Re: Pandoc stopped rendering tables and contents from the YAML block

[John MacFarlane <jgm-TVLZxgkOlNX2fBVCVOL8/A@public.gmane.org>]

Make sure you don't have a reference.docx in your user data
directory.

Julio Vera <avenzecock-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:

> The latest one available in pandoc.org, I ran the script to uninstall it 
> and then downloaded it again for macOS. 
>
> I tested again with this file (prueba.md) that I created just to see if it 
> woks with new files but I got the same result.
>
> [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.54.14.png]
> However, when I convert the dxprevcovid19.md to .docx the table there 
> renders fine. 
>
> El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:49:09 UTC-5, John MacFarlane 
> escribió:
>
>>
>> That's very strange -- it looks like it is using extremely narrow
>> columns. But I can't reproduce this with latest pandoc. It
>> looks fine. What version are you using?
>>
>> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>>
>> > [image: Captura de Pantalla 2021-05-27 a la(s) 12.27.20.png]
>> >
>> > Corrected it, but the tables are still not rendering. That's how I see 
>> the 
>> > tables inside the docx just for that file (pxdxcomp.md), when I convert 
>> it 
>> > to pdf they render fine. 
>> >
>> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:17:28 UTC-5, John MacFarlane 
>> > escribió:
>> >
>> >>
>> >> Looks like you've got four ---- instead of three --- under the
>> >> YAML metadata block.
>> >>
>> >>
>> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >>
>> >> > Hi! 
>> >> >
>> >> > I attached 2 files. The one that I can't convert correctly is 
>> >> pxdxcomp.md, 
>> >> > the other one (dxprevcovid) I tried to convert it and had no issue. 
>> The 
>> >> > language of my work is in Spanish, I hope it isn't an issue here. I 
>> >> tried 
>> >> > copying everything and pasting it inside a new file but still have 
>> the 
>> >> same 
>> >> > problem, also I uninstalled and installed pandoc.
>> >> >
>> >> > El jueves, 27 de mayo de 2021 a las 12:00:09 UTC-5, John MacFarlane 
>> >> > escribió:
>> >> >
>> >> >>
>> >> >> Not much we can do to help without seeing the input markdown file...
>> >> >>
>> >> >> Julio Vera <avenz...-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> writes:
>> >> >>
>> >> >> > I usually just ran the following command:
>> >> >> >
>> >> >> > pandoc nameofile.md --citeproc -o nameofile.docx
>> >> >> >
>> >> >> > But today I was working with a particular .md file and after I 
>> >> finished 
>> >> >> > with it I tried to convert it, but the title, date and author 
>> >> parameters 
>> >> >> > that go inside the YAML block aren't converted, they display like 
>> >> this:
>> >> >> >
>> >> >> > title: title of the document
>> >> >> > author: myname
>> >> >> > date: today
>> >> >> >
>> >> >> > But just in that format, not like it used to do. And also the 
>> tables 
>> >> >> aren't 
>> >> >> > formatted, they and up in the docs like this:
>> >> >> >
>> >> >> > p t
>> >> >> > r 2
>> >> >> > 1 2
>> >> >> > 2 2
>> >> >> >
>> >> >> > Just to say an example. I don't know hat happened.
>> >> >> >
>> >> >> > -- 
>> >> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> >> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
>> >> send 
>> >> >> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
>> >> >> > To view this discussion on the web visit 
>> >> >> 
>> >> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/1abeeca5-7362-441d-907a-08df53958b28n%40googlegroups.com
>> >> >> .
>> >> >>
>> >> >
>> >> > -- 
>> >> > You received this message because you are subscribed to the Google 
>> >> Groups "pandoc-discuss" group.
>> >> > To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, 
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>> >> > To view this discussion on the web visit 
>> >> 
>> https://groups.google.com/d/msgid/pandoc-discuss/eaeda4d3-c7f4-430f-b569-e2fee781b831n%40googlegroups.com
>> >> .
>> >> > ---
>> >> > title: Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>> >> perros, gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con 
>> el 
>> >> virus.
>> >> > author: Julio Vera de León
>> >> > date: 25/Mayo/2021
>> >> > bibliography: proyecto.bib
>> >> > csl: vca.csl
>> >> > ---
>> >> >
>> >> > # Título
>> >> > **H. CONSEJO TÉCNICO DE LA FACULTAD**
>> >> > **DE MEDICINA VETERINARIA Y ZOOTECNIA**
>> >> >
>> >> > **Presente**
>> >> >
>> >> > Él que suscribe, **Julio Vera de León**, alumnos de la Maestría en 
>> >> Medicina Veterinaria y Zootecnia en el área de Salud Pública y Medicina 
>> >> Preventiva, con número de cuenta 52101425-4. Pone a su consideración el 
>> >> siguiente tema para diagnóstico de situación:
>> >> >
>> >> > **Diagnóstico situacional sobre la prevalencia de SARS-COV-2 en 
>> perros, 
>> >> gatos y hurones de propietarios previamente diagnósticados con el 
>> virus.**
>> >> >
>> >> > Que será realizado en el **Departamento de Medicina Preventiva y 
>> Salud 
>> >> Pública de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM** 
>> y 
>> >> que pertenece al campo de profundización profesional: **Medicina 
>> Preventiva 
>> >> y Salud Pública**. Bajo la asesoría del comité tutor conformado por el 
>> >> **Dr. MSP Juan Ramón Ayala Torres**, la **MCV. Patricia Mora Medina** y 
>> el 
>> >> **MCV. Jorge Francisco Monroy López**
>> >> >
>> >> > # Introducción
>> >> >
>> >> > El sustento de este diagnóstico de situación viene de que a la fecha 
>> es 
>> >> desconocido por el autor algún material bibliográfico o de consulta en 
>> el 
>> >> que se tengan datos referentes al número de animales que han sido 
>> >> infectados por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 
>> >> (SARS-COV-2). Esto a pesar de que la infección en los animales por 
>> >> SARS-COV-2 cumple los criterios de la OIE como enfermedad emergente.[^1]
>> >> >
>> >> > Es relevante tener datos que nos permitan conocer la prevalencia del 
>> >> agente en los animales de compañía con los que mantenemos una relación 
>> más 
>> >> cercana.
>> >> >
>> >> > [^1]: Enfermedad emergente por la OIE: La aparición de una 
>> enfermedad, 
>> >> infección o infestación nueva y que impacta en la sanidad animal o la 
>> salud 
>> >> humana.
>> >> >
>> >> > A la fecha existen al menos 4 distintas instituciones en América que 
>> >> están realizando estudios de muestreo para conocer la cantidad de 
>> animales 
>> >> de compañia infectados por contacto con sus propietarios, las cuales 
>> son:
>> >> >
>> >> > 1. [Ontario Veterinary College, University of Guelph](
>> >> https://ovc.uoguelph.ca)
>> >> > 2. [Cummings School of Veterinary Medicine at Tufts University](
>> >> https://sites.tufts.edu/covers/)
>> >> > 3. [Texas A&M University, College of Veterinary Medicine & Biomedical 
>> >> Sciences](https://vetmed.tamu.edu/hamer-lab/covid-19-pets-research/)
>> >> > 4. [University of Washington Center for One Health Research](
>> >> https://deohs.washington.edu/cohr/covid-19-and-pets-study-caps)
>> >> >
>> >> > La evidencia apunta a que la epidemia provocada por SARS-COV-2 se 
>> >> mantiene principalmente por la transmisión de humanos hacia otros 
>> humanos, 
>> >> por lo que en este estudio el enfoque será conocer la cantidad de 
>> animales 
>> >> que han sido infectados por sus propietarios, factores que 
>> contribuyeron a 
>> >> la infección, y conocer los tipos de casa en los que hubo más riesgo de 
>> >> infección a las mascotas. Aunado a lo anterior, la OIE no descarta a 
>> los 
>> >> animales salvajes y domésticos como reservorios futuros de la 
>> enfermedad y 
>> >> que puedan representar un problema para la salud pública, por lo que 
>> >> sugiere el monitoreo cercano de las especies con las que más 
>> convivimos. De 
>> >> igual forma, la introducción constante del virus a nuevas poblaciones 
>> >> animales puede llevar a mutaciones que puedan afectar la sanidad animal 
>> o 
>> >> salud humana.
>> >> >
>> >> > A la fecha la OIE cuenta con información referente a las especies de 
>> >> interés en este diagnóstico en cuánto a la susceptibilidad que tienen 
>> al 
>> >> virus, se pone en la siguiente tabla:[@OIE2021]
>> >> >
>> >> > | Especie | Tipo de infección | Susceptibilidad a la infección | 
>> Signos 
>> >> clínicos | Transmisión |
>> >> > | ------------------ | ---------------------- | 
>> >> ------------------------------ | -------------------------- | 
>> >> ----------------- |
>> >> > | Hurones | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en algunos 
>> casos) | 
>> >> Sí, entre hurones |
>> >> > | Gatos (domésticos) | Natural y experimental | Alta | Sí (sólo en 
>> >> algunos casos) | Sí, entre gatos |
>> >> > | Perros | Natural y experimental | Baja | Sí (sólo en algunos casos) 
>> | 
>> >> No |
>> >> > Table: SARS-COV-2 en Hurones, perros y gatos (adaptado de la OIE)
>> >> >
>> >> > A pesar de que la información actual ha mencionado que la epidemia se 
>> >> mantiene por medio de la transmisión humano-humano, no se puede 
>> descartar 
>> >> como un componente de esta cadena de transmisión a los animales de 
>> >> compañia, aunque su papel de momento sea mucho menos relevante. De ahí 
>> que 
>> >> una de las indicaciones que contempla la CDC sea la de mantener a los 
>> >> animales separados junto con su propietario y reconoce el riesgo de 
>> >> transmisión desde la mascota es bajo. [@CDC2021]
>> >> >
>> >> > # Justificación
>> >> >
>> >> > La detección del material genético del virus de SARS-COV-2 en perros 
>> y 
>> >> gatos se ha demostrado en animales con y sin signología, así como 
>> también 
>> >> en el suero de mascotas que se han muestreado en zonas afectadas, por 
>> lo 
>> >> que la infección en estas especies está comprobada, y más importante se 
>> ha 
>> >> comprobado que llegan a diseminar material viral con una cantidad 
>> necesaria 
>> >> que ha demostrado ser capaz de infectar a otros animales con los que 
>> >> conviven. @Patterson2020
>> >> >
>> >> > En contraste con lo mencionado anteriormente, las especies de 
>> producción 
>> >> como cerdos (*Sus scropha*) y aves (gallinas, patos y pavos) han 
>> demostrado 
>> >> de nula a extremadamente baja susceptiblidad de infección de manera 
>> >> experimental, además de que no se ha comprobado sean capaces de 
>> transmitir 
>> >> la enfermedad. @Shi2020 De manera similar los bovinos (*Bos taurus*) 
>> que se 
>> >> han inoculado experimentalmente con el agente viral han demostrado una 
>> >> susceptibilidad baja al agente y nula capacidad de transmisión del 
>> mismo. 
>> >> @Ulrich2020 
>> >> >
>> >> > Debido a que las especies usadas comúnmente en la ganadería no han 
>> >> demostrado ser suceptibles al virus, se decide enfocar el diagnístico 
>> de 
>> >> situación en perros, gatos y hurones. De estos tres es de particular 
>> >> relevancia mencionar a los hurones domésticos (*Mustela outorius 
>> furo*), ya 
>> >> que pertenecen a la familia *Mustelidae* y guardan una relación 
>> taxonómica 
>> >> con los mustélidos usados en granjas como lo es el visón americano 
>> >> (*Neovison vison*) y visón europeo (*Mustela lutreola*), estos últimos 
>> >> responsables del brote de SARS-COV-2 que llevó a la eutanasia de 17 
>> >> millones de visones.[^2] 
>> >> >
>> >> > Aunque los hurones domésticos frecuentemente se encuentran separados 
>> de 
>> >> otros y no son capaces de mantener la propagación del virus de manera 
>> >> estable @Gortazar2021, el gobierno del Reino Unido ha emitido una guía 
>> >> especial para los dueños de estos animales debido al riesgo que pueden 
>> >> representar [^3]. 
>> >> >
>> >> > [^2]: [¿Por qué Dinamarca sacrificó 17 millones de visones?](
>> >> 
>> https://www.nbcnews.com/news/animal-news/here-s-why-denmark-culled-17-million-minks-now-plans-n1249610
>> >> )
>> >> >
>> >> > [^3]: [Medidas preventivas en lo que respecta al SARS-COV-2 y los 
>> >> hurones en el Reino Unido](
>> >> http://apha.defra.gov.uk/documents/guidance-sars-cov-2-ferrets.pdf)
>> >> >
>> >> > Es así que en consideración al Código Sanitario para los Animales 
>> >> Terrestres que contempla al SARS-COV-2 como una enfermedad emergente y 
>> la 
>> >> falta de datos al respecto de la enfermedad en los animales domésticos, 
>> es 
>> >> necesario realizar un diagnóstico de situación en nuestra población. 
>> >> >
>> >> > # Referencias
>> >> > ---
>> >> > title: Ejercicio de pruebas diagnósticas complementarias
>> >> > author: Julio Vera de León
>> >> > date: 26/Mayo/2021
>> >> > ----
>> >> >
>> >> > # Primer prueba
>> >> >
>> >> > La primer prueba tamiz que se usa para brucelosis es la de anillo en 
>> >> leche. 
>> >> >
>> >> > Se hizo un diagnóstico con la prueba tamiz de anillo en leche para 
>> >> detectar a los hatos positivos a la enfermedad, estos hatos cuentan con 
>> >> 10.000 animales, los cuales fueron evaluados individualmente para 
>> encontrar 
>> >> los positivos; a través de la prueba tamiz de rosa de bengala la cual 
>> tiene 
>> >> una sensibilidad del 95.2% y una especificidad del 98.5%.
>> >> >
>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >> > | Positivos | 286 | 145 | 431 |
>> >> > | Negativos | 14 | 9555 | 9569 |
>> >> > | Total | 300 | 9700 | 10000 |
>> >> >
>> >> > 1. Sanos: 9555
>> >> > 2. Enfermos postprueba: 286
>> >> > 3. Falsos positivos: 145
>> >> > 4. Falsos negativos: 14
>> >> > 5. Valor predictivo positivo: 66%
>> >> > 6. Valor predictivo negativo: 99%
>> >> > 7. Positivos a la prueba: 431 animales positivos, incluyendo falsos 
>> >> positivos. 
>> >> >
>> >> > Son muchos animales (431) que se van a eliminar incluyendo los 145 
>> >> falsos positivos, sacrificando 145 animales que no deberían 
>> sacrificarse, 
>> >> por lo que es necesario después de la prueba tamiz realizar una prueba 
>> >> mucho más especifica, por lo que se sugierte una prueba con mas 
>> >> especificidad para bajar la cantidad de falsos positivos. 
>> >> >
>> >> > # Segunda prueba
>> >> >
>> >> > La siguiente prueba se hace en paralelo, la norma dice que la segunda 
>> >> prueba es la *prueba de ribanol*. Esta tiene una sensibilidad del 96.4% 
>> y 
>> >> especificidad de 98.7%
>> >> >
>> >> > Cuadro de 2x2: 
>> >> >
>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >> > | Positivos | 276 | 2 | 278 |
>> >> > | Negativos | 10 | 143 | 153 |
>> >> > | Total | 286 | 145 | 431 |
>> >> >
>> >> > 1. En que animales se aplicaría? Sobre el total de positivos, que 
>> sería 
>> >> 431
>> >> > 2. Verdaderos positivos: 276
>> >> > 3. Verdaderamente sanos: 143
>> >> > 4. Falsos positivos: 2
>> >> > 5. Falsos negativos: 10
>> >> > 6. Valor predicitvo positivo: 99% 
>> >> > 7. Valor predictivo negativo: 93%
>> >> >
>> >> > # Tercer prueba
>> >> >
>> >> > Al realizar un tercer diagnóstico con la prueba de fijación del 
>> >> complemento (confirmatoria) con una sensibilidad del 97.5% y 
>> especificidad 
>> >> del 99%
>> >> >
>> >> > Cuadro 2 x2:
>> >> >
>> >> > | Prueba | Positivos | Negativos | Total |
>> >> > | --------- | --------- | --------- | ----- |
>> >> > | Positivos | 269 | 0 | 269 |
>> >> > | Negativos | 7 | 2 | 9 |
>> >> > | Total | 276 | 2 | 278 |
>> >> >
>> >> > 1. Animales falsos positivos que seran eliminados: 0
>> >> > 2. Animales falsos negativos que quedarán en el hato: 7
>> >> > 3. Valor predictivo positivo: 100%. Quiere decir que de los animales 
>> a 
>> >> los que se les hace la prueba y están enfermos, el 100% saldrán con un 
>> >> respultado positivo.
>> >> > 4. Valor predictivo negativo: 22%. Quiere decir de los animales a los 
>> >> que se les hace la prueba y están sanos, solamente el 22% tiene 
>> >> probabilidad de estar realmente sano si salió negativo. 
>> >> > 
>> >> > # Después de las pruebas
>> >> >
>> >> > Al realizar un diagnóstico a los 6 meses de iniciado el programa:
>> >> >
>> >> > 1. ¿Cuál es la prevalencia real final de la enfermedad en la cuenca 
>> >> lechera? 2.8% (278/10000)
>> >> > 2. La prevalencia real en el 3er cuadro: 99.3% 
>> >> > 3. ¿Cuál es la prevalencia aparente en el 3er cuadro? 2.7% ()
>> >> > 4. Repercusiones de dejar a los animales falsos negativos en el hato 
>> es 
>> >> que se quedan 7 animales con brucella, que pueden seguir contagiando y 
>> >> prevalece la enfermedad. 
>> >> >
>> >> > El costo de la prueba da anillo en leche es absorbido por el gobierno 
>> >> como una ayuda a los productoras y un incentivo para erradicar esta 
>> >> zoonosis de tos animales. Sin embargo, el costo de las demás pruebas es 
>> >> erogado por los productores:
>> >> >
>> >> > 1. Costo de diagnosticar a los 10,000 animales con rosa de bengala 
>> >> (anillo en leche), si esta prueba cuesta $0.15 por 100 animales: 15 
>> pesos
>> >> > 2. Costo de diagnosticar $1 por 100: serían $4.3
>> >> > 3. Costo de diagnosticar fijación por complemento $500 por 100 
>> animales: 
>> >> $1390
>> >> > 4. Costo de eliminar a los animales positivos y falsos positivos 
>> >> (separadamente), si una vaquilla de reemplazo cuesta $1,000 dolares. 
>> Costo 
>> >> de positivos: $278,000 dolares. 
>> >> > 5. Costo total de las 3 pruebas y de los animales a sacrificar: De 
>> las 3 
>> >> pruebas son $1409.3 pesos. 
>> >>
>> >
>> > -- 
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>> Groups "pandoc-discuss" group.
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>> an email to pandoc-discus...-/JYPxA39Uh5TLH3MbocFF+G/Ez6ZCGd0@public.gmane.org
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>> .
>>
>
> -- 
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>
> Table tests to see if it works
>
> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
> Table: Perros 1
>
> Another table
>
> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
> Table: Perros 2
>
> And another table
>
> | Perros | Talla | Peso | Nombre |
> | ------ | ----- | ---- | ------ |
> | 23     | 5     | 6    | Chicu  |
> | 24     | 2     | 4    | Fala   |
> | 45     | 8     | 10   | Frty   |
> Table: Perros 3

-- 
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