, es necesario realizar un diagn=C3=B3stico de situaci=C3=B3n en n= uestra poblaci=C3=B3n.=20 > > # Referencias > --- > title: Ejercicio de pruebas diagn=C3=B3sticas complementarias > author: Julio Vera de Le=C3=B3n > date: 26/Mayo/2021 > ---- > > # Primer prueba > > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en lech= e.=20 > > Se hizo un diagn=C3=B3stico con la prueba tamiz de anillo en leche para d= etectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 10.0= 00 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar los= positivos; a trav=C3=A9s de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tie= ne una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%. > > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > | --------- | --------- | --------- | ----- | > | Positivos | 286 | 145 | 431 | > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 | > | Total | 300 | 9700 | 10000 | > > 1. Sanos: 9555 > 2. Enfermos postprueba: 286 > 3. Falsos positivos: 145 > 4. Falsos negativos: 14 > 5. Valor predictivo positivo: 66% > 6. Valor predictivo negativo: 99% > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos posit= ivos.=20 > > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 falsos= positivos, sacrificando 145 animales que no deber=C3=ADan sacrificarse, po= r lo que es necesario despu=C3=A9s de la prueba tamiz realizar una prueba m= ucho m=C3=A1s especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas especif= icidad para bajar la cantidad de falsos positivos.=20 > > # Segunda prueba > > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda pru= eba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y espe= cificidad de 98.7% > > Cuadro de 2x2:=20 > > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > | --------- | --------- | --------- | ----- | > | Positivos | 276 | 2 | 278 | > | Negativos | 10 | 143 | 153 | > | Total | 286 | 145 | 431 | > > 1. En que animales se aplicar=C3=ADa? Sobre el total de positivos, que se= r=C3=ADa 431 > 2. Verdaderos positivos: 276 > 3. Verdaderamente sanos: 143 > 4. Falsos positivos: 2 > 5. Falsos negativos: 10 > 6. Valor predicitvo positivo: 99%=20 > 7. Valor predictivo negativo: 93% > > # Tercer prueba > > Al realizar un tercer diagn=C3=B3stico con la prueba de fijaci=C3=B3n de= l complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificida= d del 99% > > Cuadro 2 x2: > > | Prueba | Positivos | Negativos | Total | > | --------- | --------- | --------- | ----- | > | Positivos | 269 | 0 | 269 | > | Negativos | 7 | 2 | 9 | > | Total | 276 | 2 | 278 | > > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0 > 2. Animales falsos negativos que quedar=C3=A1n en el hato: 7 > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a l= os que se les hace la prueba y est=C3=A1n enfermos, el 100% saldr=C3=A1n co= n un respultado positivo. > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los qu= e se les hace la prueba y est=C3=A1n sanos, solamente el 22% tiene probabi= lidad de estar realmente sano si sali=C3=B3 negativo.=20 > =20 > # Despu=C3=A9s de las pruebas > > Al realizar un diagn=C3=B3stico a los 6 meses de iniciado el programa: > > 1. =C2=BFCu=C3=A1l es la prevalencia real final de la enfermedad en la c= uenca lechera? 2.8% (278/10000) > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3%=20 > 3. =C2=BFCu=C3=A1l es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% () > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es = que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y prev= alece la enfermedad.=20 > > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno com= o una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta zoonosis d= e tos animales. Sin embargo, el costo de las dem=C3=A1s pruebas es erogado = por los productores: > > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala (anill= o en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: ser=C3=ADan $4.3 > 3. Costo de diagnosticar fijaci=C3=B3n por complemento $500 por 100 anima= les: $1390 > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos (separad= amente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo de posit= ivos: $278,000 dolares.=20 > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3 = pruebas son $1409.3 pesos.=20 --=20 You received this message because you are subscribed to the Google Groups "= pandoc-discuss" group. To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an e= mail to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/= pandoc-discuss/m27djkrt9i.fsf%40MacBook-Pro.hsd1.ca.comcast.net.