Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane <jgm-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org>]

Also, please let us know the full command you are using to
convert (including any options).

John MacFarlane <jgm-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org> writes:

> Make sure you don't have a reference.docx in your user data
> directory.
>
> Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>
>> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall it 
>> and then downloaded it again for macOS. 
>>
>> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if it 
>> woks with new files but I got the same result.
>>
>> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
>> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there 
>> renders fine. 
>>
>> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
>> escribió:
>>
>>>
>>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
>>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
>>> looks fine. What version are you using?
>>>
>>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>>
>>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>>> >
>>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see 
>>> the 
>>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert 
>>> it 
>>> > to pdf they render fine. 
>>> >
>>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
>>> > escribió:
>>> >
>>> >>
>>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>>> >> YAML metadata block.
>>> >>
>>> >>
>>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>> >>
>>> >> > Hi! 
>>> >> >
>>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
>>> >> pxdxcomp.md, 
>>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. 
>>> The 
>>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
>>> >> tried 
>>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still have 
>>> the 
>>> >> same 
>>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>>> >> >
>>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
>>> >> > escribió:
>>> >> >
>>> >> >>
>>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>>> >> >>
>>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>> >> >>
>>> >> >> > I usually just ran the following command:
>>> >> >> >
>>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>>> >> >> >
>>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
>>> >> finished 
>>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
>>> >> parameters 
>>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
>>> >> this:
>>> >> >> >
>>> >> >> > title: title of the document
>>> >> >> > author: myname
>>> >> >> > date: today
>>> >> >> >
>>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the 
>>> tables 
>>> >> >> aren't 
>>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>>> >> >> >
>>> >> >> > p t
>>> >> >> > r 2
>>> >> >> > 1 2
>>> >> >> > 2 2
>>> >> >> >
>>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>>> >> >> >
>>> >> >> > -- 
>>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>>> >> send 
>>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>>> >> >> > To view this discussion on the web visit 
>>> >> >> 
>>> >> 
>>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
>>> >> >> .
>>> >> >>
>>> >> >
>>> >> > -- 
>>> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>>> send 
>>> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>>> >> > To view this discussion on the web visit 
>>> >> 
>>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
>>> >> .
>>> >> > ---
>>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con 
>>> el 
>>> >> virus.
>>> >> > author: Julio Vera de León
>>> >> > date: 25/Mayo/2021
>>> >> > bibliography: proyecto.bib
>>> >> > csl: vca.csl
>>> >> > ---
>>> >> >
>>> >> > # Título
>>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>>> >> >
>>> >> > **Presente**
>>> >> >
>>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
>>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
>>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
>>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>>> >> >
>>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>>> perros, 
>>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
>>> virus.**
>>> >> >
>>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y 
>>> Salud 
>>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** 
>>> y 
>>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
>>> Preventiva 
>>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
>>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y 
>>> el 
>>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>>> >> >
>>> >> > # Introducción
>>> >> >
>>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha 
>>> es 
>>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en 
>>> el 
>>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
>>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
>>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
>>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
>>> >> >
>>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
>>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación 
>>> más 
>>> >> cercana.
>>> >> >
>>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
>>> enfermedad, 
>>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la 
>>> salud 
>>> >> humana.
>>> >> >
>>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
>>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de 
>>> animales 
>>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales 
>>> son:
>>> >> >
>>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
>>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
>>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
>>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
>>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
>>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>>> >> >
>>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
>>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros 
>>> humanos, 
>>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de 
>>> animales 
>>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
>>> contribuyeron a 
>>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
>>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a 
>>> los 
>>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
>>> enfermedad y 
>>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
>>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
>>> convivimos. De 
>>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
>>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal 
>>> o 
>>> >> salud humana.
>>> >> >
>>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
>>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen 
>>> al 
>>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>>> >> >
>>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | 
>>> Signos 
>>> >> clínicos | Transmisión |
>>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
>>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
>>> >> ----------------- |
>>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos 
>>> casos) | 
>>> >> Sí, entre hurones |
>>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
>>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) 
>>> | 
>>> >> No |
>>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>>> >> >
>>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
>>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
>>> descartar 
>>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
>>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí 
>>> que 
>>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
>>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
>>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>>> >> >
>>> >> > # Justificación
>>> >> >
>>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros 
>>> y 
>>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como 
>>> también 
>>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por 
>>> lo 
>>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se 
>>> ha 
>>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad 
>>> necesaria 
>>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
>>> >> conviven. @Patterson2020
>>> >> >
>>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
>>> producción 
>>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
>>> demostrado 
>>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
>>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
>>> transmitir 
>>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) 
>>> que se 
>>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
>>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del 
>>> mismo. 
>>> >> @Ulrich2020 
>>> >> >
>>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
>>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico 
>>> de 
>>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
>>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
>>> furo*), ya 
>>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
>>> taxonómica 
>>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
>>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
>>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
>>> >> millones de visones.[^2] 
>>> >> >
>>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados 
>>> de 
>>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
>>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
>>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
>>> >> representar [^3]. 
>>> >> >
>>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>>> >> 
>>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>>> >> )
>>> >> >
>>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
>>> >> hurones en el Reino Unido](
>>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>>> >> >
>>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
>>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y 
>>> la 
>>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, 
>>> es 
>>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
>>> >> >
>>> >> > # Referencias
>>> >> > ---
>>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>>> >> > author: Julio Vera de León
>>> >> > date: 26/Mayo/2021
>>> >> > ----
>>> >> >
>>> >> > # Primer prueba
>>> >> >
>>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
>>> >> leche. 
>>> >> >
>>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
>>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
>>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para 
>>> encontrar 
>>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual 
>>> tiene 
>>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>>> >> >
>>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>>> >> >
>>> >> > 1. Sanos: 9555
>>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
>>> >> > 3. Falsos positivos: 145
>>> >> > 4. Falsos negativos: 14
>>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
>>> >> positivos. 
>>> >> >
>>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
>>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
>>> sacrificarse, 
>>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
>>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
>>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
>>> >> >
>>> >> > # Segunda prueba
>>> >> >
>>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
>>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% 
>>> y 
>>> >> especificidad de 98.7%
>>> >> >
>>> >> > Cuadro de 2x2: 
>>> >> >
>>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>>> >> >
>>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que 
>>> sería 
>>> >> 431
>>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
>>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>>> >> > 4. Falsos positivos: 2
>>> >> > 5. Falsos negativos: 10
>>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
>>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>>> >> >
>>> >> > # Tercer prueba
>>> >> >
>>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
>>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
>>> especificidad 
>>> >> del 99%
>>> >> >
>>> >> > Cuadro 2 x2:
>>> >> >
>>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>>> >> >
>>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales 
>>> a 
>>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
>>> >> respultado positivo.
>>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
>>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
>>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
>>> >> > 
>>> >> > # Después de las pruebas
>>> >> >
>>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>>> >> >
>>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
>>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
>>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
>>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato 
>>> es 
>>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
>>> >> prevalece la enfermedad. 
>>> >> >
>>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
>>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
>>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
>>> >> erogado por los productores:
>>> >> >
>>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
>>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 
>>> pesos
>>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
>>> animales: 
>>> >> $1390
>>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
>>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. 
>>> Costo 
>>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
>>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De 
>>> las 3 
>>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
>>> >>
>>> >
>>> > -- 
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>>> Groups "pandoc-discuss" group.
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>>> > To view this discussion on the web visit 
>>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/edd6a94c-a735-494d-88c5-bacabb6842b0n%40googlegroups.com
>>> .
>>>
>>
>> -- 
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>> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/932560f4-7866-4fd4-90e7-4797e23fab20n%40googlegroups.com.
>>
>> Table tests to see if it works
>>
>> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
>> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
>> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
>> Table: Perros 1
>>
>> Another table
>>
>> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
>> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
>> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
>> Table: Perros 2
>>
>> And another table
>>
>> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
>> | ------ | ----- | ---- | ------ |
>> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
>> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
>> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
>> Table: Perros 3

-- 
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