Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 973 bytes --]

I usually just ran the following command:

pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx

But today I was working with a particular .md file and after I finished 
with it I tried to convert it, but the title, date and author parameters 
that go inside the YAML block aren't converted, they display like this:

title: title of the document
author: myname
date: today

But just in that format, not like it used to do. And also the tables aren't 
formatted, they and up in the docs like this:

p t
r 2
1 2
2 2

Just to say an example. I don't know hat happened.

-- 
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[-- Attachment #1.2: Type: text/html, Size: 1449 bytes --]

Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane]

Not much we can do to help without seeing the input markdown file...

Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:

> I usually just ran the following command:
>
> pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>
> But today I was working with a particular .md file and after I finished 
> with it I tried to convert it, but the title, date and author parameters 
> that go inside the YAML block aren't converted, they display like this:
>
> title: title of the document
> author: myname
> date: today
>
> But just in that format, not like it used to do. And also the tables aren't 
> formatted, they and up in the docs like this:
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> p t
> r 2
> 1 2
> 2 2
>
> Just to say an example. I don't know hat happened.
>
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Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 2129 bytes --]

Hi! 

I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is pxdxcomp.md, 
the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The 
language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I tried 
copying everything and pasting it inside a new file but still have the same 
problem, also I uninstalled and installed pandoc.

El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
escribió:

>
> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>
> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>
> > I usually just ran the following command:
> >
> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
> >
> > But today I was working with a particular .md file and after I finished 
> > with it I tried to convert it, but the title, date and author parameters 
> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like this:
> >
> > title: title of the document
> > author: myname
> > date: today
> >
> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables 
> aren't 
> > formatted, they and up in the docs like this:
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> > p t
> > r 2
> > 1 2
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[-- Attachment #1.2: Type: text/html, Size: 3222 bytes --]

[-- Attachment #2: dxprevcovid19.md --]
[-- Type: text/markdown, Size: 7477 bytes --]

---
title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.
author: Julio Vera de León
date: 25/Mayo/2021
bibliography: proyecto.bib
csl: vca.csl
---

# Título
**H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
**DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**

**Presente**

Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el siguiente tema para diagnóstico de situación:

**Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.**

Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Salud Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** y que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina Preventiva y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y el **MCV. Jorge Francisco Monroy López**

# Introducción

El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha es desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en el que se tengan datos referentes al número de animales que han sido infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]

Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación más cercana.

[^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una enfermedad, infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la salud humana.

A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de animales de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales son:

1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](https://ovc.uoguelph.ca)
2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](https://sites.tufts.edu/covers/)
3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
4. [University of Washington Center for One Health Research](https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)

La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros humanos, por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de animales que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron a la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a los animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la enfermedad y que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más convivimos. De igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal o salud humana.

A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen al virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]

| Especie            | Tipo de infección      | Susceptibilidad a la infección | Signos clínicos            | Transmisión       |
| ------------------ | ---------------------- | ------------------------------ | -------------------------- | ----------------- |
| Hurones            | Natural y experimental | Alta                           | Sí (sólo en algunos casos) | Sí, entre hurones |
| Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta                           | Sí (sólo en algunos casos) | Sí, entre gatos   |
| Perros             | Natural y experimental | Baja                           | Sí (sólo en algunos casos) | No                |
Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)

A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede descartar como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí que una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]

# Justificación

La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros y gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como también en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se ha comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesaria que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que conviven. @Patterson2020

En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producción como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostrado de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de transmitir la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que se han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del mismo. @Ulrich2020 

Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico de situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius furo*), ya que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación taxonómica con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 millones de visones.[^2] 

Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados de otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden representar [^3].     

[^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610)

[^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los hurones en el Reino Unido](http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)

Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y la falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, es necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 

# Referencias

[-- Attachment #3: pxdxcomp.md --]
[-- Type: text/markdown, Size: 4292 bytes --]

---
title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
author: Julio Vera de León
date: 26/Mayo/2021
----

# Primer prueba

La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en leche. 

Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tiene una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.

| Prueba    | Positivos | Negativos | Total |
| --------- | --------- | --------- | ----- |
| Positivos | 286       | 145       | 431   |
| Negativos | 14        | 9555      | 9569  |
| Total     | 300       | 9700      | 10000 |

1. Sanos: 9555
2. Enfermos postprueba: 286
3. Falsos positivos: 145
4. Falsos negativos: 14
5. Valor predictivo positivo: 66%
6. Valor predictivo negativo: 99%
7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos positivos. 

Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían sacrificarse, por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 

# Segunda prueba

La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y especificidad de 98.7%

Cuadro de 2x2: 

| Prueba    | Positivos | Negativos | Total |
| --------- | --------- | --------- | ----- |
| Positivos | 276       | 2         | 278   |
| Negativos | 10        | 143       | 153   |
| Total     | 286       | 145       | 431   |

1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que sería 431
2. Verdaderos positivos: 276
3. Verdaderamente sanos: 143
4. Falsos positivos: 2
5. Falsos negativos: 10
6. Valor predicitvo positivo: 99% 
7. Valor predictivo negativo: 93%

# Tercer prueba

 Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificidad del 99%

 Cuadro 2 x2:

| Prueba    | Positivos | Negativos | Total |
| --------- | --------- | --------- | ----- |
| Positivos | 269       | 0         | 269   |
| Negativos | 7         | 2         | 9     |
| Total     | 276       | 2         | 278   |

 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un respultado positivo.
 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22%  tiene probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
 
# Después de las pruebas

 Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:

 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca lechera? 2.8% (278/10000)
 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y prevalece la enfermedad. 

El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es erogado por los productores:

1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos
2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 animales: $1390
4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo de positivos: $278,000 dolares. 
5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3 pruebas son $1409.3 pesos. 

Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane]

Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
YAML metadata block.


Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:

> Hi! 
>
> I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is pxdxcomp.md, 
> the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The 
> language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I tried 
> copying everything and pasting it inside a new file but still have the same 
> problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
> escribió:
>
>>
>> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>>
>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>
>> > I usually just ran the following command:
>> >
>> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >
>> > But today I was working with a particular .md file and after I finished 
>> > with it I tried to convert it, but the title, date and author parameters 
>> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like this:
>> >
>> > title: title of the document
>> > author: myname
>> > date: today
>> >
>> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables 
>> aren't 
>> > formatted, they and up in the docs like this:
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>> > p t
>> > r 2
>> > 1 2
>> > 2 2
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> ---
> title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.
> author: Julio Vera de León
> date: 25/Mayo/2021
> bibliography: proyecto.bib
> csl: vca.csl
> ---
>
> # Título
> **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>
> **Presente**
>
> Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el siguiente tema para diagnóstico de situación:
>
> **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.**
>
> Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Salud Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** y que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina Preventiva y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y el **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>
> # Introducción
>
> El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha es desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en el que se tengan datos referentes al número de animales que han sido infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
>
> Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación más cercana.
>
> [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una enfermedad, infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la salud humana.
>
> A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de animales de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales son:
>
> 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](https://ovc.uoguelph.ca)
> 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](https://sites.tufts.edu/covers/)
> 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
> 4. [University of Washington Center for One Health Research](https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>
> La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros humanos, por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de animales que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron a la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a los animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la enfermedad y que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más convivimos. De igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal o salud humana.
>
> A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen al virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>
> | Especie            | Tipo de infección      | Susceptibilidad a la infección | Signos clínicos            | Transmisión       |
> | ------------------ | ---------------------- | ------------------------------ | -------------------------- | ----------------- |
> | Hurones            | Natural y experimental | Alta                           | Sí (sólo en algunos casos) | Sí, entre hurones |
> | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta                           | Sí (sólo en algunos casos) | Sí, entre gatos   |
> | Perros             | Natural y experimental | Baja                           | Sí (sólo en algunos casos) | No                |
> Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>
> A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede descartar como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí que una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>
> # Justificación
>
> La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros y gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como también en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se ha comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesaria que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que conviven. @Patterson2020
>
> En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producción como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostrado de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de transmitir la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que se han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del mismo. @Ulrich2020 
>
> Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico de situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius furo*), ya que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación taxonómica con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 millones de visones.[^2] 
>
> Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados de otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden representar [^3].     
>
> [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610)
>
> [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los hurones en el Reino Unido](http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>
> Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y la falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, es necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
>
> # Referencias
> ---
> title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> author: Julio Vera de León
> date: 26/Mayo/2021
> ----
>
> # Primer prueba
>
> La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en leche. 
>
> Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tiene una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>
> | Prueba    | Positivos | Negativos | Total |
> | --------- | --------- | --------- | ----- |
> | Positivos | 286       | 145       | 431   |
> | Negativos | 14        | 9555      | 9569  |
> | Total     | 300       | 9700      | 10000 |
>
> 1. Sanos: 9555
> 2. Enfermos postprueba: 286
> 3. Falsos positivos: 145
> 4. Falsos negativos: 14
> 5. Valor predictivo positivo: 66%
> 6. Valor predictivo negativo: 99%
> 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos positivos. 
>
> Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían sacrificarse, por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
>
> # Segunda prueba
>
> La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y especificidad de 98.7%
>
> Cuadro de 2x2: 
>
> | Prueba    | Positivos | Negativos | Total |
> | --------- | --------- | --------- | ----- |
> | Positivos | 276       | 2         | 278   |
> | Negativos | 10        | 143       | 153   |
> | Total     | 286       | 145       | 431   |
>
> 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que sería 431
> 2. Verdaderos positivos: 276
> 3. Verdaderamente sanos: 143
> 4. Falsos positivos: 2
> 5. Falsos negativos: 10
> 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
> 7. Valor predictivo negativo: 93%
>
> # Tercer prueba
>
>  Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificidad del 99%
>
>  Cuadro 2 x2:
>
> | Prueba    | Positivos | Negativos | Total |
> | --------- | --------- | --------- | ----- |
> | Positivos | 269       | 0         | 269   |
> | Negativos | 7         | 2         | 9     |
> | Total     | 276       | 2         | 278   |
>
>  1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>  2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>  3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un respultado positivo.
>  4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22%  tiene probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
>  
> # Después de las pruebas
>
>  Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>
>  1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca lechera? 2.8% (278/10000)
>  2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
>  3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>  4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y prevalece la enfermedad. 
>
> El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es erogado por los productores:
>
> 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos
> 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 animales: $1390
> 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo de positivos: $278,000 dolares. 
> 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3 pruebas son $1409.3 pesos. 

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Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 15702 bytes --]

[image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]

Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see the 
tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert it 
to pdf they render fine. 

El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
escribió:

>
> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
> YAML metadata block.
>
>
> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>
> > Hi! 
> >
> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
> pxdxcomp.md, 
> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The 
> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
> tried 
> > copying everything and pasting it inside a new file but still have the 
> same 
> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
> >
> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
> > escribió:
> >
> >>
> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
> >>
> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>
> >> > I usually just ran the following command:
> >> >
> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
> >> >
> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
> finished 
> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
> parameters 
> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
> this:
> >> >
> >> > title: title of the document
> >> > author: myname
> >> > date: today
> >> >
> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables 
> >> aren't 
> >> > formatted, they and up in the docs like this:
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> >> > p t
> >> > r 2
> >> > 1 2
> >> > 2 2
> >> >
> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
> >> >
> >> > -- 
> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
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> .
> > ---
> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
> virus.
> > author: Julio Vera de León
> > date: 25/Mayo/2021
> > bibliography: proyecto.bib
> > csl: vca.csl
> > ---
> >
> > # Título
> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
> >
> > **Presente**
> >
> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
> siguiente tema para diagnóstico de situación:
> >
> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, 
> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.**
> >
> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Salud 
> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** y 
> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina Preventiva 
> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y el 
> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
> >
> > # Introducción
> >
> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha es 
> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en el 
> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
> >
> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación más 
> cercana.
> >
> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una enfermedad, 
> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la salud 
> humana.
> >
> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de animales 
> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales son:
> >
> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
> https://ovc.uoguelph.ca)
> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
> https://sites.tufts.edu/covers/)
> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
> >
> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros humanos, 
> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de animales 
> que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron a 
> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a los 
> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la enfermedad y 
> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más convivimos. De 
> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal o 
> salud humana.
> >
> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen al 
> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
> >
> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | Signos 
> clínicos | Transmisión |
> > | ------------------ | ---------------------- | 
> ------------------------------ | -------------------------- | 
> ----------------- |
> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos casos) | 
> Sí, entre hurones |
> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
> algunos casos) | Sí, entre gatos |
> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) | 
> No |
> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
> >
> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede descartar 
> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí que 
> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
> >
> > # Justificación
> >
> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros y 
> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como también 
> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo 
> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se ha 
> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesaria 
> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
> conviven. @Patterson2020
> >
> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producción 
> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostrado 
> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de transmitir 
> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que se 
> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del mismo. 
> @Ulrich2020 
> >
> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico de 
> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius furo*), ya 
> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación taxonómica 
> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
> millones de visones.[^2] 
> >
> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados de 
> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
> representar [^3]. 
> >
> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
> )
> >
> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
> hurones en el Reino Unido](
> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
> >
> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y la 
> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, es 
> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
> >
> > # Referencias
> > ---
> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> > author: Julio Vera de León
> > date: 26/Mayo/2021
> > ----
> >
> > # Primer prueba
> >
> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
> leche. 
> >
> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar 
> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tiene 
> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
> >
> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
> >
> > 1. Sanos: 9555
> > 2. Enfermos postprueba: 286
> > 3. Falsos positivos: 145
> > 4. Falsos negativos: 14
> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
> positivos. 
> >
> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían sacrificarse, 
> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
> >
> > # Segunda prueba
> >
> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y 
> especificidad de 98.7%
> >
> > Cuadro de 2x2: 
> >
> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
> > | Total | 286 | 145 | 431 |
> >
> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que sería 
> 431
> > 2. Verdaderos positivos: 276
> > 3. Verdaderamente sanos: 143
> > 4. Falsos positivos: 2
> > 5. Falsos negativos: 10
> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
> >
> > # Tercer prueba
> >
> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificidad 
> del 99%
> >
> > Cuadro 2 x2:
> >
> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
> > | Total | 276 | 2 | 278 |
> >
> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a 
> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
> respultado positivo.
> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
> > 
> > # Después de las pruebas
> >
> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
> >
> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
> lechera? 2.8% (278/10000)
> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es 
> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
> prevalece la enfermedad. 
> >
> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
> erogado por los productores:
> >
> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos
> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 animales: 
> $1390
> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo 
> de positivos: $278,000 dolares. 
> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3 
> pruebas son $1409.3 pesos. 
>

-- 
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[-- Attachment #2: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png --]
[-- Type: image/png, Size: 31660 bytes --]

Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane]

That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
columns.  But I can't reproduce this with latest pandoc.  It
looks fine. What version are you using?

Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:

> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>
> Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see the 
> tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert it 
> to pdf they render fine. 
>
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
> escribió:
>
>>
>> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>> YAML metadata block.
>>
>>
>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>
>> > Hi! 
>> >
>> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
>> pxdxcomp.md, 
>> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. The 
>> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
>> tried 
>> > copying everything and pasting it inside a new file but still have the 
>> same 
>> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>> >
>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
>> > escribió:
>> >
>> >>
>> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>> >>
>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>
>> >> > I usually just ran the following command:
>> >> >
>> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >> >
>> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
>> finished 
>> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
>> parameters 
>> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
>> this:
>> >> >
>> >> > title: title of the document
>> >> > author: myname
>> >> > date: today
>> >> >
>> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the tables 
>> >> aren't 
>> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>> >> >
>> >> > p t
>> >> > r 2
>> >> > 1 2
>> >> > 2 2
>> >> >
>> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>> >> >
>> >> > -- 
>> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>> send 
>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> >> > To view this discussion on the web visit 
>> >> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
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>> >>
>> >
>> > -- 
>> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> Groups "pandoc-discuss" group.
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>> > To view this discussion on the web visit 
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>> .
>> > ---
>> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
>> virus.
>> > author: Julio Vera de León
>> > date: 25/Mayo/2021
>> > bibliography: proyecto.bib
>> > csl: vca.csl
>> > ---
>> >
>> > # Título
>> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>> >
>> > **Presente**
>> >
>> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
>> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
>> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
>> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>> >
>> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en perros, 
>> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el virus.**
>> >
>> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y Salud 
>> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** y 
>> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina Preventiva 
>> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
>> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y el 
>> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>> >
>> > # Introducción
>> >
>> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha es 
>> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en el 
>> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
>> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
>> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
>> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
>> >
>> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
>> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación más 
>> cercana.
>> >
>> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una enfermedad, 
>> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la salud 
>> humana.
>> >
>> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
>> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de animales 
>> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales son:
>> >
>> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>> https://ovc.uoguelph.ca)
>> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
>> https://sites.tufts.edu/covers/)
>> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
>> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
>> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>> >
>> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
>> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros humanos, 
>> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de animales 
>> que han sido infectados por sus propietarios, factores que contribuyeron a 
>> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
>> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a los 
>> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la enfermedad y 
>> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
>> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más convivimos. De 
>> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
>> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal o 
>> salud humana.
>> >
>> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
>> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen al 
>> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>> >
>> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | Signos 
>> clínicos | Transmisión |
>> > | ------------------ | ---------------------- | 
>> ------------------------------ | -------------------------- | 
>> ----------------- |
>> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos casos) | 
>> Sí, entre hurones |
>> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
>> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) | 
>> No |
>> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>> >
>> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
>> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede descartar 
>> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
>> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí que 
>> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
>> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
>> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>> >
>> > # Justificación
>> >
>> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros y 
>> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como también 
>> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por lo 
>> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se ha 
>> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad necesaria 
>> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
>> conviven. @Patterson2020
>> >
>> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de producción 
>> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han demostrado 
>> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
>> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de transmitir 
>> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) que se 
>> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
>> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del mismo. 
>> @Ulrich2020 
>> >
>> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
>> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico de 
>> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
>> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius furo*), ya 
>> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación taxonómica 
>> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
>> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
>> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
>> millones de visones.[^2] 
>> >
>> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados de 
>> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
>> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
>> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
>> representar [^3]. 
>> >
>> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>> )
>> >
>> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
>> hurones en el Reino Unido](
>> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>> >
>> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
>> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y la 
>> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, es 
>> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
>> >
>> > # Referencias
>> > ---
>> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>> > author: Julio Vera de León
>> > date: 26/Mayo/2021
>> > ----
>> >
>> > # Primer prueba
>> >
>> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
>> leche. 
>> >
>> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
>> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
>> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para encontrar 
>> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual tiene 
>> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>> >
>> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>> >
>> > 1. Sanos: 9555
>> > 2. Enfermos postprueba: 286
>> > 3. Falsos positivos: 145
>> > 4. Falsos negativos: 14
>> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
>> positivos. 
>> >
>> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
>> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían sacrificarse, 
>> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
>> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
>> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
>> >
>> > # Segunda prueba
>> >
>> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
>> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% y 
>> especificidad de 98.7%
>> >
>> > Cuadro de 2x2: 
>> >
>> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>> >
>> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que sería 
>> 431
>> > 2. Verdaderos positivos: 276
>> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>> > 4. Falsos positivos: 2
>> > 5. Falsos negativos: 10
>> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
>> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>> >
>> > # Tercer prueba
>> >
>> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
>> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y especificidad 
>> del 99%
>> >
>> > Cuadro 2 x2:
>> >
>> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>> >
>> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales a 
>> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
>> respultado positivo.
>> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
>> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
>> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
>> > 
>> > # Después de las pruebas
>> >
>> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>> >
>> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
>> lechera? 2.8% (278/10000)
>> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
>> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato es 
>> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
>> prevalece la enfermedad. 
>> >
>> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
>> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
>> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
>> erogado por los productores:
>> >
>> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
>> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 pesos
>> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 animales: 
>> $1390
>> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
>> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. Costo 
>> de positivos: $278,000 dolares. 
>> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De las 3 
>> pruebas son $1409.3 pesos. 
>>
>
> -- 
> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "pandoc-discuss" group.
> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com.

-- 
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Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 18169 bytes --]

The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall it 
and then downloaded it again for macOS. 

I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if it 
woks with new files but I got the same result.

[image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there 
renders fine. 

El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
escribió:

>
> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
> looks fine. What version are you using?
>
> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>
> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
> >
> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see 
> the 
> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert 
> it 
> > to pdf they render fine. 
> >
> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
> > escribió:
> >
> >>
> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
> >> YAML metadata block.
> >>
> >>
> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>
> >> > Hi! 
> >> >
> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
> >> pxdxcomp.md, 
> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. 
> The 
> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
> >> tried 
> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still have 
> the 
> >> same 
> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
> >> >
> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
> >> > escribió:
> >> >
> >> >>
> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
> >> >>
> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >>
> >> >> > I usually just ran the following command:
> >> >> >
> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
> >> >> >
> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
> >> finished 
> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
> >> parameters 
> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
> >> this:
> >> >> >
> >> >> > title: title of the document
> >> >> > author: myname
> >> >> > date: today
> >> >> >
> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the 
> tables 
> >> >> aren't 
> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
> >> >> >
> >> >> > p t
> >> >> > r 2
> >> >> > 1 2
> >> >> > 2 2
> >> >> >
> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
> >> >> >
> >> >> > -- 
> >> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
> >> send 
> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >> >> > To view this discussion on the web visit 
> >> >> 
> >> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
> >> >> .
> >> >>
> >> >
> >> > -- 
> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
> send 
> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >> > To view this discussion on the web visit 
> >> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
> >> .
> >> > ---
> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con 
> el 
> >> virus.
> >> > author: Julio Vera de León
> >> > date: 25/Mayo/2021
> >> > bibliography: proyecto.bib
> >> > csl: vca.csl
> >> > ---
> >> >
> >> > # Título
> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
> >> >
> >> > **Presente**
> >> >
> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
> >> >
> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
> perros, 
> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
> virus.**
> >> >
> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y 
> Salud 
> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** 
> y 
> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
> Preventiva 
> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y 
> el 
> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
> >> >
> >> > # Introducción
> >> >
> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha 
> es 
> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en 
> el 
> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
> >> >
> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación 
> más 
> >> cercana.
> >> >
> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
> enfermedad, 
> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la 
> salud 
> >> humana.
> >> >
> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de 
> animales 
> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales 
> son:
> >> >
> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
> >> https://ovc.uoguelph.ca)
> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
> >> >
> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros 
> humanos, 
> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de 
> animales 
> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
> contribuyeron a 
> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a 
> los 
> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
> enfermedad y 
> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
> convivimos. De 
> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal 
> o 
> >> salud humana.
> >> >
> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen 
> al 
> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
> >> >
> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | 
> Signos 
> >> clínicos | Transmisión |
> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
> >> ----------------- |
> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos 
> casos) | 
> >> Sí, entre hurones |
> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) 
> | 
> >> No |
> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
> >> >
> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
> descartar 
> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí 
> que 
> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
> >> >
> >> > # Justificación
> >> >
> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros 
> y 
> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como 
> también 
> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por 
> lo 
> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se 
> ha 
> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad 
> necesaria 
> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
> >> conviven. @Patterson2020
> >> >
> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
> producción 
> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
> demostrado 
> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
> transmitir 
> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) 
> que se 
> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del 
> mismo. 
> >> @Ulrich2020 
> >> >
> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico 
> de 
> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
> furo*), ya 
> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
> taxonómica 
> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
> >> millones de visones.[^2] 
> >> >
> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados 
> de 
> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
> >> representar [^3]. 
> >> >
> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
> >> 
> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
> >> )
> >> >
> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
> >> hurones en el Reino Unido](
> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
> >> >
> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y 
> la 
> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, 
> es 
> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
> >> >
> >> > # Referencias
> >> > ---
> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> >> > author: Julio Vera de León
> >> > date: 26/Mayo/2021
> >> > ----
> >> >
> >> > # Primer prueba
> >> >
> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
> >> leche. 
> >> >
> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para 
> encontrar 
> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual 
> tiene 
> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
> >> >
> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
> >> >
> >> > 1. Sanos: 9555
> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
> >> > 3. Falsos positivos: 145
> >> > 4. Falsos negativos: 14
> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
> >> positivos. 
> >> >
> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
> sacrificarse, 
> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
> >> >
> >> > # Segunda prueba
> >> >
> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% 
> y 
> >> especificidad de 98.7%
> >> >
> >> > Cuadro de 2x2: 
> >> >
> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
> >> >
> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que 
> sería 
> >> 431
> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
> >> > 4. Falsos positivos: 2
> >> > 5. Falsos negativos: 10
> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
> >> >
> >> > # Tercer prueba
> >> >
> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
> especificidad 
> >> del 99%
> >> >
> >> > Cuadro 2 x2:
> >> >
> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
> >> >
> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales 
> a 
> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
> >> respultado positivo.
> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
> >> > 
> >> > # Después de las pruebas
> >> >
> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
> >> >
> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
> >> lechera? 2.8% (278/10000)
> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato 
> es 
> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
> >> prevalece la enfermedad. 
> >> >
> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
> >> erogado por los productores:
> >> >
> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 
> pesos
> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
> animales: 
> >> $1390
> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. 
> Costo 
> >> de positivos: $278,000 dolares. 
> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De 
> las 3 
> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
> >>
> >
> > -- 
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> Groups "pandoc-discuss" group.
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[-- Type: image/png, Size: 31183 bytes --]

[-- Attachment #3: prueba.md --]
[-- Type: text/markdown, Size: 640 bytes --]

Table tests to see if it works

| Perros | Talla | Peso | Nombre |
| ------ | ----- | ---- | ------ |
| 23     | 5     | 6    | Chicu  |
| 24     | 2     | 4    | Fala   |
| 45     | 8     | 10   | Frty   |
Table: Perros 1

Another table

| Perros | Talla | Peso | Nombre |
| ------ | ----- | ---- | ------ |
| 23     | 5     | 6    | Chicu  |
| 24     | 2     | 4    | Fala   |
| 45     | 8     | 10   | Frty   |
Table: Perros 2

And another table

| Perros | Talla | Peso | Nombre |
| ------ | ----- | ---- | ------ |
| 23     | 5     | 6    | Chicu  |
| 24     | 2     | 4    | Fala   |
| 45     | 8     | 10   | Frty   |
Table: Perros 3

Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane]

Make sure you don't have a reference.docx in your user data
directory.

Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:

> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall it 
> and then downloaded it again for macOS. 
>
> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if it 
> woks with new files but I got the same result.
>
> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there 
> renders fine. 
>
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
> escribió:
>
>>
>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
>> looks fine. What version are you using?
>>
>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>
>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>> >
>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see 
>> the 
>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert 
>> it 
>> > to pdf they render fine. 
>> >
>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
>> > escribió:
>> >
>> >>
>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>> >> YAML metadata block.
>> >>
>> >>
>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>
>> >> > Hi! 
>> >> >
>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
>> >> pxdxcomp.md, 
>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. 
>> The 
>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
>> >> tried 
>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still have 
>> the 
>> >> same 
>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>> >> >
>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
>> >> > escribió:
>> >> >
>> >> >>
>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>> >> >>
>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >> >>
>> >> >> > I usually just ran the following command:
>> >> >> >
>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >> >> >
>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
>> >> finished 
>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
>> >> parameters 
>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
>> >> this:
>> >> >> >
>> >> >> > title: title of the document
>> >> >> > author: myname
>> >> >> > date: today
>> >> >> >
>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the 
>> tables 
>> >> >> aren't 
>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>> >> >> >
>> >> >> > p t
>> >> >> > r 2
>> >> >> > 1 2
>> >> >> > 2 2
>> >> >> >
>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>> >> >> >
>> >> >> > -- 
>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>> >> send 
>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> >> >> > To view this discussion on the web visit 
>> >> >> 
>> >> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
>> >> >> .
>> >> >>
>> >> >
>> >> > -- 
>> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>> send 
>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> >> > To view this discussion on the web visit 
>> >> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
>> >> .
>> >> > ---
>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con 
>> el 
>> >> virus.
>> >> > author: Julio Vera de León
>> >> > date: 25/Mayo/2021
>> >> > bibliography: proyecto.bib
>> >> > csl: vca.csl
>> >> > ---
>> >> >
>> >> > # Título
>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>> >> >
>> >> > **Presente**
>> >> >
>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>> >> >
>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>> perros, 
>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
>> virus.**
>> >> >
>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y 
>> Salud 
>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** 
>> y 
>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
>> Preventiva 
>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y 
>> el 
>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>> >> >
>> >> > # Introducción
>> >> >
>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha 
>> es 
>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en 
>> el 
>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
>> >> >
>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación 
>> más 
>> >> cercana.
>> >> >
>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
>> enfermedad, 
>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la 
>> salud 
>> >> humana.
>> >> >
>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de 
>> animales 
>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales 
>> son:
>> >> >
>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>> >> >
>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros 
>> humanos, 
>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de 
>> animales 
>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
>> contribuyeron a 
>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a 
>> los 
>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
>> enfermedad y 
>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
>> convivimos. De 
>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal 
>> o 
>> >> salud humana.
>> >> >
>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen 
>> al 
>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>> >> >
>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | 
>> Signos 
>> >> clínicos | Transmisión |
>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
>> >> ----------------- |
>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos 
>> casos) | 
>> >> Sí, entre hurones |
>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) 
>> | 
>> >> No |
>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>> >> >
>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
>> descartar 
>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí 
>> que 
>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>> >> >
>> >> > # Justificación
>> >> >
>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros 
>> y 
>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como 
>> también 
>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por 
>> lo 
>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se 
>> ha 
>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad 
>> necesaria 
>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
>> >> conviven. @Patterson2020
>> >> >
>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
>> producción 
>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
>> demostrado 
>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
>> transmitir 
>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) 
>> que se 
>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del 
>> mismo. 
>> >> @Ulrich2020 
>> >> >
>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico 
>> de 
>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
>> furo*), ya 
>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
>> taxonómica 
>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
>> >> millones de visones.[^2] 
>> >> >
>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados 
>> de 
>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
>> >> representar [^3]. 
>> >> >
>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>> >> 
>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>> >> )
>> >> >
>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
>> >> hurones en el Reino Unido](
>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>> >> >
>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y 
>> la 
>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, 
>> es 
>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
>> >> >
>> >> > # Referencias
>> >> > ---
>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>> >> > author: Julio Vera de León
>> >> > date: 26/Mayo/2021
>> >> > ----
>> >> >
>> >> > # Primer prueba
>> >> >
>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
>> >> leche. 
>> >> >
>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para 
>> encontrar 
>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual 
>> tiene 
>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>> >> >
>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>> >> >
>> >> > 1. Sanos: 9555
>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
>> >> > 3. Falsos positivos: 145
>> >> > 4. Falsos negativos: 14
>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
>> >> positivos. 
>> >> >
>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
>> sacrificarse, 
>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
>> >> >
>> >> > # Segunda prueba
>> >> >
>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% 
>> y 
>> >> especificidad de 98.7%
>> >> >
>> >> > Cuadro de 2x2: 
>> >> >
>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>> >> >
>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que 
>> sería 
>> >> 431
>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>> >> > 4. Falsos positivos: 2
>> >> > 5. Falsos negativos: 10
>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>> >> >
>> >> > # Tercer prueba
>> >> >
>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
>> especificidad 
>> >> del 99%
>> >> >
>> >> > Cuadro 2 x2:
>> >> >
>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>> >> >
>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales 
>> a 
>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
>> >> respultado positivo.
>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
>> >> > 
>> >> > # Después de las pruebas
>> >> >
>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>> >> >
>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato 
>> es 
>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
>> >> prevalece la enfermedad. 
>> >> >
>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
>> >> erogado por los productores:
>> >> >
>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 
>> pesos
>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
>> animales: 
>> >> $1390
>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. 
>> Costo 
>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De 
>> las 3 
>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
>> >>
>> >
>> > -- 
>> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> Groups "pandoc-discuss" group.
>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send 
>> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> > To view this discussion on the web visit 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com
>> .
>>
>
> -- 
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>
> Table tests to see if it works
>
> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
> Table: Perros 1
>
> Another table
>
> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
> Table: Perros 2
>
> And another table
>
> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
> Table: Perros 3

-- 
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Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane]

Also, please let us know the full command you are using to
convert (including any options).

John MacFarlane <jgm-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org> writes:

> Make sure you don't have a reference.docx in your user data
> directory.
>
> Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>
>> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall it 
>> and then downloaded it again for macOS. 
>>
>> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if it 
>> woks with new files but I got the same result.
>>
>> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
>> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there 
>> renders fine. 
>>
>> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
>> escribió:
>>
>>>
>>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
>>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
>>> looks fine. What version are you using?
>>>
>>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>>
>>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>>> >
>>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see 
>>> the 
>>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert 
>>> it 
>>> > to pdf they render fine. 
>>> >
>>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
>>> > escribió:
>>> >
>>> >>
>>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>>> >> YAML metadata block.
>>> >>
>>> >>
>>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>> >>
>>> >> > Hi! 
>>> >> >
>>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
>>> >> pxdxcomp.md, 
>>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. 
>>> The 
>>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
>>> >> tried 
>>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still have 
>>> the 
>>> >> same 
>>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>>> >> >
>>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
>>> >> > escribió:
>>> >> >
>>> >> >>
>>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>>> >> >>
>>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>> >> >>
>>> >> >> > I usually just ran the following command:
>>> >> >> >
>>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>>> >> >> >
>>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
>>> >> finished 
>>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
>>> >> parameters 
>>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
>>> >> this:
>>> >> >> >
>>> >> >> > title: title of the document
>>> >> >> > author: myname
>>> >> >> > date: today
>>> >> >> >
>>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the 
>>> tables 
>>> >> >> aren't 
>>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>>> >> >> >
>>> >> >> > p t
>>> >> >> > r 2
>>> >> >> > 1 2
>>> >> >> > 2 2
>>> >> >> >
>>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>>> >> >> >
>>> >> >> > -- 
>>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>>> >> send 
>>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>>> >> >> > To view this discussion on the web visit 
>>> >> >> 
>>> >> 
>>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
>>> >> >> .
>>> >> >>
>>> >> >
>>> >> > -- 
>>> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>>> send 
>>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>>> >> > To view this discussion on the web visit 
>>> >> 
>>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
>>> >> .
>>> >> > ---
>>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con 
>>> el 
>>> >> virus.
>>> >> > author: Julio Vera de León
>>> >> > date: 25/Mayo/2021
>>> >> > bibliography: proyecto.bib
>>> >> > csl: vca.csl
>>> >> > ---
>>> >> >
>>> >> > # Título
>>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>>> >> >
>>> >> > **Presente**
>>> >> >
>>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
>>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
>>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
>>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>>> >> >
>>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>>> perros, 
>>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
>>> virus.**
>>> >> >
>>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y 
>>> Salud 
>>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** 
>>> y 
>>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
>>> Preventiva 
>>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
>>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y 
>>> el 
>>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>>> >> >
>>> >> > # Introducción
>>> >> >
>>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha 
>>> es 
>>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en 
>>> el 
>>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
>>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
>>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
>>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
>>> >> >
>>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
>>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación 
>>> más 
>>> >> cercana.
>>> >> >
>>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
>>> enfermedad, 
>>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la 
>>> salud 
>>> >> humana.
>>> >> >
>>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
>>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de 
>>> animales 
>>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales 
>>> son:
>>> >> >
>>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
>>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
>>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
>>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
>>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
>>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>>> >> >
>>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
>>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros 
>>> humanos, 
>>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de 
>>> animales 
>>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
>>> contribuyeron a 
>>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
>>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a 
>>> los 
>>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
>>> enfermedad y 
>>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
>>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
>>> convivimos. De 
>>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
>>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal 
>>> o 
>>> >> salud humana.
>>> >> >
>>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
>>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen 
>>> al 
>>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>>> >> >
>>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | 
>>> Signos 
>>> >> clínicos | Transmisión |
>>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
>>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
>>> >> ----------------- |
>>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos 
>>> casos) | 
>>> >> Sí, entre hurones |
>>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
>>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) 
>>> | 
>>> >> No |
>>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>>> >> >
>>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
>>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
>>> descartar 
>>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
>>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí 
>>> que 
>>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
>>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
>>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>>> >> >
>>> >> > # Justificación
>>> >> >
>>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros 
>>> y 
>>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como 
>>> también 
>>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por 
>>> lo 
>>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se 
>>> ha 
>>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad 
>>> necesaria 
>>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
>>> >> conviven. @Patterson2020
>>> >> >
>>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
>>> producción 
>>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
>>> demostrado 
>>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
>>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
>>> transmitir 
>>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) 
>>> que se 
>>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
>>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del 
>>> mismo. 
>>> >> @Ulrich2020 
>>> >> >
>>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
>>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico 
>>> de 
>>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
>>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
>>> furo*), ya 
>>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
>>> taxonómica 
>>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
>>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
>>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
>>> >> millones de visones.[^2] 
>>> >> >
>>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados 
>>> de 
>>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
>>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
>>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
>>> >> representar [^3]. 
>>> >> >
>>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>>> >> 
>>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>>> >> )
>>> >> >
>>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
>>> >> hurones en el Reino Unido](
>>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>>> >> >
>>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
>>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y 
>>> la 
>>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, 
>>> es 
>>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
>>> >> >
>>> >> > # Referencias
>>> >> > ---
>>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>>> >> > author: Julio Vera de León
>>> >> > date: 26/Mayo/2021
>>> >> > ----
>>> >> >
>>> >> > # Primer prueba
>>> >> >
>>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
>>> >> leche. 
>>> >> >
>>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
>>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
>>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para 
>>> encontrar 
>>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual 
>>> tiene 
>>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>>> >> >
>>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>>> >> >
>>> >> > 1. Sanos: 9555
>>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
>>> >> > 3. Falsos positivos: 145
>>> >> > 4. Falsos negativos: 14
>>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
>>> >> positivos. 
>>> >> >
>>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
>>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
>>> sacrificarse, 
>>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
>>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
>>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
>>> >> >
>>> >> > # Segunda prueba
>>> >> >
>>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
>>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% 
>>> y 
>>> >> especificidad de 98.7%
>>> >> >
>>> >> > Cuadro de 2x2: 
>>> >> >
>>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>>> >> >
>>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que 
>>> sería 
>>> >> 431
>>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
>>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>>> >> > 4. Falsos positivos: 2
>>> >> > 5. Falsos negativos: 10
>>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
>>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>>> >> >
>>> >> > # Tercer prueba
>>> >> >
>>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
>>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
>>> especificidad 
>>> >> del 99%
>>> >> >
>>> >> > Cuadro 2 x2:
>>> >> >
>>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>>> >> >
>>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales 
>>> a 
>>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
>>> >> respultado positivo.
>>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
>>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
>>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
>>> >> > 
>>> >> > # Después de las pruebas
>>> >> >
>>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>>> >> >
>>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
>>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
>>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
>>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato 
>>> es 
>>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
>>> >> prevalece la enfermedad. 
>>> >> >
>>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
>>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
>>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
>>> >> erogado por los productores:
>>> >> >
>>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
>>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 
>>> pesos
>>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
>>> animales: 
>>> >> $1390
>>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
>>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. 
>>> Costo 
>>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
>>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De 
>>> las 3 
>>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
>>> >>
>>> >
>>> > -- 
>>> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>>> Groups "pandoc-discuss" group.
>>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send 
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>>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com
>>> .
>>>
>>
>> -- 
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>>
>> Table tests to see if it works
>>
>> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
>> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
>> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
>> Table: Perros 1
>>
>> Another table
>>
>> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
>> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
>> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
>> Table: Perros 2
>>
>> And another table
>>
>> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
>> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
>> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
>> Table: Perros 3

-- 
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Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 22017 bytes --]

Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my folder 
where I have the .md file I only have another .pdf file. 

The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx
El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane 
escribió:

> Also, please let us know the full command you are using to
> convert (including any options).
>
> John MacFarlane <j...-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org> writes:
>
> > Make sure you don't have a reference.docx in your user data
> > directory.
> >
> > Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >
> >> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall 
> it 
> >> and then downloaded it again for macOS. 
> >>
> >> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if 
> it 
> >> woks with new files but I got the same result.
> >>
> >> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
> >> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there 
> >> renders fine. 
> >>
> >> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
> >> escribió:
> >>
> >>>
> >>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
> >>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
> >>> looks fine. What version are you using?
> >>>
> >>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>>
> >>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
> >>> >
> >>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I 
> see 
> >>> the 
> >>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I 
> convert 
> >>> it 
> >>> > to pdf they render fine. 
> >>> >
> >>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
> >>> > escribió:
> >>> >
> >>> >>
> >>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
> >>> >> YAML metadata block.
> >>> >>
> >>> >>
> >>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>> >>
> >>> >> > Hi! 
> >>> >> >
> >>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
> >>> >> pxdxcomp.md, 
> >>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no 
> issue. 
> >>> The 
> >>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. 
> I 
> >>> >> tried 
> >>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still 
> have 
> >>> the 
> >>> >> same 
> >>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
> >>> >> >
> >>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John 
> MacFarlane 
> >>> >> > escribió:
> >>> >> >
> >>> >> >>
> >>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown 
> file...
> >>> >> >>
> >>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>> >> >>
> >>> >> >> > I usually just ran the following command:
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
> >>> >> finished 
> >>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
> >>> >> parameters 
> >>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display 
> like 
> >>> >> this:
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > title: title of the document
> >>> >> >> > author: myname
> >>> >> >> > date: today
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the 
> >>> tables 
> >>> >> >> aren't 
> >>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > p t
> >>> >> >> > r 2
> >>> >> >> > 1 2
> >>> >> >> > 2 2
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
> >>> >> >> >
> >>> >> >> > -- 
> >>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the 
> Google 
> >>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from 
> it, 
> >>> >> send 
> >>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >>> >> >> > To view this discussion on the web visit 
> >>> >> >> 
> >>> >> 
> >>> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
> >>> >> >> .
> >>> >> >>
> >>> >> >
> >>> >> > -- 
> >>> >> > You received this message because you are subscribed to the 
> Google 
> >>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
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> >>> >> 
> >>> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
> >>> >> .
> >>> >> > ---
> >>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 
> en 
> >>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados 
> con 
> >>> el 
> >>> >> virus.
> >>> >> > author: Julio Vera de León
> >>> >> > date: 25/Mayo/2021
> >>> >> > bibliography: proyecto.bib
> >>> >> > csl: vca.csl
> >>> >> > ---
> >>> >> >
> >>> >> > # Título
> >>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> >>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
> >>> >> >
> >>> >> > **Presente**
> >>> >> >
> >>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría 
> en 
> >>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y 
> Medicina 
> >>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su 
> consideración el 
> >>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
> >>> >> >
> >>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
> >>> perros, 
> >>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
> >>> virus.**
> >>> >> >
> >>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y 
> >>> Salud 
> >>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la 
> UNAM** 
> >>> y 
> >>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
> >>> Preventiva 
> >>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por 
> el 
> >>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora 
> Medina** y 
> >>> el 
> >>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
> >>> >> >
> >>> >> > # Introducción
> >>> >> >
> >>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la 
> fecha 
> >>> es 
> >>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta 
> en 
> >>> el 
> >>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
> >>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
> >>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
> >>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad 
> emergente.[^1]
> >>> >> >
> >>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia 
> del 
> >>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una 
> relación 
> >>> más 
> >>> >> cercana.
> >>> >> >
> >>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
> >>> enfermedad, 
> >>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o 
> la 
> >>> salud 
> >>> >> humana.
> >>> >> >
> >>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América 
> que 
> >>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de 
> >>> animales 
> >>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las 
> cuales 
> >>> son:
> >>> >> >
> >>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
> >>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
> >>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
> >>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
> >>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & 
> Biomedical 
> >>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/
> )
> >>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
> >>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
> >>> >> >
> >>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
> >>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros 
> >>> humanos, 
> >>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de 
> >>> animales 
> >>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
> >>> contribuyeron a 
> >>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más 
> riesgo de 
> >>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta 
> a 
> >>> los 
> >>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
> >>> enfermedad y 
> >>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo 
> que 
> >>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
> >>> convivimos. De 
> >>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas 
> poblaciones 
> >>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad 
> animal 
> >>> o 
> >>> >> salud humana.
> >>> >> >
> >>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies 
> de 
> >>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que 
> tienen 
> >>> al 
> >>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
> >>> >> >
> >>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | 
> >>> Signos 
> >>> >> clínicos | Transmisión |
> >>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
> >>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
> >>> >> ----------------- |
> >>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos 
> >>> casos) | 
> >>> >> Sí, entre hurones |
> >>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo 
> en 
> >>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
> >>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos 
> casos) 
> >>> | 
> >>> >> No |
> >>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
> >>> >> >
> >>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la 
> epidemia se 
> >>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
> >>> descartar 
> >>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
> >>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De 
> ahí 
> >>> que 
> >>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a 
> los 
> >>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
> >>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
> >>> >> >
> >>> >> > # Justificación
> >>> >> >
> >>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en 
> perros 
> >>> y 
> >>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como 
> >>> también 
> >>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, 
> por 
> >>> lo 
> >>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más 
> importante se 
> >>> ha 
> >>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad 
> >>> necesaria 
> >>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los 
> que 
> >>> >> conviven. @Patterson2020
> >>> >> >
> >>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
> >>> producción 
> >>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
> >>> demostrado 
> >>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
> >>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
> >>> transmitir 
> >>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos 
> taurus*) 
> >>> que se 
> >>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado 
> una 
> >>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del 
> >>> mismo. 
> >>> >> @Ulrich2020 
> >>> >> >
> >>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no 
> han 
> >>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el 
> diagnístico 
> >>> de 
> >>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de 
> particular 
> >>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
> >>> furo*), ya 
> >>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
> >>> taxonómica 
> >>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
> >>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos 
> últimos 
> >>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
> >>> >> millones de visones.[^2] 
> >>> >> >
> >>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran 
> separados 
> >>> de 
> >>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de 
> manera 
> >>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una 
> guía 
> >>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que 
> pueden 
> >>> >> representar [^3]. 
> >>> >> >
> >>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
> >>> >> 
> >>> 
> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
> >>> >> )
> >>> >> >
> >>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
> >>> >> hurones en el Reino Unido](
> >>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
> >>> >> >
> >>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
> >>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad 
> emergente y 
> >>> la 
> >>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales 
> domésticos, 
> >>> es 
> >>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra 
> población. 
> >>> >> >
> >>> >> > # Referencias
> >>> >> > ---
> >>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> >>> >> > author: Julio Vera de León
> >>> >> > date: 26/Mayo/2021
> >>> >> > ----
> >>> >> >
> >>> >> > # Primer prueba
> >>> >> >
> >>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo 
> en 
> >>> >> leche. 
> >>> >> >
> >>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche 
> para 
> >>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan 
> con 
> >>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para 
> >>> encontrar 
> >>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la 
> cual 
> >>> tiene 
> >>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
> >>> >> >
> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
> >>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
> >>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
> >>> >> >
> >>> >> > 1. Sanos: 9555
> >>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
> >>> >> > 3. Falsos positivos: 145
> >>> >> > 4. Falsos negativos: 14
> >>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
> >>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
> >>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo 
> falsos 
> >>> >> positivos. 
> >>> >> >
> >>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 
> 145 
> >>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
> >>> sacrificarse, 
> >>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una 
> prueba 
> >>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
> >>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
> >>> >> >
> >>> >> > # Segunda prueba
> >>> >> >
> >>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la 
> segunda 
> >>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 
> 96.4% 
> >>> y 
> >>> >> especificidad de 98.7%
> >>> >> >
> >>> >> > Cuadro de 2x2: 
> >>> >> >
> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
> >>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
> >>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
> >>> >> >
> >>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que 
> >>> sería 
> >>> >> 431
> >>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
> >>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
> >>> >> > 4. Falsos positivos: 2
> >>> >> > 5. Falsos negativos: 10
> >>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
> >>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
> >>> >> >
> >>> >> > # Tercer prueba
> >>> >> >
> >>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
> >>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
> >>> especificidad 
> >>> >> del 99%
> >>> >> >
> >>> >> > Cuadro 2 x2:
> >>> >> >
> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
> >>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
> >>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
> >>> >> >
> >>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
> >>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
> >>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los 
> animales 
> >>> a 
> >>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con 
> un 
> >>> >> respultado positivo.
> >>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a 
> los 
> >>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
> >>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
> >>> >> > 
> >>> >> > # Después de las pruebas
> >>> >> >
> >>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
> >>> >> >
> >>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la 
> cuenca 
> >>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
> >>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
> >>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
> >>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el 
> hato 
> >>> es 
> >>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir 
> contagiando y 
> >>> >> prevalece la enfermedad. 
> >>> >> >
> >>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el 
> gobierno 
> >>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
> >>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás 
> pruebas es 
> >>> >> erogado por los productores:
> >>> >> >
> >>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de 
> bengala 
> >>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 
> >>> pesos
> >>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> >>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
> >>> animales: 
> >>> >> $1390
> >>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
> >>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 
> dolares. 
> >>> Costo 
> >>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
> >>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: 
> De 
> >>> las 3 
> >>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
> >>> >>
> >>> >
> >>> > -- 
> >>> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> >>> Groups "pandoc-discuss" group.
> >>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
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> >>> .
> >>>
> >>
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> .
> >>
> >> Table tests to see if it works
> >>
> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> Table: Perros 1
> >>
> >> Another table
> >>
> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> Table: Perros 2
> >>
> >> And another table
> >>
> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> Table: Perros 3
>

-- 
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[-- Attachment #1.2: Type: text/html, Size: 34267 bytes --]

Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane]

Do you have a folder ~/.pandoc or ~/.local/share/pandoc that
contains reference.docx?

Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:

> Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my folder 
> where I have the .md file I only have another .pdf file. 
>
> The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane 
> escribió:
>
>> Also, please let us know the full command you are using to
>> convert (including any options).
>>
>> John MacFarlane <j...-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org> writes:
>>
>> > Make sure you don't have a reference.docx in your user data
>> > directory.
>> >
>> > Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >
>> >> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall 
>> it 
>> >> and then downloaded it again for macOS. 
>> >>
>> >> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if 
>> it 
>> >> woks with new files but I got the same result.
>> >>
>> >> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
>> >> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there 
>> >> renders fine. 
>> >>
>> >> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
>> >> escribió:
>> >>
>> >>>
>> >>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
>> >>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
>> >>> looks fine. What version are you using?
>> >>>
>> >>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>>
>> >>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>> >>> >
>> >>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I 
>> see 
>> >>> the 
>> >>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I 
>> convert 
>> >>> it 
>> >>> > to pdf they render fine. 
>> >>> >
>> >>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
>> >>> > escribió:
>> >>> >
>> >>> >>
>> >>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>> >>> >> YAML metadata block.
>> >>> >>
>> >>> >>
>> >>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>> >>
>> >>> >> > Hi! 
>> >>> >> >
>> >>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
>> >>> >> pxdxcomp.md, 
>> >>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no 
>> issue. 
>> >>> The 
>> >>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. 
>> I 
>> >>> >> tried 
>> >>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still 
>> have 
>> >>> the 
>> >>> >> same 
>> >>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>> >>> >> >
>> >>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John 
>> MacFarlane 
>> >>> >> > escribió:
>> >>> >> >
>> >>> >> >>
>> >>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown 
>> file...
>> >>> >> >>
>> >>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>> >> >>
>> >>> >> >> > I usually just ran the following command:
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
>> >>> >> finished 
>> >>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
>> >>> >> parameters 
>> >>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display 
>> like 
>> >>> >> this:
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > title: title of the document
>> >>> >> >> > author: myname
>> >>> >> >> > date: today
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the 
>> >>> tables 
>> >>> >> >> aren't 
>> >>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > p t
>> >>> >> >> > r 2
>> >>> >> >> > 1 2
>> >>> >> >> > 2 2
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>> >>> >> >> >
>> >>> >> >> > -- 
>> >>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the 
>> Google 
>> >>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from 
>> it, 
>> >>> >> send 
>> >>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> >>> >> >> > To view this discussion on the web visit 
>> >>> >> >> 
>> >>> >> 
>> >>> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
>> >>> >> >> .
>> >>> >> >>
>> >>> >> >
>> >>> >> > -- 
>> >>> >> > You received this message because you are subscribed to the 
>> Google 
>> >>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>> >>> send 
>> >>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> >>> >> > To view this discussion on the web visit 
>> >>> >> 
>> >>> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
>> >>> >> .
>> >>> >> > ---
>> >>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 
>> en 
>> >>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados 
>> con 
>> >>> el 
>> >>> >> virus.
>> >>> >> > author: Julio Vera de León
>> >>> >> > date: 25/Mayo/2021
>> >>> >> > bibliography: proyecto.bib
>> >>> >> > csl: vca.csl
>> >>> >> > ---
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Título
>> >>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>> >>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>> >>> >> >
>> >>> >> > **Presente**
>> >>> >> >
>> >>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría 
>> en 
>> >>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y 
>> Medicina 
>> >>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su 
>> consideración el 
>> >>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>> >>> >> >
>> >>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>> >>> perros, 
>> >>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
>> >>> virus.**
>> >>> >> >
>> >>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y 
>> >>> Salud 
>> >>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la 
>> UNAM** 
>> >>> y 
>> >>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
>> >>> Preventiva 
>> >>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por 
>> el 
>> >>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora 
>> Medina** y 
>> >>> el 
>> >>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Introducción
>> >>> >> >
>> >>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la 
>> fecha 
>> >>> es 
>> >>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta 
>> en 
>> >>> el 
>> >>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
>> >>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
>> >>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
>> >>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad 
>> emergente.[^1]
>> >>> >> >
>> >>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia 
>> del 
>> >>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una 
>> relación 
>> >>> más 
>> >>> >> cercana.
>> >>> >> >
>> >>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
>> >>> enfermedad, 
>> >>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o 
>> la 
>> >>> salud 
>> >>> >> humana.
>> >>> >> >
>> >>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América 
>> que 
>> >>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de 
>> >>> animales 
>> >>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las 
>> cuales 
>> >>> son:
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>> >>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
>> >>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
>> >>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
>> >>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & 
>> Biomedical 
>> >>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/
>> )
>> >>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>> >>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>> >>> >> >
>> >>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
>> >>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros 
>> >>> humanos, 
>> >>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de 
>> >>> animales 
>> >>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
>> >>> contribuyeron a 
>> >>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más 
>> riesgo de 
>> >>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta 
>> a 
>> >>> los 
>> >>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
>> >>> enfermedad y 
>> >>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo 
>> que 
>> >>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
>> >>> convivimos. De 
>> >>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas 
>> poblaciones 
>> >>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad 
>> animal 
>> >>> o 
>> >>> >> salud humana.
>> >>> >> >
>> >>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies 
>> de 
>> >>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que 
>> tienen 
>> >>> al 
>> >>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>> >>> >> >
>> >>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | 
>> >>> Signos 
>> >>> >> clínicos | Transmisión |
>> >>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
>> >>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
>> >>> >> ----------------- |
>> >>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos 
>> >>> casos) | 
>> >>> >> Sí, entre hurones |
>> >>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo 
>> en 
>> >>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>> >>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos 
>> casos) 
>> >>> | 
>> >>> >> No |
>> >>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>> >>> >> >
>> >>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la 
>> epidemia se 
>> >>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
>> >>> descartar 
>> >>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
>> >>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De 
>> ahí 
>> >>> que 
>> >>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a 
>> los 
>> >>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
>> >>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Justificación
>> >>> >> >
>> >>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en 
>> perros 
>> >>> y 
>> >>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como 
>> >>> también 
>> >>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, 
>> por 
>> >>> lo 
>> >>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más 
>> importante se 
>> >>> ha 
>> >>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad 
>> >>> necesaria 
>> >>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los 
>> que 
>> >>> >> conviven. @Patterson2020
>> >>> >> >
>> >>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
>> >>> producción 
>> >>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
>> >>> demostrado 
>> >>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
>> >>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
>> >>> transmitir 
>> >>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos 
>> taurus*) 
>> >>> que se 
>> >>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado 
>> una 
>> >>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del 
>> >>> mismo. 
>> >>> >> @Ulrich2020 
>> >>> >> >
>> >>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no 
>> han 
>> >>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el 
>> diagnístico 
>> >>> de 
>> >>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de 
>> particular 
>> >>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
>> >>> furo*), ya 
>> >>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
>> >>> taxonómica 
>> >>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
>> >>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos 
>> últimos 
>> >>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
>> >>> >> millones de visones.[^2] 
>> >>> >> >
>> >>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran 
>> separados 
>> >>> de 
>> >>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de 
>> manera 
>> >>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una 
>> guía 
>> >>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que 
>> pueden 
>> >>> >> representar [^3]. 
>> >>> >> >
>> >>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>> >>> >> 
>> >>> 
>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>> >>> >> )
>> >>> >> >
>> >>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
>> >>> >> hurones en el Reino Unido](
>> >>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>> >>> >> >
>> >>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
>> >>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad 
>> emergente y 
>> >>> la 
>> >>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales 
>> domésticos, 
>> >>> es 
>> >>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra 
>> población. 
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Referencias
>> >>> >> > ---
>> >>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>> >>> >> > author: Julio Vera de León
>> >>> >> > date: 26/Mayo/2021
>> >>> >> > ----
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Primer prueba
>> >>> >> >
>> >>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo 
>> en 
>> >>> >> leche. 
>> >>> >> >
>> >>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche 
>> para 
>> >>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan 
>> con 
>> >>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para 
>> >>> encontrar 
>> >>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la 
>> cual 
>> >>> tiene 
>> >>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>> >>> >> >
>> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>> >>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>> >>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. Sanos: 9555
>> >>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
>> >>> >> > 3. Falsos positivos: 145
>> >>> >> > 4. Falsos negativos: 14
>> >>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>> >>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>> >>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo 
>> falsos 
>> >>> >> positivos. 
>> >>> >> >
>> >>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 
>> 145 
>> >>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
>> >>> sacrificarse, 
>> >>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una 
>> prueba 
>> >>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
>> >>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Segunda prueba
>> >>> >> >
>> >>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la 
>> segunda 
>> >>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 
>> 96.4% 
>> >>> y 
>> >>> >> especificidad de 98.7%
>> >>> >> >
>> >>> >> > Cuadro de 2x2: 
>> >>> >> >
>> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>> >>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>> >>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que 
>> >>> sería 
>> >>> >> 431
>> >>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
>> >>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>> >>> >> > 4. Falsos positivos: 2
>> >>> >> > 5. Falsos negativos: 10
>> >>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
>> >>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>> >>> >> >
>> >>> >> > # Tercer prueba
>> >>> >> >
>> >>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
>> >>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
>> >>> especificidad 
>> >>> >> del 99%
>> >>> >> >
>> >>> >> > Cuadro 2 x2:
>> >>> >> >
>> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>> >>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>> >>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>> >>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>> >>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los 
>> animales 
>> >>> a 
>> >>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con 
>> un 
>> >>> >> respultado positivo.
>> >>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a 
>> los 
>> >>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
>> >>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
>> >>> >> > 
>> >>> >> > # Después de las pruebas
>> >>> >> >
>> >>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la 
>> cuenca 
>> >>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
>> >>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
>> >>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>> >>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el 
>> hato 
>> >>> es 
>> >>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir 
>> contagiando y 
>> >>> >> prevalece la enfermedad. 
>> >>> >> >
>> >>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el 
>> gobierno 
>> >>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
>> >>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás 
>> pruebas es 
>> >>> >> erogado por los productores:
>> >>> >> >
>> >>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de 
>> bengala 
>> >>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 
>> >>> pesos
>> >>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>> >>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
>> >>> animales: 
>> >>> >> $1390
>> >>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
>> >>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 
>> dolares. 
>> >>> Costo 
>> >>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
>> >>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: 
>> De 
>> >>> las 3 
>> >>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
>> >>> >>
>> >>> >
>> >>> > -- 
>> >>> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> >>> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>> send 
>> >>> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> >>> > To view this discussion on the web visit 
>> >>> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com
>> >>> .
>> >>>
>> >>
>> >> -- 
>> >> You received this message because you are subscribed to the Google 
>> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send 
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>> >> To view this discussion on the web visit 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/932560f4-7866-4fd4-90e7-4797e23fab20n%40googlegroups.com
>> .
>> >>
>> >> Table tests to see if it works
>> >>
>> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> >> Table: Perros 1
>> >>
>> >> Another table
>> >>
>> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> >> Table: Perros 2
>> >>
>> >> And another table
>> >>
>> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> >> Table: Perros 3
>>
>
> -- 
> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "pandoc-discuss" group.
> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to pandoc-discuss+unsubscribe-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/ba007430-af22-455f-a4a8-96011afe5dc3n%40googlegroups.com.

-- 
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Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 25089 bytes --]

I never created this folder ~/.pandoc or this one ~/.local/share/pandoc. I 
made a quick google search and found that I was expected to create those 
directories, I never found the guidelines in the documentation tho. So 
answering your question, I don't have a reference.docx because I haven't 
created those directories.

thank you

El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 16:16:27 UTC-5, John MacFarlane 
escribió:

>
> Do you have a folder ~/.pandoc or ~/.local/share/pandoc that
> contains reference.docx?
>
> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>
> > Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my folder 
> > where I have the .md file I only have another .pdf file. 
> >
> > The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx
> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane 
> > escribió:
> >
> >> Also, please let us know the full command you are using to
> >> convert (including any options).
> >>
> >> John MacFarlane <j...-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org> writes:
> >>
> >> > Make sure you don't have a reference.docx in your user data
> >> > directory.
> >> >
> >> > Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >
> >> >> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to 
> uninstall 
> >> it 
> >> >> and then downloaded it again for macOS. 
> >> >>
> >> >> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see 
> if 
> >> it 
> >> >> woks with new files but I got the same result.
> >> >>
> >> >> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
> >> >> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table 
> there 
> >> >> renders fine. 
> >> >>
> >> >> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
> >> >> escribió:
> >> >>
> >> >>>
> >> >>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
> >> >>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
> >> >>> looks fine. What version are you using?
> >> >>>
> >> >>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >>>
> >> >>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
> >> >>> >
> >> >>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how 
> I 
> >> see 
> >> >>> the 
> >> >>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I 
> >> convert 
> >> >>> it 
> >> >>> > to pdf they render fine. 
> >> >>> >
> >> >>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John 
> MacFarlane 
> >> >>> > escribió:
> >> >>> >
> >> >>> >>
> >> >>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
> >> >>> >> YAML metadata block.
> >> >>> >>
> >> >>> >>
> >> >>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >>> >>
> >> >>> >> > Hi! 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
> >> >>> >> pxdxcomp.md, 
> >> >>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no 
> >> issue. 
> >> >>> The 
> >> >>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue 
> here. 
> >> I 
> >> >>> >> tried 
> >> >>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still 
> >> have 
> >> >>> the 
> >> >>> >> same 
> >> >>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John 
> >> MacFarlane 
> >> >>> >> > escribió:
> >> >>> >> >
> >> >>> >> >>
> >> >>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown 
> >> file...
> >> >>> >> >>
> >> >>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >>> >> >>
> >> >>> >> >> > I usually just ran the following command:
> >> >>> >> >> >
> >> >>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
> >> >>> >> >> >
> >> >>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and 
> after I 
> >> >>> >> finished 
> >> >>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and 
> author 
> >> >>> >> parameters 
> >> >>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they 
> display 
> >> like 
> >> >>> >> this:
> >> >>> >> >> >
> >> >>> >> >> > title: title of the document
> >> >>> >> >> > author: myname
> >> >>> >> >> > date: today
> >> >>> >> >> >
> >> >>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also 
> the 
> >> >>> tables 
> >> >>> >> >> aren't 
> >> >>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
> >> >>> >> >> >
> >> >>> >> >> > p t
> >> >>> >> >> > r 2
> >> >>> >> >> > 1 2
> >> >>> >> >> > 2 2
> >> >>> >> >> >
> >> >>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
> >> >>> >> >> >
> >> >>> >> >> > -- 
> >> >>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the 
> >> Google 
> >> >>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> >>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails 
> from 
> >> it, 
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> >> 
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> >> >>> >> .
> >> >>> >> > ---
> >> >>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de 
> SARS-COV-2 
> >> en 
> >> >>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente 
> diagnósticados 
> >> con 
> >> >>> el 
> >> >>> >> virus.
> >> >>> >> > author: Julio Vera de León
> >> >>> >> > date: 25/Mayo/2021
> >> >>> >> > bibliography: proyecto.bib
> >> >>> >> > csl: vca.csl
> >> >>> >> > ---
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > # Título
> >> >>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> >> >>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > **Presente**
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la 
> Maestría 
> >> en 
> >> >>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y 
> >> Medicina 
> >> >>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su 
> >> consideración el 
> >> >>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 
> en 
> >> >>> perros, 
> >> >>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con 
> el 
> >> >>> virus.**
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva 
> y 
> >> >>> Salud 
> >> >>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la 
> >> UNAM** 
> >> >>> y 
> >> >>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
> >> >>> Preventiva 
> >> >>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado 
> por 
> >> el 
> >> >>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora 
> >> Medina** y 
> >> >>> el 
> >> >>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > # Introducción
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la 
> >> fecha 
> >> >>> es 
> >> >>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de 
> consulta 
> >> en 
> >> >>> el 
> >> >>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han 
> sido 
> >> >>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 
> 2 
> >> >>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales 
> por 
> >> >>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad 
> >> emergente.[^1]
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la 
> prevalencia 
> >> del 
> >> >>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una 
> >> relación 
> >> >>> más 
> >> >>> >> cercana.
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
> >> >>> enfermedad, 
> >> >>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal 
> o 
> >> la 
> >> >>> salud 
> >> >>> >> humana.
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en 
> América 
> >> que 
> >> >>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad 
> de 
> >> >>> animales 
> >> >>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las 
> >> cuales 
> >> >>> son:
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
> >> >>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
> >> >>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts 
> University](
> >> >>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
> >> >>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & 
> >> Biomedical 
> >> >>> >> Sciences](
> https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/
> >> )
> >> >>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
> >> >>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 
> se 
> >> >>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia 
> otros 
> >> >>> humanos, 
> >> >>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad 
> de 
> >> >>> animales 
> >> >>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
> >> >>> contribuyeron a 
> >> >>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más 
> >> riesgo de 
> >> >>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no 
> descarta 
> >> a 
> >> >>> los 
> >> >>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
> >> >>> enfermedad y 
> >> >>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo 
> >> que 
> >> >>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
> >> >>> convivimos. De 
> >> >>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas 
> >> poblaciones 
> >> >>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad 
> >> animal 
> >> >>> o 
> >> >>> >> salud humana.
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las 
> especies 
> >> de 
> >> >>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que 
> >> tienen 
> >> >>> al 
> >> >>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección 
> | 
> >> >>> Signos 
> >> >>> >> clínicos | Transmisión |
> >> >>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
> >> >>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
> >> >>> >> ----------------- |
> >> >>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
> algunos 
> >> >>> casos) | 
> >> >>> >> Sí, entre hurones |
> >> >>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí 
> (sólo 
> >> en 
> >> >>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
> >> >>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos 
> >> casos) 
> >> >>> | 
> >> >>> >> No |
> >> >>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la 
> OIE)
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la 
> >> epidemia se 
> >> >>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
> >> >>> descartar 
> >> >>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales 
> de 
> >> >>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. 
> De 
> >> ahí 
> >> >>> que 
> >> >>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener 
> a 
> >> los 
> >> >>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo 
> de 
> >> >>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > # Justificación
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en 
> >> perros 
> >> >>> y 
> >> >>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así 
> como 
> >> >>> también 
> >> >>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas 
> afectadas, 
> >> por 
> >> >>> lo 
> >> >>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más 
> >> importante se 
> >> >>> ha 
> >> >>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una 
> cantidad 
> >> >>> necesaria 
> >> >>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los 
> >> que 
> >> >>> >> conviven. @Patterson2020
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
> >> >>> producción 
> >> >>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
> >> >>> demostrado 
> >> >>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de 
> manera 
> >> >>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
> >> >>> transmitir 
> >> >>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos 
> >> taurus*) 
> >> >>> que se 
> >> >>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han 
> demostrado 
> >> una 
> >> >>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión 
> del 
> >> >>> mismo. 
> >> >>> >> @Ulrich2020 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no 
> >> han 
> >> >>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el 
> >> diagnístico 
> >> >>> de 
> >> >>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de 
> >> particular 
> >> >>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
> >> >>> furo*), ya 
> >> >>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
> >> >>> taxonómica 
> >> >>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón 
> americano 
> >> >>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos 
> >> últimos 
> >> >>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 
> 17 
> >> >>> >> millones de visones.[^2] 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran 
> >> separados 
> >> >>> de 
> >> >>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de 
> >> manera 
> >> >>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido 
> una 
> >> guía 
> >> >>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que 
> >> pueden 
> >> >>> >> representar [^3]. 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
> >> >>> >> 
> >> >>> 
> >> 
> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
> >> >>> >> )
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y 
> los 
> >> >>> >> hurones en el Reino Unido](
> >> >>> >> 
> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los 
> Animales 
> >> >>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad 
> >> emergente y 
> >> >>> la 
> >> >>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales 
> >> domésticos, 
> >> >>> es 
> >> >>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra 
> >> población. 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > # Referencias
> >> >>> >> > ---
> >> >>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> >> >>> >> > author: Julio Vera de León
> >> >>> >> > date: 26/Mayo/2021
> >> >>> >> > ----
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > # Primer prueba
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de 
> anillo 
> >> en 
> >> >>> >> leche. 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche 
> >> para 
> >> >>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos 
> cuentan 
> >> con 
> >> >>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente 
> para 
> >> >>> encontrar 
> >> >>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la 
> >> cual 
> >> >>> tiene 
> >> >>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> >>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
> >> >>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
> >> >>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > 1. Sanos: 9555
> >> >>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
> >> >>> >> > 3. Falsos positivos: 145
> >> >>> >> > 4. Falsos negativos: 14
> >> >>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
> >> >>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
> >> >>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo 
> >> falsos 
> >> >>> >> positivos. 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 
> >> 145 
> >> >>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
> >> >>> sacrificarse, 
> >> >>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una 
> >> prueba 
> >> >>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
> >> >>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > # Segunda prueba
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la 
> >> segunda 
> >> >>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad 
> del 
> >> 96.4% 
> >> >>> y 
> >> >>> >> especificidad de 98.7%
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Cuadro de 2x2: 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> >>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
> >> >>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
> >> >>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, 
> que 
> >> >>> sería 
> >> >>> >> 431
> >> >>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
> >> >>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
> >> >>> >> > 4. Falsos positivos: 2
> >> >>> >> > 5. Falsos negativos: 10
> >> >>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
> >> >>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > # Tercer prueba
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación 
> del 
> >> >>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
> >> >>> especificidad 
> >> >>> >> del 99%
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Cuadro 2 x2:
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> >>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
> >> >>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
> >> >>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
> >> >>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
> >> >>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los 
> >> animales 
> >> >>> a 
> >> >>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán 
> con 
> >> un 
> >> >>> >> respultado positivo.
> >> >>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los 
> animales a 
> >> los 
> >> >>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
> >> >>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
> >> >>> >> > 
> >> >>> >> > # Después de las pruebas
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el 
> programa:
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la 
> >> cuenca 
> >> >>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
> >> >>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
> >> >>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
> >> >>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en 
> el 
> >> hato 
> >> >>> es 
> >> >>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir 
> >> contagiando y 
> >> >>> >> prevalece la enfermedad. 
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el 
> >> gobierno 
> >> >>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar 
> esta 
> >> >>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás 
> >> pruebas es 
> >> >>> >> erogado por los productores:
> >> >>> >> >
> >> >>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de 
> >> bengala 
> >> >>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 
> 15 
> >> >>> pesos
> >> >>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> >> >>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
> >> >>> animales: 
> >> >>> >> $1390
> >> >>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos 
> positivos 
> >> >>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 
> >> dolares. 
> >> >>> Costo 
> >> >>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
> >> >>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a 
> sacrificar: 
> >> De 
> >> >>> las 3 
> >> >>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
> >> >>> >>
> >> >>> >
> >> >>> > -- 
> >> >>> > You received this message because you are subscribed to the 
> Google 
> >> >>> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> >>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
> >> send 
> >> >>> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >> >>> > To view this discussion on the web visit 
> >> >>> 
> >> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com
> >> >>> .
> >> >>>
> >> >>
> >> >> -- 
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> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> >> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
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> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> >> >> To view this discussion on the web visit 
> >> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/932560f4-7866-4fd4-90e7-4797e23fab20n%40googlegroups.com
> >> .
> >> >>
> >> >> Table tests to see if it works
> >> >>
> >> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> >> Table: Perros 1
> >> >>
> >> >> Another table
> >> >>
> >> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> >> Table: Perros 2
> >> >>
> >> >> And another table
> >> >>
> >> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> >> Table: Perros 3
> >>
> >
> > -- 
> > You received this message because you are subscribed to the Google 
> Groups "pandoc-discuss" group.
> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send 
> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
> > To view this discussion on the web visit 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/ba007430-af22-455f-a4a8-96011afe5dc3n%40googlegroups.com
> .
>

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[-- Attachment #1.2: Type: text/html, Size: 41439 bytes --]

Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane]

You're not expected to create them.  Pandoc works fine without
them. But if you did have them, it could be implicitly using
a reference-doc defined there, so I wanted to rule that out.

Well, I can't reproduce your issue or think of anything that
could be causing it.

Please use pandoc --version and be sure you're running the
latest version (2.13).

Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:

> I never created this folder ~/.pandoc or this one ~/.local/share/pandoc. I 
> made a quick google search and found that I was expected to create those 
> directories, I never found the guidelines in the documentation tho. So 
> answering your question, I don't have a reference.docx because I haven't 
> created those directories.
>
> thank you
>
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 16:16:27 UTC-5, John MacFarlane 
> escribió:
>
>>
>> Do you have a folder ~/.pandoc or ~/.local/share/pandoc that
>> contains reference.docx?
>>
>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>
>> > Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my folder 
>> > where I have the .md file I only have another .pdf file. 
>> >
>> > The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx
>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane 
>> > escribió:
>> >
>> >> Also, please let us know the full command you are using to
>> >> convert (including any options).
>> >>
>> >> John MacFarlane <j...-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org> writes:
>> >>
>> >> > Make sure you don't have a reference.docx in your user data
>> >> > directory.
>> >> >
>> >> > Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >> >
>> >> >> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to 
>> uninstall 
>> >> it 
>> >> >> and then downloaded it again for macOS. 
>> >> >>
>> >> >> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see 
>> if 
>> >> it 
>> >> >> woks with new files but I got the same result.
>> >> >>
>> >> >> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
>> >> >> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table 
>> there 
>> >> >> renders fine. 
>> >> >>
>> >> >> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
>> >> >> escribió:
>> >> >>
>> >> >>>
>> >> >>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
>> >> >>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
>> >> >>> looks fine. What version are you using?
>> >> >>>
>> >> >>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >> >>>
>> >> >>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>> >> >>> >
>> >> >>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how 
>> I 
>> >> see 
>> >> >>> the 
>> >> >>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I 
>> >> convert 
>> >> >>> it 
>> >> >>> > to pdf they render fine. 
>> >> >>> >
>> >> >>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John 
>> MacFarlane 
>> >> >>> > escribió:
>> >> >>> >
>> >> >>> >>
>> >> >>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>> >> >>> >> YAML metadata block.
>> >> >>> >>
>> >> >>> >>
>> >> >>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >> >>> >>
>> >> >>> >> > Hi! 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
>> >> >>> >> pxdxcomp.md, 
>> >> >>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no 
>> >> issue. 
>> >> >>> The 
>> >> >>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue 
>> here. 
>> >> I 
>> >> >>> >> tried 
>> >> >>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still 
>> >> have 
>> >> >>> the 
>> >> >>> >> same 
>> >> >>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John 
>> >> MacFarlane 
>> >> >>> >> > escribió:
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> >>
>> >> >>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown 
>> >> file...
>> >> >>> >> >>
>> >> >>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >> >>> >> >>
>> >> >>> >> >> > I usually just ran the following command:
>> >> >>> >> >> >
>> >> >>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >> >>> >> >> >
>> >> >>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and 
>> after I 
>> >> >>> >> finished 
>> >> >>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and 
>> author 
>> >> >>> >> parameters 
>> >> >>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they 
>> display 
>> >> like 
>> >> >>> >> this:
>> >> >>> >> >> >
>> >> >>> >> >> > title: title of the document
>> >> >>> >> >> > author: myname
>> >> >>> >> >> > date: today
>> >> >>> >> >> >
>> >> >>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also 
>> the 
>> >> >>> tables 
>> >> >>> >> >> aren't 
>> >> >>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>> >> >>> >> >> >
>> >> >>> >> >> > p t
>> >> >>> >> >> > r 2
>> >> >>> >> >> > 1 2
>> >> >>> >> >> > 2 2
>> >> >>> >> >> >
>> >> >>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>> >> >>> >> >> >
>> >> >>> >> >> > -- 
>> >> >>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the 
>> >> Google 
>> >> >>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> >>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails 
>> from 
>> >> it, 
>> >> >>> >> send 
>> >> >>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
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>> >> >>> >> >> 
>> >> >>> >> 
>> >> >>> 
>> >> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
>> >> >>> >> >> .
>> >> >>> >> >>
>> >> >>> >> >
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>> >> >>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
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>> >> >>> 
>> >> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
>> >> >>> >> .
>> >> >>> >> > ---
>> >> >>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de 
>> SARS-COV-2 
>> >> en 
>> >> >>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente 
>> diagnósticados 
>> >> con 
>> >> >>> el 
>> >> >>> >> virus.
>> >> >>> >> > author: Julio Vera de León
>> >> >>> >> > date: 25/Mayo/2021
>> >> >>> >> > bibliography: proyecto.bib
>> >> >>> >> > csl: vca.csl
>> >> >>> >> > ---
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > # Título
>> >> >>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>> >> >>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > **Presente**
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la 
>> Maestría 
>> >> en 
>> >> >>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y 
>> >> Medicina 
>> >> >>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su 
>> >> consideración el 
>> >> >>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 
>> en 
>> >> >>> perros, 
>> >> >>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con 
>> el 
>> >> >>> virus.**
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva 
>> y 
>> >> >>> Salud 
>> >> >>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la 
>> >> UNAM** 
>> >> >>> y 
>> >> >>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
>> >> >>> Preventiva 
>> >> >>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado 
>> por 
>> >> el 
>> >> >>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora 
>> >> Medina** y 
>> >> >>> el 
>> >> >>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > # Introducción
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la 
>> >> fecha 
>> >> >>> es 
>> >> >>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de 
>> consulta 
>> >> en 
>> >> >>> el 
>> >> >>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han 
>> sido 
>> >> >>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 
>> 2 
>> >> >>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales 
>> por 
>> >> >>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad 
>> >> emergente.[^1]
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la 
>> prevalencia 
>> >> del 
>> >> >>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una 
>> >> relación 
>> >> >>> más 
>> >> >>> >> cercana.
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
>> >> >>> enfermedad, 
>> >> >>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal 
>> o 
>> >> la 
>> >> >>> salud 
>> >> >>> >> humana.
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en 
>> América 
>> >> que 
>> >> >>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad 
>> de 
>> >> >>> animales 
>> >> >>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las 
>> >> cuales 
>> >> >>> son:
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>> >> >>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
>> >> >>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts 
>> University](
>> >> >>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
>> >> >>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & 
>> >> Biomedical 
>> >> >>> >> Sciences](
>> https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/
>> >> )
>> >> >>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>> >> >>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 
>> se 
>> >> >>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia 
>> otros 
>> >> >>> humanos, 
>> >> >>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad 
>> de 
>> >> >>> animales 
>> >> >>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
>> >> >>> contribuyeron a 
>> >> >>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más 
>> >> riesgo de 
>> >> >>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no 
>> descarta 
>> >> a 
>> >> >>> los 
>> >> >>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
>> >> >>> enfermedad y 
>> >> >>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo 
>> >> que 
>> >> >>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
>> >> >>> convivimos. De 
>> >> >>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas 
>> >> poblaciones 
>> >> >>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad 
>> >> animal 
>> >> >>> o 
>> >> >>> >> salud humana.
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las 
>> especies 
>> >> de 
>> >> >>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que 
>> >> tienen 
>> >> >>> al 
>> >> >>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección 
>> | 
>> >> >>> Signos 
>> >> >>> >> clínicos | Transmisión |
>> >> >>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
>> >> >>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
>> >> >>> >> ----------------- |
>> >> >>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
>> algunos 
>> >> >>> casos) | 
>> >> >>> >> Sí, entre hurones |
>> >> >>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí 
>> (sólo 
>> >> en 
>> >> >>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>> >> >>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos 
>> >> casos) 
>> >> >>> | 
>> >> >>> >> No |
>> >> >>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la 
>> OIE)
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la 
>> >> epidemia se 
>> >> >>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
>> >> >>> descartar 
>> >> >>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales 
>> de 
>> >> >>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. 
>> De 
>> >> ahí 
>> >> >>> que 
>> >> >>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener 
>> a 
>> >> los 
>> >> >>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo 
>> de 
>> >> >>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > # Justificación
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en 
>> >> perros 
>> >> >>> y 
>> >> >>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así 
>> como 
>> >> >>> también 
>> >> >>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas 
>> afectadas, 
>> >> por 
>> >> >>> lo 
>> >> >>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más 
>> >> importante se 
>> >> >>> ha 
>> >> >>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una 
>> cantidad 
>> >> >>> necesaria 
>> >> >>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los 
>> >> que 
>> >> >>> >> conviven. @Patterson2020
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
>> >> >>> producción 
>> >> >>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
>> >> >>> demostrado 
>> >> >>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de 
>> manera 
>> >> >>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
>> >> >>> transmitir 
>> >> >>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos 
>> >> taurus*) 
>> >> >>> que se 
>> >> >>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han 
>> demostrado 
>> >> una 
>> >> >>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión 
>> del 
>> >> >>> mismo. 
>> >> >>> >> @Ulrich2020 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no 
>> >> han 
>> >> >>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el 
>> >> diagnístico 
>> >> >>> de 
>> >> >>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de 
>> >> particular 
>> >> >>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
>> >> >>> furo*), ya 
>> >> >>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
>> >> >>> taxonómica 
>> >> >>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón 
>> americano 
>> >> >>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos 
>> >> últimos 
>> >> >>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 
>> 17 
>> >> >>> >> millones de visones.[^2] 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran 
>> >> separados 
>> >> >>> de 
>> >> >>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de 
>> >> manera 
>> >> >>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido 
>> una 
>> >> guía 
>> >> >>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que 
>> >> pueden 
>> >> >>> >> representar [^3]. 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>> >> >>> >> 
>> >> >>> 
>> >> 
>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>> >> >>> >> )
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y 
>> los 
>> >> >>> >> hurones en el Reino Unido](
>> >> >>> >> 
>> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los 
>> Animales 
>> >> >>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad 
>> >> emergente y 
>> >> >>> la 
>> >> >>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales 
>> >> domésticos, 
>> >> >>> es 
>> >> >>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra 
>> >> población. 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > # Referencias
>> >> >>> >> > ---
>> >> >>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>> >> >>> >> > author: Julio Vera de León
>> >> >>> >> > date: 26/Mayo/2021
>> >> >>> >> > ----
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > # Primer prueba
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de 
>> anillo 
>> >> en 
>> >> >>> >> leche. 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche 
>> >> para 
>> >> >>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos 
>> cuentan 
>> >> con 
>> >> >>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente 
>> para 
>> >> >>> encontrar 
>> >> >>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la 
>> >> cual 
>> >> >>> tiene 
>> >> >>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >> >>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>> >> >>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>> >> >>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > 1. Sanos: 9555
>> >> >>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
>> >> >>> >> > 3. Falsos positivos: 145
>> >> >>> >> > 4. Falsos negativos: 14
>> >> >>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>> >> >>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>> >> >>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo 
>> >> falsos 
>> >> >>> >> positivos. 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 
>> >> 145 
>> >> >>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
>> >> >>> sacrificarse, 
>> >> >>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una 
>> >> prueba 
>> >> >>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
>> >> >>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > # Segunda prueba
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la 
>> >> segunda 
>> >> >>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad 
>> del 
>> >> 96.4% 
>> >> >>> y 
>> >> >>> >> especificidad de 98.7%
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Cuadro de 2x2: 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >> >>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>> >> >>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>> >> >>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, 
>> que 
>> >> >>> sería 
>> >> >>> >> 431
>> >> >>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
>> >> >>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>> >> >>> >> > 4. Falsos positivos: 2
>> >> >>> >> > 5. Falsos negativos: 10
>> >> >>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
>> >> >>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > # Tercer prueba
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación 
>> del 
>> >> >>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
>> >> >>> especificidad 
>> >> >>> >> del 99%
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Cuadro 2 x2:
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >> >>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>> >> >>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>> >> >>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>> >> >>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>> >> >>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los 
>> >> animales 
>> >> >>> a 
>> >> >>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán 
>> con 
>> >> un 
>> >> >>> >> respultado positivo.
>> >> >>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los 
>> animales a 
>> >> los 
>> >> >>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
>> >> >>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
>> >> >>> >> > 
>> >> >>> >> > # Después de las pruebas
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el 
>> programa:
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la 
>> >> cuenca 
>> >> >>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
>> >> >>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
>> >> >>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>> >> >>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en 
>> el 
>> >> hato 
>> >> >>> es 
>> >> >>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir 
>> >> contagiando y 
>> >> >>> >> prevalece la enfermedad. 
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el 
>> >> gobierno 
>> >> >>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar 
>> esta 
>> >> >>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás 
>> >> pruebas es 
>> >> >>> >> erogado por los productores:
>> >> >>> >> >
>> >> >>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de 
>> >> bengala 
>> >> >>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 
>> 15 
>> >> >>> pesos
>> >> >>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>> >> >>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
>> >> >>> animales: 
>> >> >>> >> $1390
>> >> >>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos 
>> positivos 
>> >> >>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 
>> >> dolares. 
>> >> >>> Costo 
>> >> >>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
>> >> >>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a 
>> sacrificar: 
>> >> De 
>> >> >>> las 3 
>> >> >>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
>> >> >>> >>
>> >> >>> >
>> >> >>> > -- 
>> >> >>> > You received this message because you are subscribed to the 
>> Google 
>> >> >>> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> >>> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>> >> send 
>> >> >>> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
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>> >> >>> 
>> >> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com
>> >> >>> .
>> >> >>>
>> >> >>
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>> >> .
>> >> >>
>> >> >> Table tests to see if it works
>> >> >>
>> >> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> >> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> >> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> >> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> >> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> >> >> Table: Perros 1
>> >> >>
>> >> >> Another table
>> >> >>
>> >> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> >> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> >> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> >> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> >> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> >> >> Table: Perros 2
>> >> >>
>> >> >> And another table
>> >> >>
>> >> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> >> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> >> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
>> >> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
>> >> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
>> >> >> Table: Perros 3
>> >>
>> >
>> > -- 
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>> Groups "pandoc-discuss" group.
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>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/ba007430-af22-455f-a4a8-96011afe5dc3n%40googlegroups.com
>> .
>>
>
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Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[Julio Vera]

[-- Attachment #1.1: Type: text/plain, Size: 28678 bytes --]

I have the 2.13 version installed. Well, no worries I hope it doesn't 
happen. 

If I need to create another folder for a new .md document and see the issue 
again I guess I'll reply inside this discussion. 

Thanks for all the help!

El viernes, 28 de mayo de 2021 a las 11:27:45 UTC-5, John MacFarlane 
escribió:

>
> You're not expected to create them. Pandoc works fine without
> them. But if you did have them, it could be implicitly using
> a reference-doc defined there, so I wanted to rule that out.
>
> Well, I can't reproduce your issue or think of anything that
> could be causing it.
>
> Please use pandoc --version and be sure you're running the
> latest version (2.13).
>
> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>
> > I never created this folder ~/.pandoc or this one ~/.local/share/pandoc. 
> I 
> > made a quick google search and found that I was expected to create those 
> > directories, I never found the guidelines in the documentation tho. So 
> > answering your question, I don't have a reference.docx because I haven't 
> > created those directories.
> >
> > thank you
> >
> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 16:16:27 UTC-5, John MacFarlane 
> > escribió:
> >
> >>
> >> Do you have a folder ~/.pandoc or ~/.local/share/pandoc that
> >> contains reference.docx?
> >>
> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >>
> >> > Hi! I don't understand what about the "reference.docx", but in my 
> folder 
> >> > where I have the .md file I only have another .pdf file. 
> >> >
> >> > The command I use is: pandoc pxdxcomp.md -o pxdxcomp.docx
> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 14:04:36 UTC-5, John MacFarlane 
> >> > escribió:
> >> >
> >> >> Also, please let us know the full command you are using to
> >> >> convert (including any options).
> >> >>
> >> >> John MacFarlane <j...-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org> writes:
> >> >>
> >> >> > Make sure you don't have a reference.docx in your user data
> >> >> > directory.
> >> >> >
> >> >> > Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >> >
> >> >> >> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to 
> >> uninstall 
> >> >> it 
> >> >> >> and then downloaded it again for macOS. 
> >> >> >>
> >> >> >> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to 
> see 
> >> if 
> >> >> it 
> >> >> >> woks with new files but I got the same result.
> >> >> >>
> >> >> >> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
> >> >> >> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table 
> >> there 
> >> >> >> renders fine. 
> >> >> >>
> >> >> >> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John 
> MacFarlane 
> >> >> >> escribió:
> >> >> >>
> >> >> >>>
> >> >> >>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
> >> >> >>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
> >> >> >>> looks fine. What version are you using?
> >> >> >>>
> >> >> >>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >> >>>
> >> >> >>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
> >> >> >>> >
> >> >> >>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's 
> how 
> >> I 
> >> >> see 
> >> >> >>> the 
> >> >> >>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when 
> I 
> >> >> convert 
> >> >> >>> it 
> >> >> >>> > to pdf they render fine. 
> >> >> >>> >
> >> >> >>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John 
> >> MacFarlane 
> >> >> >>> > escribió:
> >> >> >>> >
> >> >> >>> >>
> >> >> >>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
> >> >> >>> >> YAML metadata block.
> >> >> >>> >>
> >> >> >>> >>
> >> >> >>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >> >>> >>
> >> >> >>> >> > Hi! 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly 
> is 
> >> >> >>> >> pxdxcomp.md, 
> >> >> >>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had 
> no 
> >> >> issue. 
> >> >> >>> The 
> >> >> >>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue 
> >> here. 
> >> >> I 
> >> >> >>> >> tried 
> >> >> >>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but 
> still 
> >> >> have 
> >> >> >>> the 
> >> >> >>> >> same 
> >> >> >>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John 
> >> >> MacFarlane 
> >> >> >>> >> > escribió:
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> >>
> >> >> >>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input 
> markdown 
> >> >> file...
> >> >> >>> >> >>
> >> >> >>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
> >> >> >>> >> >>
> >> >> >>> >> >> > I usually just ran the following command:
> >> >> >>> >> >> >
> >> >> >>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
> >> >> >>> >> >> >
> >> >> >>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and 
> >> after I 
> >> >> >>> >> finished 
> >> >> >>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and 
> >> author 
> >> >> >>> >> parameters 
> >> >> >>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they 
> >> display 
> >> >> like 
> >> >> >>> >> this:
> >> >> >>> >> >> >
> >> >> >>> >> >> > title: title of the document
> >> >> >>> >> >> > author: myname
> >> >> >>> >> >> > date: today
> >> >> >>> >> >> >
> >> >> >>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And 
> also 
> >> the 
> >> >> >>> tables 
> >> >> >>> >> >> aren't 
> >> >> >>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
> >> >> >>> >> >> >
> >> >> >>> >> >> > p t
> >> >> >>> >> >> > r 2
> >> >> >>> >> >> > 1 2
> >> >> >>> >> >> > 2 2
> >> >> >>> >> >> >
> >> >> >>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
> >> >> >>> >> >> >
> >> >> >>> >> >> > -- 
> >> >> >>> >> >> > You received this message because you are subscribed to 
> the 
> >> >> Google 
> >> >> >>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
> >> >> >>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails 
> >> from 
> >> >> it, 
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> >> >> >>> >> >> 
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> >> 
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> >> >> >>> >> >> .
> >> >> >>> >> >>
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > -- 
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> >> >> >>> 
> >> >> 
> >> 
> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
> >> >> >>> >> .
> >> >> >>> >> > ---
> >> >> >>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de 
> >> SARS-COV-2 
> >> >> en 
> >> >> >>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente 
> >> diagnósticados 
> >> >> con 
> >> >> >>> el 
> >> >> >>> >> virus.
> >> >> >>> >> > author: Julio Vera de León
> >> >> >>> >> > date: 25/Mayo/2021
> >> >> >>> >> > bibliography: proyecto.bib
> >> >> >>> >> > csl: vca.csl
> >> >> >>> >> > ---
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > # Título
> >> >> >>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
> >> >> >>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > **Presente**
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la 
> >> Maestría 
> >> >> en 
> >> >> >>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública 
> y 
> >> >> Medicina 
> >> >> >>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su 
> >> >> consideración el 
> >> >> >>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de 
> SARS-COV-2 
> >> en 
> >> >> >>> perros, 
> >> >> >>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados 
> con 
> >> el 
> >> >> >>> virus.**
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina 
> Preventiva 
> >> y 
> >> >> >>> Salud 
> >> >> >>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de 
> la 
> >> >> UNAM** 
> >> >> >>> y 
> >> >> >>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: 
> **Medicina 
> >> >> >>> Preventiva 
> >> >> >>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor 
> conformado 
> >> por 
> >> >> el 
> >> >> >>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora 
> >> >> Medina** y 
> >> >> >>> el 
> >> >> >>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > # Introducción
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a 
> la 
> >> >> fecha 
> >> >> >>> es 
> >> >> >>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de 
> >> consulta 
> >> >> en 
> >> >> >>> el 
> >> >> >>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han 
> >> sido 
> >> >> >>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo 
> coronavirus 
> >> 2 
> >> >> >>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los 
> animales 
> >> por 
> >> >> >>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad 
> >> >> emergente.[^1]
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la 
> >> prevalencia 
> >> >> del 
> >> >> >>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una 
> >> >> relación 
> >> >> >>> más 
> >> >> >>> >> cercana.
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
> >> >> >>> enfermedad, 
> >> >> >>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad 
> animal 
> >> o 
> >> >> la 
> >> >> >>> salud 
> >> >> >>> >> humana.
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en 
> >> América 
> >> >> que 
> >> >> >>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la 
> cantidad 
> >> de 
> >> >> >>> animales 
> >> >> >>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las 
> >> >> cuales 
> >> >> >>> son:
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
> >> >> >>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
> >> >> >>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts 
> >> University](
> >> >> >>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
> >> >> >>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & 
> >> >> Biomedical 
> >> >> >>> >> Sciences](
> >> https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/
> >> >> )
> >> >> >>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health 
> Research](
> >> >> >>> >> 
> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por 
> SARS-COV-2 
> >> se 
> >> >> >>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia 
> >> otros 
> >> >> >>> humanos, 
> >> >> >>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la 
> cantidad 
> >> de 
> >> >> >>> animales 
> >> >> >>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
> >> >> >>> contribuyeron a 
> >> >> >>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más 
> >> >> riesgo de 
> >> >> >>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no 
> >> descarta 
> >> >> a 
> >> >> >>> los 
> >> >> >>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
> >> >> >>> enfermedad y 
> >> >> >>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por 
> lo 
> >> >> que 
> >> >> >>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
> >> >> >>> convivimos. De 
> >> >> >>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas 
> >> >> poblaciones 
> >> >> >>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la 
> sanidad 
> >> >> animal 
> >> >> >>> o 
> >> >> >>> >> salud humana.
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las 
> >> especies 
> >> >> de 
> >> >> >>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad 
> que 
> >> >> tienen 
> >> >> >>> al 
> >> >> >>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la 
> infección 
> >> | 
> >> >> >>> Signos 
> >> >> >>> >> clínicos | Transmisión |
> >> >> >>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
> >> >> >>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
> >> >> >>> >> ----------------- |
> >> >> >>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
> >> algunos 
> >> >> >>> casos) | 
> >> >> >>> >> Sí, entre hurones |
> >> >> >>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí 
> >> (sólo 
> >> >> en 
> >> >> >>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
> >> >> >>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en 
> algunos 
> >> >> casos) 
> >> >> >>> | 
> >> >> >>> >> No |
> >> >> >>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de 
> la 
> >> OIE)
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la 
> >> >> epidemia se 
> >> >> >>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se 
> puede 
> >> >> >>> descartar 
> >> >> >>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los 
> animales 
> >> de 
> >> >> >>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos 
> relevante. 
> >> De 
> >> >> ahí 
> >> >> >>> que 
> >> >> >>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de 
> mantener 
> >> a 
> >> >> los 
> >> >> >>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el 
> riesgo 
> >> de 
> >> >> >>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > # Justificación
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 
> en 
> >> >> perros 
> >> >> >>> y 
> >> >> >>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así 
> >> como 
> >> >> >>> también 
> >> >> >>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas 
> >> afectadas, 
> >> >> por 
> >> >> >>> lo 
> >> >> >>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más 
> >> >> importante se 
> >> >> >>> ha 
> >> >> >>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una 
> >> cantidad 
> >> >> >>> necesaria 
> >> >> >>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con 
> los 
> >> >> que 
> >> >> >>> >> conviven. @Patterson2020
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies 
> de 
> >> >> >>> producción 
> >> >> >>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) 
> han 
> >> >> >>> demostrado 
> >> >> >>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de 
> >> manera 
> >> >> >>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces 
> de 
> >> >> >>> transmitir 
> >> >> >>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos 
> >> >> taurus*) 
> >> >> >>> que se 
> >> >> >>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han 
> >> demostrado 
> >> >> una 
> >> >> >>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de 
> transmisión 
> >> del 
> >> >> >>> mismo. 
> >> >> >>> >> @Ulrich2020 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería 
> no 
> >> >> han 
> >> >> >>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el 
> >> >> diagnístico 
> >> >> >>> de 
> >> >> >>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de 
> >> >> particular 
> >> >> >>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela 
> outorius 
> >> >> >>> furo*), ya 
> >> >> >>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una 
> relación 
> >> >> >>> taxonómica 
> >> >> >>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón 
> >> americano 
> >> >> >>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), 
> estos 
> >> >> últimos 
> >> >> >>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia 
> de 
> >> 17 
> >> >> >>> >> millones de visones.[^2] 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran 
> >> >> separados 
> >> >> >>> de 
> >> >> >>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus 
> de 
> >> >> manera 
> >> >> >>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido 
> >> una 
> >> >> guía 
> >> >> >>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo 
> que 
> >> >> pueden 
> >> >> >>> >> representar [^3]. 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de 
> visones?](
> >> >> >>> >> 
> >> >> >>> 
> >> >> 
> >> 
> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
> >> >> >>> >> )
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 
> y 
> >> los 
> >> >> >>> >> hurones en el Reino Unido](
> >> >> >>> >> 
> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los 
> >> Animales 
> >> >> >>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad 
> >> >> emergente y 
> >> >> >>> la 
> >> >> >>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales 
> >> >> domésticos, 
> >> >> >>> es 
> >> >> >>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra 
> >> >> población. 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > # Referencias
> >> >> >>> >> > ---
> >> >> >>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
> >> >> >>> >> > author: Julio Vera de León
> >> >> >>> >> > date: 26/Mayo/2021
> >> >> >>> >> > ----
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > # Primer prueba
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de 
> >> anillo 
> >> >> en 
> >> >> >>> >> leche. 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en 
> leche 
> >> >> para 
> >> >> >>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos 
> >> cuentan 
> >> >> con 
> >> >> >>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente 
> >> para 
> >> >> >>> encontrar 
> >> >> >>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala 
> la 
> >> >> cual 
> >> >> >>> tiene 
> >> >> >>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> >> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> >> >>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
> >> >> >>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
> >> >> >>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > 1. Sanos: 9555
> >> >> >>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
> >> >> >>> >> > 3. Falsos positivos: 145
> >> >> >>> >> > 4. Falsos negativos: 14
> >> >> >>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
> >> >> >>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
> >> >> >>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, 
> incluyendo 
> >> >> falsos 
> >> >> >>> >> positivos. 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo 
> los 
> >> >> 145 
> >> >> >>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
> >> >> >>> sacrificarse, 
> >> >> >>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar 
> una 
> >> >> prueba 
> >> >> >>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con 
> mas 
> >> >> >>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > # Segunda prueba
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que 
> la 
> >> >> segunda 
> >> >> >>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad 
> >> del 
> >> >> 96.4% 
> >> >> >>> y 
> >> >> >>> >> especificidad de 98.7%
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Cuadro de 2x2: 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> >> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> >> >>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
> >> >> >>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
> >> >> >>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de 
> positivos, 
> >> que 
> >> >> >>> sería 
> >> >> >>> >> 431
> >> >> >>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
> >> >> >>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
> >> >> >>> >> > 4. Falsos positivos: 2
> >> >> >>> >> > 5. Falsos negativos: 10
> >> >> >>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
> >> >> >>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > # Tercer prueba
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación 
> >> del 
> >> >> >>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
> >> >> >>> especificidad 
> >> >> >>> >> del 99%
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Cuadro 2 x2:
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
> >> >> >>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
> >> >> >>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
> >> >> >>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
> >> >> >>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
> >> >> >>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
> >> >> >>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los 
> >> >> animales 
> >> >> >>> a 
> >> >> >>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% 
> saldrán 
> >> con 
> >> >> un 
> >> >> >>> >> respultado positivo.
> >> >> >>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los 
> >> animales a 
> >> >> los 
> >> >> >>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% 
> tiene 
> >> >> >>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
> >> >> >>> >> > 
> >> >> >>> >> > # Después de las pruebas
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el 
> >> programa:
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en 
> la 
> >> >> cuenca 
> >> >> >>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
> >> >> >>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
> >> >> >>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% 
> ()
> >> >> >>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos 
> en 
> >> el 
> >> >> hato 
> >> >> >>> es 
> >> >> >>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir 
> >> >> contagiando y 
> >> >> >>> >> prevalece la enfermedad. 
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por 
> el 
> >> >> gobierno 
> >> >> >>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para 
> erradicar 
> >> esta 
> >> >> >>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás 
> >> >> pruebas es 
> >> >> >>> >> erogado por los productores:
> >> >> >>> >> >
> >> >> >>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de 
> >> >> bengala 
> >> >> >>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 
> animales: 
> >> 15 
> >> >> >>> pesos
> >> >> >>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
> >> >> >>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 
> 100 
> >> >> >>> animales: 
> >> >> >>> >> $1390
> >> >> >>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos 
> >> positivos 
> >> >> >>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 
> >> >> dolares. 
> >> >> >>> Costo 
> >> >> >>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
> >> >> >>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a 
> >> sacrificar: 
> >> >> De 
> >> >> >>> las 3 
> >> >> >>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
> >> >> >>> >>
> >> >> >>> >
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> >> >> >>
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> >> >> >>
> >> >> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> >> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> >> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> >> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> >> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> >> >> Table: Perros 1
> >> >> >>
> >> >> >> Another table
> >> >> >>
> >> >> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> >> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> >> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> >> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> >> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> >> >> Table: Perros 2
> >> >> >>
> >> >> >> And another table
> >> >> >>
> >> >> >> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> >> >> >> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> >> >> >> | 23 | 5 | 6 | Chicu |
> >> >> >> | 24 | 2 | 4 | Fala |
> >> >> >> | 45 | 8 | 10 | Frty |
> >> >> >> Table: Perros 3
> >> >>
> >> >
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